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万見
- EMDB-2772: CMG helicase bound to DNA and ATPgS -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2772
タイトルCMG helicase bound to DNA and ATPgS
マップデータReconstruction of the recombinant Drosophila CMG helicase bound to ATPgS and DNA
試料
  • 試料: Drosophila melanogaster Cdc45-Mcm2-7-GINS complex bound to ATPgS and DNA
  • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • DNA: x 2種
キーワードHelicase / AAA+ ATPase / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA endoreduplication / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication ...Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA endoreduplication / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / resolution of meiotic recombination intermediates / premeiotic DNA replication / mitotic DNA replication / CMG complex / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / chromosome condensation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DNA helicase activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / helicase activity / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / cell division / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / : / PSF2 N-terminal domain / : / : / PSF3 N-terminal domain / PSF1 C-terminal domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 family ...DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / : / PSF2 N-terminal domain / : / : / PSF3 N-terminal domain / PSF1 C-terminal domain / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor MCM7, winged helix / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / : / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CDC45L / DNA replication licensing factor Mcm2 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication licensing factor Mcm5 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication licensing factor Mcm7 / DNA replication licensing factor Mcm3
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.8 Å
データ登録者Costa A / Renault L / Swuec P / Petojevic T / Pesavento JJ / Ilves I / MacLellan-Gibson K / Fleck RA / Botchan MR / Berger JM
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: DNA binding polarity, dimerization, and ATPase ring remodeling in the CMG helicase of the eukaryotic replisome.
著者: Alessandro Costa / Ludovic Renault / Paolo Swuec / Tatjana Petojevic / James J Pesavento / Ivar Ilves / Kirsty MacLellan-Gibson / Roland A Fleck / Michael R Botchan / James M Berger /
要旨: The Cdc45/Mcm2-7/GINS (CMG) helicase separates DNA strands during replication in eukaryotes. How the CMG is assembled and engages DNA substrates remains unclear. Using electron microscopy, we have ...The Cdc45/Mcm2-7/GINS (CMG) helicase separates DNA strands during replication in eukaryotes. How the CMG is assembled and engages DNA substrates remains unclear. Using electron microscopy, we have determined the structure of the CMG in the presence of ATPγS and a DNA duplex bearing a 3' single-stranded tail. The structure shows that the MCM subunits of the CMG bind preferentially to single-stranded DNA, establishes the polarity by which DNA enters into the Mcm2-7 pore, and explains how Cdc45 helps prevent DNA from dissociating from the helicase. The Mcm2-7 subcomplex forms a cracked-ring, right-handed spiral when DNA and nucleotide are bound, revealing unexpected congruencies between the CMG and both bacterial DnaB helicases and the AAA+ motor of the eukaryotic proteasome. The existence of a subpopulation of dimeric CMGs establishes the subunit register of Mcm2-7 double hexamers and together with the spiral form highlights how Mcm2-7 transitions through different conformational and assembly states as it matures into a functional helicase.
履歴
登録2014年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年9月10日-
マップ公開2014年9月10日-
更新2014年9月10日-
現状2014年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.37
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2772-dep...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2772.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the recombinant Drosophila CMG helicase bound to ATPgS and DNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.14 Å/pix.
x 168 pix.
= 359.52 Å		2.14 Å/pix.
x 168 pix.
= 359.52 Å		2.14 Å/pix.
x 168 pix.
= 359.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.37 / ムービー #1: 0.37
最小 - 最大-0.32566851 - 0.81758922
平均 (標準偏差)0.00992203 (±0.0676895)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 359.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.142.142.14
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z359.520359.520359.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-32-96
NX/NY/NZ8165193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-0.3260.8180.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Drosophila melanogaster Cdc45-Mcm2-7-GINS complex bound to ATPgS ...

全体名称: Drosophila melanogaster Cdc45-Mcm2-7-GINS complex bound to ATPgS and DNA
要素
  • 試料: Drosophila melanogaster Cdc45-Mcm2-7-GINS complex bound to ATPgS and DNA
  • タンパク質・ペプチド: Mcm2
  • タンパク質・ペプチド: Mcm3
  • タンパク質・ペプチド: Mcm4
  • タンパク質・ペプチド: Mcm5
  • タンパク質・ペプチド: Mcm6
  • タンパク質・ペプチド: Mcm7
  • タンパク質・ペプチド: Cdc45
  • タンパク質・ペプチド: Psf1
  • タンパク質・ペプチド: Psf2
  • タンパク質・ペプチド: Psf3
  • タンパク質・ペプチド: Sld5
  • DNA: LEAD60
  • DNA: 3BTNLAG20

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超分子 #1000: Drosophila melanogaster Cdc45-Mcm2-7-GINS complex bound to ATPgS ...

超分子名称: Drosophila melanogaster Cdc45-Mcm2-7-GINS complex bound to ATPgS and DNA
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: 13-mer / Number unique components: 13
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: Mcm2

分子名称: Mcm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 100 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Mcm2
配列UniProtKB: DNA replication licensing factor Mcm2 / InterPro: DNA replication licensing factor Mcm2

+
分子 #2: Mcm3

分子名称: Mcm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 90 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Mcm3
配列UniProtKB: DNA replication licensing factor Mcm3 / InterPro: DNA replication licensing factor Mcm3

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分子 #3: Mcm4

分子名称: Mcm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 97 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Mcm4
配列UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM4 / InterPro: Mini-chromosome maintenance complex protein 4

+
分子 #4: Mcm5

分子名称: Mcm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 82 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Mcm5
配列UniProtKB: DNA replication licensing factor Mcm5 / InterPro: DNA replication licensing factor Mcm5

+
分子 #5: Mcm6

分子名称: Mcm6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 92 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Mcm6
配列UniProtKB: DNA replication licensing factor Mcm6 / InterPro: DNA replication licensing factor Mcm6

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分子 #6: Mcm7

分子名称: Mcm7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 81 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Mcm7
配列UniProtKB: DNA replication licensing factor Mcm7 / InterPro: DNA replication licensing factor Mcm7

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分子 #7: Cdc45

分子名称: Cdc45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: Cdc45L / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 66 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Cdc45
配列UniProtKB: CDC45L / InterPro: CDC45 family

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分子 #8: Psf1

分子名称: Psf1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 23 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Psf1
配列UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1 / InterPro: GINS subunit, domain A

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分子 #9: Psf2

分子名称: Psf2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 23 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Psf2
配列UniProtKB: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2
InterPro: DNA replication complex GINS protein Psf2

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分子 #10: Psf3

分子名称: Psf3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 25 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Psf3
配列UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3 / InterPro: GINS complex, subunit Psf3

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分子 #11: Sld5

分子名称: Sld5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit fly / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 26 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pFastBac-Sld5
配列UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5 / InterPro: GINS complex subunit Sld5

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分子 #12: LEAD60

分子名称: LEAD60 / タイプ: dna / ID: 12
詳細: The two oligonucleotides have been annealed to obtain a 20mer duplex DNA with a 40mer 3' overhang.
分類: DNA / Structure: OTHER / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 18.271 KDa
配列文字列:
GGGCACTTGA TCGGCCAACC TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTT

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分子 #13: 3BTNLAG20

分子名称: 3BTNLAG20 / タイプ: dna / ID: 13
詳細: The two oligonucleotides have been annealed to obtain a 20mer duplex DNA with a 40mer 3' overhang. 3BTNLAG20 contains a biotin on the 3' end (duplex end).
分類: DNA / Structure: OTHER / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 6.569 KDa
配列文字列:
GGTTGGCCGA TCAAGTGCCC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 25 mM HEPES , 50 mM sodium acetate, 10 mM magnesium acetate, 0.1 mM ATPgS, 1 mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The grid with adsorbed protein was floated for 10 seconds on four consecutive 75 microliter drops of 2% w/v uranyl formate solution.
グリッド詳細: 400 mesh copper grids with thin carbon support.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER
詳細: The sample stained with a fresh 2% (wt/vol) uranyl formate solution.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 60,000 times magnification
日付2013年5月8日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 579 / 平均電子線量: 35 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 70000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: single tilt room temperature / 試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

詳細Particles were selected semi-automatically using e2boxer
CTF補正詳細: EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPARX / 使用した粒子像数: 29913
最終 角度割当詳細: SPARX
最終 2次元分類クラス数: 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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