PDB-1w04: Isopenicillin N Synthase Aminoadipoyl-Cysteinyl-Glycine-Fe-NO Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w04

タイトル

Isopenicillin N Synthase Aminoadipoyl-Cysteinyl-Glycine-Fe-NO Complex

要素

ISOPENICILLIN N SYNTHETASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / B-LACTAM ANTIBIOTIC / OXYGENASE / PENICILLIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Long, A.J. / Clifton, I.J. / Rutledge, P.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural Studies on the Reaction of Isopenicillin N Synthase with the Truncated Substrate Analogues Delta-(L-Alpha-Aminoadipoyl)-L-Cysteinyl-Glycine and Delta-(L-Alpha-Aminoadipoyl)-L-Cysteinyl-D- Alanine
著者: Long, A.J. / Clifton, I.J. / Roach, P.L. / Baldwin, J.E. / Schofield, C.J. / Rutledge, P.J.

履歴

登録	2004年6月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w04.cif.gz	91 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w04.ent.gz	69.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1w04_validation.pdf.gz	705.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1w04_full_validation.pdf.gz	708.4 KB	表示
XML形式データ	1w04_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	1w04_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/1w04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/1w04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w03C 1w05C 1w06C 1bk0S 1blz 1hb1 1hb2 1hb3 1hb4 1ips 1obn 1oc1 1odm 1odn 1qiq 1qje 1qjf 1uzw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hb2-d 1w3x-d 1obn-d 3zoi-d 2bu9-d 2ivj-d 2bjs-d 2jb4-d 2ve1-d 2ivi-d 1oc1-d 2vbd-d 1odn-d 2vbb-d 2vau-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ISOPENICILLIN N SYNTHETASE

ヘテロ分子

38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.652, 70.752, 100.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ISOPENICILLIN N SYNTHETASE / IPNS / ISOPENICILLIN N SYNTHASE 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) 遺伝子: PCB C / プラスミド: PJB703; OTHER_DETAILS: / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

#1: タンパク質

ISOPENICILLIN N SYNTHETASE / IPNS / ISOPENICILLIN N SYNTHASE

分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
遺伝子: PCB C / プラスミド: PJB703; OTHER_DETAILS: / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

-
非ポリマー , 5種, 332分子

#2: 化合物	ChemComp-HCG / DELTA-(L-ALPHA-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-GLYCINE 分子量: 321.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-HOA / HYDROXYAMINE 分子量: 33.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃NO
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	CATALYTIC ACTIVITY: N-[(5S)-5-AMINO-5-CARBOXYPENTANOYL]-L- CYSTEINYL-D-VALINE + O2 => ISOPENICILLIN N + 2 H2O.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	pH: 8.5 詳細: 1.0M LITHIUM SULPHATE, 76MM TRIS/HCL (PH8.5), pH 8.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→16.1 Å / Num. obs: 79915 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.28→1.35 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BK0

1bk0

解像度: 1.28→57.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 0.625 / SU ML: 0.027 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.175	3172	4 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
obs	0.163	76679	92.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→57.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2638	0	34	327	2999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.021	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.002	1.945	3727
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.026	3	5457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.647	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.337	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.266	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.133	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.293	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.106	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.923	1.5	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.457	2	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.384	3	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.329	4.5	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.28→1.31 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.321	204
R_work	0.309	4629

