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Yorodumi- PDB-6yjy: Crystal structure of human glutaminyl cyclase in complex with neu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yjy | ||||||
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Title | Crystal structure of human glutaminyl cyclase in complex with neurotensin 1-5 | ||||||
Components | Glutaminyl-peptide cyclotransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ALPHA-BETA PROTEIN / METALLOPROTEIN / INTERMEDIATE | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidyl-pyroglutamic acid biosynthetic process, using glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / protein modification process / specific granule lumen / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.67 Å | ||||||
Authors | Funk, L.M. / Sautner, V. / Tittmann, K. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2020 Title: Hydrazides Are Potent Transition-State Analogues for Glutaminyl Cyclase Implicated in the Pathogenesis of Alzheimer's Disease. Authors: Kupski, O. / Funk, L.M. / Sautner, V. / Seifert, F. / Worbs, B. / Ramsbeck, D. / Meyer, F. / Diederichsen, U. / Buchholz, M. / Schilling, S. / Demuth, H.U. / Tittmann, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yjy.cif.gz | 301.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yjy.ent.gz | 243.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yjy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6yjy_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6yjy_full_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display | |
Data in XML | 6yjy_validation.xml.gz | 31.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6yjy_validation.cif.gz | 46.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/6yjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/6yjy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yi1C 2afmS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 37553.410 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: QPCT / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q16769, glutaminyl-peptide cyclotransferase |
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-Non-polymers , 8 types, 510 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MES / | ||||||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-GLN / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 4% (v/v) 1,4-Dioxane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 23, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.67→64.991 Å / Num. obs: 106183 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 20.343 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 30.62 / Num. measured all: 2160103 / Scaling rejects: 250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2AFM Resolution: 1.67→64.991 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 172.57 Å2 / Biso mean: 43.0046 Å2 / Biso min: 24.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.67→64.991 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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