PDB-4rma: Crystal structure of the FERM domain of human ezrin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rma

タイトル

Crystal structure of the FERM domain of human ezrin

要素

Ezrin

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / ERM / ezrin / FERM domain / membrane cytoskeleton linkers

機能・相同性

機能・相同性情報

terminal web assembly / intestinal D-glucose absorption / regulation of microvillus length / protein localization to cell cortex / regulation of organelle assembly / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / postsynaptic actin cytoskeleton organization / positive regulation of early endosome to late endosome transport / membrane to membrane docking / microvillus assembly ...terminal web assembly / intestinal D-glucose absorption / regulation of microvillus length / protein localization to cell cortex / regulation of organelle assembly / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / postsynaptic actin cytoskeleton organization / positive regulation of early endosome to late endosome transport / membrane to membrane docking / microvillus assembly / Netrin-1 signaling / establishment of centrosome localization / uropod / astral microtubule organization / negative regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of protein localization to early endosome / : / cortical microtubule organization / filopodium assembly / protein-containing complex localization / positive regulation of multicellular organism growth / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / S100 protein binding / establishment of endothelial barrier / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / negative regulation of interleukin-2 production / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein kinase A binding / microvillus membrane / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / cortical cytoskeleton / microvillus / Recycling pathway of L1 / brush border / actin filament bundle assembly / immunological synapse / plasma membrane raft / cell adhesion molecule binding / ruffle / cellular response to cAMP / cell periphery / protein localization to plasma membrane / cell projection / positive regulation of protein localization to plasma membrane / actin filament / adherens junction / filopodium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor internalization / ruffle membrane / fibrillar center / apical part of cell / positive regulation of protein catabolic process / disordered domain specific binding / actin filament binding / regulation of cell shape / actin cytoskeleton / actin binding / ATPase binding / actin cytoskeleton organization / microtubule binding / basolateral plasma membrane / vesicle / endosome / ciliary basal body / apical plasma membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / focal adhesion / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Phang, J.M. / Harrop, S.J. / Duff, A.P. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2016
タイトル: Structural characterization suggests models for monomeric and dimeric forms of full-length ezrin.
著者: Phang, J.M. / Harrop, S.J. / Duff, A.P. / Sokolova, A.V. / Crossett, B. / Walsh, J.C. / Beckham, S.A. / Nguyen, C.D. / Davies, R.B. / Glockner, C. / Bromley, E.H. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.

履歴

登録	2014年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rma.cif.gz	265 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rma.ent.gz	215.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rma.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4rma_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rma_full_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示
XML形式データ	4rma_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	4rma_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/4rma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/4rma	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4rm8C 4rm9C 1ni2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ni2-1 3wa0-4 2d10-3 3wa0-3 2d10-4 6tep-1 5gn1-3 1ni2-2 2d10-2 2yvc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (11) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (11)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#19 - 2001年7月
アクチン (Actin)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ezrin

B: Ezrin

ヘテロ分子

70.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ezrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ezrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.334, 110.579, 66.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ezrin / Cytovillin / Villin-2 / p81 分子量: 34982.477 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal FERM domain, UNP residues 1-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EZR, VIL2 / プラスミド: pQE16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(pREP4) / 参照: UniProt: P15311
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% isopropanol, 18% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.67 Å / Num. obs: 66327 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 9415 / R_sym value: 0.701 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	ICE	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_854)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NI2

1ni2

解像度: 1.75→35.965 Å / SU ML: 0.52 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	3351	5.06 %	RANDOM
R_work	0.2061	-	-	-
all	0.2082	66217	-	-
obs	0.2082	66217	96.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.154 Å² / k_sol: 0.385 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5116 Å²	0 Å²	-1.8551 Å²
2-	-	5.6133 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.1017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4840	0	20	450	5310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.345	6883
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.702	1953
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.775	0.373	116	0.3663	2538	X-RAY DIFFRACTION	94
1.775-1.8015	0.3446	133	0.3499	2533	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8015-1.8297	0.3552	148	0.3093	2537	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8297-1.8596	0.3271	132	0.3041	2614	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8596-1.8917	0.3225	161	0.2803	2532	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8917-1.9261	0.2914	130	0.2676	2584	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9261-1.9632	0.317	110	0.2426	2612	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9632-2.0032	0.2853	126	0.2323	2631	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0032-2.0468	0.3111	137	0.2297	2620	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0468-2.0944	0.2698	150	0.2265	2603	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0944-2.1468	0.2625	150	0.2187	2573	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1468-2.2048	0.258	135	0.2073	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2048-2.2697	0.2534	151	0.1912	2586	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2697-2.3429	0.2721	130	0.1952	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3429-2.4266	0.2523	132	0.1952	2661	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4266-2.5238	0.2436	162	0.1936	2610	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5238-2.6386	0.2353	145	0.1885	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6386-2.7776	0.2509	139	0.1923	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7776-2.9516	0.2547	149	0.206	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9516-3.1794	0.2244	130	0.2037	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1794-3.4991	0.2492	156	0.1938	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4991-4.0048	0.1959	142	0.1756	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0048-5.0435	0.1896	147	0.1587	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0435-35.9725	0.2265	140	0.2047	2695	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5688	0.3588	0.0699	0.4747	-0.0509	0.2054	0.0296	-0.1515	-0.1014	0.0974	-0.0829	-0.1533	-0.0264	0.2126	-0.3128	-0.0348	-0.0326	-0.0406	0.276	-0.0604	0.0744	27.2145	1.0249	36.4316
2	1.0592	0.4348	0.4702	1.338	0.8483	0.8398	-0.1962	0.0865	0.2817	-0.3904	-0.0085	0.2451	-0.3027	-0.0013	0.026	0.2289	0.0141	-0.1012	0.1218	-0.1052	0.1757	7.3792	16.9617	24.269
3	0.933	-0.0697	-0.0722	2.0064	0.3159	1.1653	0.0568	-0.2055	-0.36	0.0693	-0.0812	-0.0347	0.3345	-0.0878	0.1065	0.1564	-0.0582	-0.0273	0.101	0.028	0.3071	9.0303	-17.2726	28.4987
4	3.721	-1.4003	-1.203	4.1142	0.6872	5.4347	0.0101	-0.5145	-0.3425	0.5309	0.042	-0.172	0.3689	0.3368	0.1837	0.1599	-0.0163	-0.0673	0.1655	0.033	0.2462	15.3995	-12.151	38.6767
5	0.8565	-0.1177	-0.1214	0.0426	-0.0039	0.1044	-0.0042	0.0634	-0.1455	-0.045	-0.0481	0.0805	-0.0101	-0.1934	0.0562	0.0715	0.0439	0.0148	0.4149	-0.1088	0.1345	12.437	-0.4633	-2.9307
6	0.3009	0.1031	0.3294	0.3895	0.1754	1.0972	-0.0118	0.0894	-0.0162	0.0204	0.0219	-0.0123	-0.0822	-0.0799	0.0726	0.0942	0.0169	-0.0004	0.2709	-0.0804	0.0684	24.2127	3.1815	-0.1126
7	1.6237	0.4992	1.1123	1.0113	0.0691	1.5029	-0.0994	0.1047	0.1437	0.098	-0.0452	0.0366	-0.1864	-0.009	0.1316	0.1329	-0.0165	-0.0367	0.1715	-0.0889	0.112	36.5109	11.969	9.9595
8	1.7931	0.2942	0.8321	2.6905	-1.3586	2.8059	-0.0857	-0.2866	0.319	0.5607	-0.1393	-0.1352	-0.3267	-0.2762	0.1583	0.322	0.052	-0.0466	0.2402	-0.0642	0.2243	35.3736	14.9927	17.8784
9	2.8116	0.5577	2.2433	3.053	0.0277	6.5942	-0.2234	-0.156	0.5103	0.3958	0.0074	-0.0259	-0.2153	0.0822	0.358	0.2515	0.0093	-0.0901	0.2074	-0.0887	0.2767	40.2964	20.7334	14.0141
10	3.3313	0.322	1.0002	3.298	-0.7616	2.9581	-0.2387	0.5437	0.3362	-0.3535	0.0156	-0.0816	-0.2404	0.2728	0.1263	0.1723	-0.0799	-0.0154	0.3964	0.0112	0.1498	37.4549	13.8228	-0.4606
11	1.1983	-0.0067	-0.7257	0.9256	-0.6438	1.905	-0.0655	0.1475	-0.349	-0.0744	0.0123	-0.0543	0.4212	0.2126	-0.0121	0.1442	0.0991	-0.0153	0.2705	-0.1186	0.1796	36.0326	-14.0737	7.6501
12	2.0935	-0.678	-0.4827	4.6597	0.1339	3.4545	-0.1943	0.526	-0.9175	-0.499	0.0646	-0.45	0.9318	0.4892	0.5308	0.597	0.1278	-0.0407	0.3614	-0.2032	0.5727	33.4081	-24.6957	3.903
13	0.5544	0.4705	0.2004	2.3243	-0.5147	3.2063	-0.0191	0.278	-0.1957	-0.4652	0.0981	-0.0563	0.4328	0.0265	0.551	0.2119	0.0466	-0.0622	0.3115	-0.1579	0.1964	28.6314	-12.3261	-3.3422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:111)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 112:197)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 198:273)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 274:296)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 2:67)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 68:111)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 112:134)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 135:164)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 165:179)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 180:197)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 198:251)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 252:273)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 274:296)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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