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.3417	-13.6731	-8.2569	23.1705	15.1667	11.7618	-0.0681	0.1707	-0.0902	-0.115	-0.5409	0.9836	-0.2929	-0.8185	0.609	0.1104	0.026	-0.0379	0.1814	-0.0085	0.1326	-4.1488	37.4758	-10.2071
2	6.6558	1.4002	-2.774	2.5134	-1.9421	7.1205	-0.3176	0.2871	-0.2864	-0.3497	0.0936	-0.2013	0.6482	0.1605	0.2241	0.1403	-0.0307	0.0196	0.1025	-0.0276	0.0748	10.9403	24.8083	-20.7825
3	3.7756	-2.1335	-1.4574	4.3377	1.4852	5.8855	-0.0893	0.2603	-0.0951	-0.0135	0.0013	0.0873	0.1842	-0.2252	0.088	0.054	-0.0167	-0.0051	0.1039	0.0258	0.0289	7.4735	33.5642	-21.5898
4	1.7433	-0.3694	-0.6456	4.168	-0.7716	2.3288	0.0336	0.1262	0.1318	-0.2431	-0.0135	0.2552	-0.1219	-0.1477	-0.0202	0.0587	0.0089	-0.0177	0.0904	0.0144	0.0454	3.2304	36.4527	-12.3019
5	1.2437	-0.0805	0.9756	1.7953	-1.1277	6.2342	-0.0069	-0.0482	-0.0785	-0.0175	-0.018	0.0245	0.0887	0.0114	0.0249	0.0357	-0.011	0.0014	0.0282	0.0024	0.0525	5.5054	19.6012	-0.1539
6	3.6225	2.6212	7.3127	2.7599	5.4762	17.7348	0.1119	-0.3032	-0.1541	0.2127	0.0083	0.0714	0.1149	-0.5636	-0.1202	0.1043	0.0007	0.0099	0.078	0.0217	0.0655	7.0869	22.8381	16.1977
7	5.5631	0.5947	1.1243	4.3919	0.6582	3.6473	-0.0311	0.0489	-0.0399	0.0272	0.0357	-0.1251	-0.0115	0.1591	-0.0047	0.0459	0.003	-0.0038	0.0705	-0.0147	0.0141	16.6965	32.2628	19.8341
8	0.3121	-0.2023	-1.0266	1.8094	-1.7781	5.8395	-0.0184	-0.2101	0.1565	0.183	0.0239	-0.119	-0.2651	0.6265	-0.0055	0.0608	-0.0099	-0.0046	0.1267	-0.0266	0.0718	21.6773	34.3814	16.2604
9	5.2863	-1.054	-0.7239	1.0363	1.0415	3.0152	-0.0735	-0.4125	0.1152	0.0581	-0.0106	0.0802	-0.2593	-0.1399	0.0841	0.0809	0.0155	-0.0116	0.0837	-0.0128	0.0612	6.6317	36.7851	18.7055
10	4.2939	-0.4651	-2.2491	0.8111	0.3526	1.344	-0.0081	-0.1995	-0.0103	0.037	0.001	-0.0959	0.0111	0.0832	0.0071	0.0349	0.0053	-0.0176	0.026	0.0056	0.0267	21.7496	27.1579	6.3687
11	8.3784	-3.6447	0.7257	6.6257	0.35	2.6474	-0.0857	-0.2193	0.238	0.0757	0.1468	-0.3128	-0.021	0.0849	-0.0612	0.0301	-0.0089	-0.0106	0.0532	-0.0066	0.0539	32.9422	32.4397	5.4476
12	3.5169	2.6931	-1.2804	3.9121	-1.0797	1.9311	0.1561	-0.3577	-0.1397	0.3515	-0.1897	-0.001	0.0764	0.1295	0.0336	0.0708	0.0055	-0.0025	0.0716	0.013	0.0546	20.3854	22.8399	13.2896
13	0.3126	-0.1114	0.8654	3.6643	-3.4724	7.682	0.0236	-0.0584	-0.1365	0.0829	0.0342	0.0637	0.2658	-0.0848	-0.0578	0.0435	-0.0052	0.0055	0.0377	0.0133	0.0621	14.388	18.2983	7.0855
14	0.9098	-1.0308	1.3057	1.653	-1.8872	4.2209	-0.0351	0.1192	-0.0662	-0.0989	0.0383	-0.0253	0.1004	0.0293	-0.0032	0.0252	-0.0054	0.0039	0.0294	0.0022	0.0307	15.5538	25.7136	-6.3968
15	1.3558	0.8647	-1.3639	2.1671	-1.5433	8.0477	-0.0172	0.0742	0.0387	-0.0852	-0.0839	-0.1775	-0.0505	0.2797	0.1011	0.0495	-0.0169	-0.0112	0.0671	0.0222	0.0477	16.2976	35.3178	-18.5024
16	2.3353	-2.3348	2.6003	3.1467	-3.8173	5.6404	0.0228	0.3342	0.1203	-0.171	-0.1122	-0.2753	0.055	0.3076	0.0894	0.0684	-0.0083	0.0118	0.0938	0.0197	0.0649	23.4926	31.9871	-12.5337
17	7.449	0.3199	-3.0936	1.0824	-0.1734	2.5646	-0.0221	-0.0006	0.0116	0.0271	0.0006	0.0126	0.0196	-0.0684	0.0215	0.0218	0.002	-0.0192	0.0115	-0.0025	0.017	13.0162	31.1235	5.3221
18	0.5046	0.8918	0.2277	10.2107	0.5259	3.0579	-0.0319	-0.1764	0.1491	0.5639	-0.0912	0.2056	-0.3282	-0.2608	0.1231	0.1213	0.0035	-0.0172	0.1132	-0.004	0.0885	-4.288	38.0018	18.1981
19	5.2279	-2.2626	-0.5425	8.1026	-0.9929	2.3406	-0.0455	-0.201	0.2652	0.3771	0.0803	0.1666	-0.2642	-0.0812	-0.0348	0.0871	0.0063	0.0097	0.0493	-0.0046	0.0917	-2.0241	47.2136	8.4349
20	1.2423	-0.4076	-1.026	0.7814	0.9094	2.409	0.1082	0.0327	0.2116	-0.0277	-0.0181	-0.0597	-0.1923	-0.0436	-0.0902	0.0397	0.0019	-0.0008	0.0266	0.0104	0.0648	10.8272	41.6728	-1.8489
