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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fo0 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of bovine cytochrome bc1 in complex with the anti-malarial compound GSK932121 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Cryo-EM / Inhibitor binding / cytochrome bc1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : ...Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Johnson, R.M. / Amporndanai, K. / O'Neill, P.M. / Fishwick, C.W.G. / Jamson, A.H. / Rawson, S.D. / Hasnain, S.S. / Antonyuk, S.V. / Muench, S.P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018 タイトル: X-ray and cryo-EM structures of inhibitor-bound cytochrome complexes for structure-based drug discovery. 著者: Kangsa Amporndanai / Rachel M Johnson / Paul M O'Neill / Colin W G Fishwick / Alexander H Jamson / Shaun Rawson / Stephen P Muench / S Samar Hasnain / Svetlana V Antonyuk / 要旨: Cytochrome , a dimeric multi-subunit electron-transport protein embedded in the inner mitochondrial membrane, is a major drug target for the treatment and prevention of malaria and toxoplasmosis. ...Cytochrome , a dimeric multi-subunit electron-transport protein embedded in the inner mitochondrial membrane, is a major drug target for the treatment and prevention of malaria and toxoplasmosis. Structural studies of cytochrome from mammalian homologues co-crystallized with lead compounds have underpinned structure-based drug design to develop compounds with higher potency and selectivity. However, owing to the limited amount of cytochrome that may be available from parasites, all efforts have been focused on homologous cytochrome complexes from mammalian species, which has resulted in the failure of some drug candidates owing to toxicity in the host. Crystallographic studies of the native parasite proteins are not feasible owing to limited availability of the proteins. Here, it is demonstrated that cytochrome is highly amenable to single-particle cryo-EM (which uses significantly less protein) by solving the apo and two inhibitor-bound structures to ∼4.1 Å resolution, revealing clear inhibitor density at the binding site. Therefore, cryo-EM is proposed as a viable alternative method for structure-based drug discovery using both host and parasite enzymes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fo0.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fo0.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fo0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fo0_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fo0_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6fo0_validation.xml.gz | 108.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fo0_validation.cif.gz | 165.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fo0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fo0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 7種, 14分子 NAOBRESFTGUHWJ
#1: タンパク質 | 分子量: 52796.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800 #2: タンパク質 | 分子量: 48204.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004 #5: タンパク質 | 分子量: 29586.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase #6: タンパク質 | 分子量: 13502.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129 #7: タンパク質 | 分子量: 9737.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271 #8: タンパク質 | 分子量: 10638.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126 #10: タンパク質 | 分子量: 7469.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130 |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 PCQD
#3: タンパク質 | 分子量: 42620.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157 #4: タンパク質 | 分子量: 35343.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 VI
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1816.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272*PLUS |
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-非ポリマー , 3種, 8分子
#11: 化合物 | ChemComp-HEM / #12: 化合物 | #13: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cytochrome bc1 in complex with the antimalarial inhibitor GSK932121 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.48 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: Mitochondria / 器官: Heart | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: blot for 6 seconds with a blot force of 6 before plunge-freezing |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 79000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8840 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 466865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 232910 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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