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万見
- PDB-6tep: Crystal structure of a galactokinase from Bifidobacterium infanti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tep
タイトルCrystal structure of a galactokinase from Bifidobacterium infantis in complex with ADP
要素Galactokinase
キーワードTRANSFERASE / ADP / complex / galactokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinokinase activity / galactokinase / galactokinase activity / galactose metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal ...Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / galactokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Fontenelle, C.Q. / Malassis, J. / Vendeville, J. / Offen, W.A. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. ...Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Fontenelle, C.Q. / Malassis, J. / Vendeville, J. / Offen, W.A. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. / Young, C. / Charnock, S. / Davies, G.J. / Linclau, B. / Flitsch, S.L. / Fascione, M.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M02847X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M028836/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M028941/1 英国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Profiling Substrate Promiscuity of Wild-Type Sugar Kinases for Multi-fluorinated Monosaccharides.
著者: Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Malassis, J. / Fontenelle, C.Q. / Vendeville, J.B. / Offen, W. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. / Young, C. / Charnock, S.J. / Davies, G.J. / ...著者: Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Malassis, J. / Fontenelle, C.Q. / Vendeville, J.B. / Offen, W. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. / Young, C. / Charnock, S.J. / Davies, G.J. / Linclau, B. / Flitsch, S.L. / Fascione, M.A.
履歴
登録2019年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactokinase
D: Galactokinase
C: Galactokinase
B: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,43538
ポリマ－183,2624
非ポリマー4,17434
水26,5721475
1
A: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6288
ポリマ－45,8151
非ポリマー8137
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7138
ポリマ－45,8151
非ポリマー8977
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,98510
ポリマ－45,8151
非ポリマー1,1709
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,10912
ポリマ－45,8151
非ポリマー1,29411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.272, 164.495, 115.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ADCB

#1: タンパク質
Galactokinase


分子量: 45815.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Galactokinase with C-terminal His-tag
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis (strain ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12) (バクテリア)
株: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 / 遺伝子: Blon_2062 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GUI0

-
非ポリマー , 7種, 1509分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.15 - 0.25 M NaCl and 18 - 22 % (w/v) polyethylene glycol 6000).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→94.58 Å / Num. obs: 336915 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.663 / Num. unique obs: 16117 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PIE

1pie


解像度: 1.45→94.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.47 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.077
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY Density insufficient to model residues 245-247 in chains A + B, 244-247 in chain C and 245 in chain D, as ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY Density insufficient to model residues 245-247 in chains A + B, 244-247 in chain C and 245 in chain D, as well as the C-terminal His-tag in all chains.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 16932 5 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.1871 319927 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.64 Å2 / Biso mean: 17.661 Å2 / Biso min: 5.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å2-0.95 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→94.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12295 0 261 1475 14031
Biso mean--25.45 30.14 -
残基数----1658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01313198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.01712149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9391.63817945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6351.57828148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.91851755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.86522.365668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54152051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.291593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022733
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.836325347
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 1238 -
Rwork0.31 22992 -
all-24230 -
obs--95.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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