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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dzk | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Mycobacterium smegmatis C(minus) 30S ribosomal subunit with MPY | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Hibernation factor complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
![]() | Sharma, M.R. / Li, Y. / Korripella, R. / Yang, Y. / Kaushal, P.S. / Lin, Q. / Wade, J.T. / Gray, A.G. / Derbyshire, K.M. / Agrawal, R.K. / Ojha, A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Zinc depletion induces ribosome hibernation in mycobacteria. 著者: Yunlong Li / Manjuli R Sharma / Ravi K Koripella / Yong Yang / Prem S Kaushal / Qishan Lin / Joseph T Wade / Todd A Gray / Keith M Derbyshire / Rajendra K Agrawal / Anil K Ojha / ![]() 要旨: Bacteria respond to zinc starvation by replacing ribosomal proteins that have the zinc-binding CXXC motif (C+) with their zinc-free (C-) paralogues. Consequences of this process beyond zinc ...Bacteria respond to zinc starvation by replacing ribosomal proteins that have the zinc-binding CXXC motif (C+) with their zinc-free (C-) paralogues. Consequences of this process beyond zinc homeostasis are unknown. Here, we show that the C- ribosome in is the exclusive target of a bacterial protein Y homolog, referred to as mycobacterial-specific protein Y (MPY), which binds to the decoding region of the 30S subunit, thereby inactivating the ribosome. MPY binding is dependent on another mycobacterial protein, MPY recruitment factor (MRF), which is induced on zinc depletion, and interacts with C- ribosomes. MPY binding confers structural stability to C- ribosomes, promoting survival of growth-arrested cells under zinc-limiting conditions. Binding of MPY also has direct influence on the dynamics of aminoglycoside-binding pockets of the C- ribosome to inhibit binding of these antibiotics. Together, our data suggest that zinc limitation leads to ribosome hibernation and aminoglycoside resistance in mycobacteria. Furthermore, our observation of the expression of the proteins of C- ribosomes in in a mouse model of infection suggests that ribosome hibernation could be relevant in our understanding of persistence and drug tolerance of the pathogen encountered during chemotherapy of TB. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 CDEFGHIJKLMOPQSTVrN
#3: タンパク質 | 分子量: 30191.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD7 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 23415.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 21814.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG6 |
#6: タンパク質 | 分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 17660.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS97 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14361.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG3 |
#9: タンパク質 | 分子量: 16794.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSP9 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11454.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD0 |
#11: タンパク質 | 分子量: 14671.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL6 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13896.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS96 |
#13: タンパク質 | 分子量: 14249.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL5 |
#14: タンパク質 | 分子量: 10236.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QVQ3 |
#15: タンパク質 | 分子量: 16795.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QV37 |
#16: タンパク質 | 分子量: 11127.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSE0 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10800.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD5 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9556.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R102 |
#19: タンパク質 | 分子量: 30145.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QVB8 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9606.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 11661.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R550 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 Yg
#21: タンパク質 | 分子量: 26447.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#23: タンパク質 | 分子量: 9141.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R554 |
-RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 490111.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4033.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QR10*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterium smegmatis (Cminus) 70S with MPY / タイプ: RIBOSOME 詳細: Mycobacterium smegmatis 30S ribosomal subunit with MPY Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 67 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 205510 | |||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66840 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |