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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0395 | |||||||||
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タイトル | Structure of bacteriophage T7 leading-strand DNA polymerase (D5A/E7A)/Trx and of gp4 (E343Q) bound to a DNA fork (Lead5) | |||||||||
![]() | T7 DNA polymerase/Trx interacting with C-terminal tail of helicase domains B of T7 helicase (gp4) in complex with a fork DNA substrate and dTTP (from gp4-gp5 leading-strand complex Lead5) | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.8 Å | |||||||||
![]() | Gao Y / Fox T / Val N / Yang W | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures and operating principles of the replisome. 著者: Yang Gao / Yanxiang Cui / Tara Fox / Shiqiang Lin / Huaibin Wang / Natalia de Val / Z Hong Zhou / Wei Yang / ![]() 要旨: Visualization in atomic detail of the replisome that performs concerted leading- and lagging-DNA strand synthesis at a replication fork has not been reported. Using bacteriophage T7 as a model ...Visualization in atomic detail of the replisome that performs concerted leading- and lagging-DNA strand synthesis at a replication fork has not been reported. Using bacteriophage T7 as a model system, we determined cryo-electron microscopy structures up to 3.2-angstroms resolution of helicase translocating along DNA and of helicase-polymerase-primase complexes engaging in synthesis of both DNA strands. Each domain of the spiral-shaped hexameric helicase translocates sequentially hand-over-hand along a single-stranded DNA coil, akin to the way AAA+ ATPases (adenosine triphosphatases) unfold peptides. Two lagging-strand polymerases are attached to the primase, ready for Okazaki fragment synthesis in tandem. A β hairpin from the leading-strand polymerase separates two parental DNA strands into a T-shaped fork, thus enabling the closely coupled helicase to advance perpendicular to the downstream DNA duplex. These structures reveal the molecular organization and operating principles of a replisome. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 88.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 78.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0357C ![]() 0359C ![]() 0362C ![]() 0363C ![]() 0364C ![]() 0365C ![]() 0379C ![]() 0380C ![]() 0381C ![]() 0382C ![]() 0386C ![]() 0387C ![]() 0388C ![]() 0389C ![]() 0390C ![]() 0391C ![]() 0392C ![]() 0393C ![]() 0394C ![]() 6n7iC ![]() 6n7nC ![]() 6n7sC ![]() 6n7tC ![]() 6n7vC ![]() 6n7wC ![]() 6n9uC ![]() 6n9vC ![]() 6n9wC ![]() 6n9xC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | T7 DNA polymerase/Trx interacting with C-terminal tail of helicase domains B of T7 helicase (gp4) in complex with a fork DNA substrate and dTTP (from gp4-gp5 leading-strand complex Lead5) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : T7 DNA polymerase/Trx interacting with C-terminal tail of helicas...
全体 | 名称: T7 DNA polymerase/Trx interacting with C-terminal tail of helicase domains B of T7 helicase (gp4) in complex with a fork DNA substrate and dTTP (from gp4-gp5 leading-strand complex Lead5) |
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要素 |
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-超分子 #1: T7 DNA polymerase/Trx interacting with C-terminal tail of helicas...
超分子 | 名称: T7 DNA polymerase/Trx interacting with C-terminal tail of helicase domains B of T7 helicase (gp4) in complex with a fork DNA substrate and dTTP (from gp4-gp5 leading-strand complex Lead5) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: gene product 4 helicase-primase
分子 | 名称: gene product 4 helicase-primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDNSHDSDSV FLYHIPCDNC GSSDGNSLFS DGHTFCYVCE KWTAGNEDTK ERASKRKPSG GKPMTYNVW NFGESNGRYS ALTARGISKE TCQKAGYWIA KVDGVMYQVA DYRDQNGNIV S QKVRDKDK NFKTTGSHKS DALFGKHLWN GGKKIVVTEG EIDMLTVMEL ...文字列: MDNSHDSDSV FLYHIPCDNC GSSDGNSLFS DGHTFCYVCE KWTAGNEDTK ERASKRKPSG GKPMTYNVW NFGESNGRYS ALTARGISKE TCQKAGYWIA KVDGVMYQVA DYRDQNGNIV S QKVRDKDK NFKTTGSHKS DALFGKHLWN GGKKIVVTEG EIDMLTVMEL QDCKYPVVSL GH GASAAKK TCAANYEYFD QFEQIILMFD MDEAGRKAVE EAAQVLPAGK VRVAVLPCKD ANE CHLNGH DREIMEQVWN AGPWIPDGVV SALSLRERIR EHLSSEESVG LLFSGCTGIN DKTL GARGG EVIMVTSGSG MGKSTFVRQQ ALQWGTAMGK KVGLAMLQES VEETAEDLIG LHNRV RLRQ SDSLKREIIE NGKFDQWFDE LFGNDTFHLY DSFAEAETDR LLAKLAYMRS GLGCDV IIL DHISIVVSAS GESDERKMID NLMTKLKGFA KSTGVVLVVI CHLKNPDKGK AHEEGRP VS ITDLRGSGAL RQLSDTIIAL ERNQQGDMPN LVLVRILKCR FTGDTGIAGY MEYNKETG W LEPSSYSGEE ESHSESTDWS NDTDF |
-分子 #2: gene product 5 DNA polymerase
分子 | 名称: gene product 5 DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIVSAIAANA LLESVTKFHC GVIYDYSTAE YVSYRPSDFG AYLDALEAEV ARGGLIVFHN GHKYDVPAL TKLAKLQLNR EFHLPRENCI DTLVLSRLIH SNLKDTDMGL LRSGKLPGKR F GSHALEAW GYRLGEMKGE YKDDFKRMLE EQGEEYVDGM EWWNFNEEMM ...文字列: MIVSAIAANA LLESVTKFHC GVIYDYSTAE YVSYRPSDFG AYLDALEAEV ARGGLIVFHN GHKYDVPAL TKLAKLQLNR EFHLPRENCI DTLVLSRLIH SNLKDTDMGL LRSGKLPGKR F GSHALEAW GYRLGEMKGE YKDDFKRMLE EQGEEYVDGM EWWNFNEEMM DYNVQDVVVT KA LLEKLLS DKHYFPPEID FTDVGYTTFW SESLEAVDIE HRAAWLLAKQ ERNGFPFDTK AIE ELYVEL AARRSELLRK LTETFGSWYQ PKGGTEMFCH PRTGKPLPKY PRIKTPKVGG IFKK PKNKA QREGREPCEL DTREYVAGAP YTPVEHVVFN PSSRDHIQKK LQEAGWVPTK YTDKG APVV DDEVLEGVRV DDPEKQAAID LIKEYLMIQK RIGQSAEGDK AWLRYVAEDG KIHGSV NPN GAVTGRATHA FPNLAQIPGV RSPYGEQCRA AFGAEHHLDG ITGKPWVQAG IDASGLE LR CLAHFMARFD NGEYAHEILN GDIHTKNQIA AELPTRDNAK TFIYGFLYGA GDEKIGQI V GAGKERGKEL KKKFLENTPA IAALRESIQQ TLVESSQWVA GEQQVKWKRR WIKGLDGRK VHVRSPHAAL NTLLQSAGAL ICKLWIIKTE EMLVEKGLKH GWDGDFAYMA WVHDEIQVGC RTEEIAQVV IETAQEAMRW VGDHWNFRCL LDTEGKMGPN WAICH |
-分子 #3: Thioredoxin 1
分子 | 名称: Thioredoxin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSDKIIHLTD DSFDTDVLKA DGAILVDFWA EWCGPCKMIA PILDEIADEY QGKLTVAKLN IDQNPGTAP KYGIRGIPTL LLFKNGEVAA TKVGALSKGQ LKEFLDANLA |
-分子 #4: Primer
分子 | 名称: Primer / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT) (DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DG)(DOA) |
-分子 #5: Template
分子 | 名称: Template / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) ...文字列: (DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT) (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT) (DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | 詳細: unspecified | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |