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- PDB-4d6u: Cytochrome bc1 bound to the 4(1H)-pyridone GSK932121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d6u
タイトルCytochrome bc1 bound to the 4(1H)-pyridone GSK932121
要素
  • (CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT ...) x 10
  • CYTOCHROME B
  • CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
キーワードOXIDOREDUCTASE / MEMBRANE PROTEIN / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane ...Complex III assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit ...Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-G8U / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PHOSPHATE ION / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 ...CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-G8U / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PHOSPHATE ION / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.09 Å
データ登録者Capper, M.J. / ONeill, P.M. / Fisher, N. / Strange, R.W. / Moss, D. / Ward, S.A. / Berry, N.G. / Lawrenson, A.S. / Hasnain, S.S. / Biagini, G.A. / Antonyuk, S.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Antimalarial 4(1H)-Pyridones Bind to the Qi Site of Cytochrome Bc1.
著者: Capper, M.J. / O'Neill, P.M. / Fisher, N. / Strange, R.W. / Moss, D. / Ward, S.A. / Berry, N.G. / Lawrenson, A.S. / Hasnain, S.S. / Biagini, G.A. / Antonyuk, S.V.
履歴
登録2014年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年12月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
B: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
C: CYTOCHROME B
D: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
E: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
F: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
G: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
H: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
I: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
J: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
N: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
O: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
P: CYTOCHROME B
Q: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
R: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
S: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
T: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
U: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
V: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
W: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)573,44047
ポリマ－558,93020
非ポリマー14,50927
水00
1
A: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
B: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
C: CYTOCHROME B
D: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
E: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
F: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
G: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
H: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
I: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
J: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,74924
ポリマ－279,48610
非ポリマー7,26314
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38940 Å2
ΔGint-244.2 kcal/mol
Surface area94800 Å2
手法PQS
2
N: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
O: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
P: CYTOCHROME B
Q: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
R: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
S: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
T: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
U: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
V: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
W: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,69123
ポリマ－279,44510
非ポリマー7,24613
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37720 Å2
ΔGint-239.2 kcal/mol
Surface area101890 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.490, 129.490, 719.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

-
CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT ... , 10種, 16分子 ABEIRFSGTHUJWNOV

#1: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE PROTEIN I / UBIQUINOL-CYTOCHROME- C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 1


分子量: 52796.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P31800
#2: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE PROTEIN II / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2


分子量: 48203.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P23004
#5: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP / ...COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT / COMPLEX III SUBUNIT IX / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 8 KDA PROTEIN


分子量: 29586.842 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7 / COMPLEX III SUBUNIT 7 / COMPLEX III SUBUNIT VII / QP-C / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ...COMPLEX III SUBUNIT 7 / COMPLEX III SUBUNIT VII / QP-C / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KDA PROTEIN


分子量: 13502.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00129
#7: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8 / COMPLEX III SUBUNIT 8 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / UBIQUINOL- CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 9.5 ...COMPLEX III SUBUNIT 8 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / UBIQUINOL- CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 9.5 KDA PROTEIN / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C


分子量: 9737.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13271
#8: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 6 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / CYTOCHROME C1 NON-HEME 11 KDA PROTEIN / ...COMPLEX III SUBUNIT 6 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / CYTOCHROME C1 NON-HEME 11 KDA PROTEIN / MITOCHONDRIAL HINGE PROTEIN / UBIQUINOL- CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 11 KDA PROTEIN


分子量: 10638.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00126
#9: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9 / COMPLEX III SUBUNIT 9 / COMPLEX III SUBUNIT X / CYTOCHROME C1 NON-HEME 7 KDA PROTEIN / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 9 / COMPLEX III SUBUNIT X / CYTOCHROME C1 NON-HEME 7 KDA PROTEIN / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.2 KDA PROTEIN


分子量: 7469.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00130
#10: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE PROTEIN I / UBIQUINOL-CYTOCHROME- C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 1


分子量: 52768.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P31800
#11: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE PROTEIN II / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2


分子量: 48204.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P23004
#12: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP / ...COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT / COMPLEX III SUBUNIT IX / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 8 KDA PROTEIN


分子量: 29572.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CPDQ

#3: タンパク質 CYTOCHROME B / COMPLEX III SUBUNIT 3 / COMPLEX III SUBUNIT III / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 3 / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 3 / COMPLEX III SUBUNIT III / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 3 / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CYTOCHROME B SUBUNIT


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00157
#4: タンパク質 CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 4 / COMPLEX III SUBUNIT IV / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 4 / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 4 / COMPLEX III SUBUNIT IV / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 4 / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CYTOCHROME C1 SUBUNIT / CYTOCHROME C-1 / CYTOCHROME BC1


分子量: 35343.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE 4(1H)-PYRIDONE, GSK932121, BOUND IN THE QI SITE OF CYTOCHROME B
由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00125

-
非ポリマー , 8種, 27分子

#13: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#14: 化合物 ChemComp-G8U / 3-chloro-6-(hydroxymethyl)-2-methyl-5-{4-[3-(trifluoromethoxy)phenoxy]phenyl}pyridin-4-ol


分子量: 425.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15ClF3NO4
#15: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#16: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#18: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#20: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION 50 MM KPI, PH 6.8, 100 MM NACL, 3 MM NAN3, 10 - 13 % PEG4000,1.4% HECAMEG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.09→42.1 Å / Num. obs: 42955 / % possible obs: 80.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 123.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 4.09→4.25 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / % possible all: 51.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PPJ

1ppj


解像度: 4.09→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27106 2147 5 %RANDOM
Rwork0.2233 ---
obs0.22573 40901 80.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 162.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.57 Å21.79 Å20 Å2
2--3.57 Å20 Å2
3----11.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.09→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30363 0 717 0 31080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01931844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.095→4.201 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 88 -
Rwork0.334 1897 -
obs--50.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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