21	3.0657	-1.5056	-0.3317	1.3739	-0.0414	0.1124	-0.0241	-0.0479	-0.113	0.1003	-0.02	0.1933	0.0309	-0.18	0.0442	0.0592	-0.0113	-0.0045	0.0961	-0.0093	0.0557	-0.7393	34.5342	0.5359
22	5.4416	5.8175	-0.8203	25.0099	1.9318	3.6971	-0.0813	0.1697	0.5772	-1.2665	-0.1511	1.0549	-0.2486	-0.3282	0.2324	0.1034	0.0489	-0.0424	0.142	0.0156	0.113	-3.4095	44.3337	-4.8236
23	2.0867	1.3288	0.2363	3.6462	0.5593	1.6199	-0.005	0.1098	0.0804	0.0006	0.0619	0.2517	0.0865	-0.1638	-0.057	0.0376	0.0078	-0.0066	0.0533	0.0102	0.0421	4.8533	32.8397	-5.7835
24	2.5124	0.2346	0.5866	1.8005	0.8649	5.8675	0.2015	0.2149	0.3052	-0.2233	-0.0683	-0.0067	-0.3867	-0.1704	-0.1333	0.1168	0.0099	0.0371	0.0585	0.0427	0.087	15.1467	45.6967	-12.4358
25	2.1801	0.6585	-2.142	1.0232	-1.245	2.7664	0.0801	0.1279	0.1236	0.0133	0.008	0.0589	-0.1073	-0.2036	-0.0881	0.0535	0.0059	0.0006	0.0519	-0.0006	0.0639	-0.4354	41.8604	3.7263
26	5.9138	0.6298	-3.7011	0.6727	-0.4289	2.9087	-0.0299	0.0768	0.0715	0.0239	0.0177	0.055	0.0242	-0.1195	0.0122	0.0262	0.0006	-0.016	0.0297	-0.0021	0.0328	9.4746	31.9628	1.9441
27	4.3512	-4.1546	5.2343	4.6989	-6.7155	11.039	0.169	0.3501	0.1615	-0.2768	-0.2402	-0.182	-0.1166	0.4153	0.0712	0.1223	-0.0023	0.015	0.0789	0.0016	0.1056	24.563	42.679	-11.834
28	2.2154	0.8774	3.9334	1.8719	-0.929	7.3313	-0.232	0.4907	0.3306	-0.5236	-0.0564	-0.1041	-0.275	0.19	0.2884	0.3062	0.0102	0.0362	0.1919	0.021	0.1805	20.4379	51.5238	-18.3616
29	4.1221	-1.403	-3.0852	3.4336	0.9856	6.7284	0.0651	-0.1646	0.3289	0.2517	0.02	-0.252	-0.1551	0.3546	-0.0851	0.0739	-0.0125	-0.012	0.0368	0.0036	0.1037	23.0359	43.2295	-0.4248
30	6.4171	0.4592	-1.137	3.997	0.6755	3.3001	0.0865	-0.109	0.069	0.0841	0.0715	-0.0196	-0.1227	0.0057	-0.1579	0.1226	-0.0038	-0.0138	0.0663	-0.0076	0.1192	13.6212	45.5236	9.2233
31	11.9769	-2.3261	2.7732	1.7074	1.838	-2.9642	-0.0488	-0.6491	-0.1188	0.0575	0.1046	0.2169	-0.0891	-0.1695	-0.0559	0.0751	0.012	0.0227	0.1092	0.0084	0.0999	11.633	37.8851	5.2487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	36 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	47 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	58 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	69 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	80 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	91 - 101
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	102 - 112
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	113 - 123
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	124 - 134
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	135 - 145
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	146 - 156
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	157 - 167
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	168 - 178
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	179 - 189
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	190 - 200
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	201 - 211
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	212 - 222
21	X-RAY DIFFRACTION	21	A	223 - 233
22	X-RAY DIFFRACTION	22	A	234 - 244
23	X-RAY DIFFRACTION	23	A	245 - 255
24	X-RAY DIFFRACTION	24	A	256 - 266
25	X-RAY DIFFRACTION	25	A	267 - 277
26	X-RAY DIFFRACTION	26	A	278 - 288
27	X-RAY DIFFRACTION	27	A	289 - 299
28	X-RAY DIFFRACTION	28	A	300 - 310
29	X-RAY DIFFRACTION	29	A	311 - 321
30	X-RAY DIFFRACTION	30	A	322 - 331
31	X-RAY DIFFRACTION	31	A	1332

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 332分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 332分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 332分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)