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- PDB-6ny6: Structure of dimeric Escherichia coli toxin YoeB bound to the The... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ny6 | |||||||||
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Title | Structure of dimeric Escherichia coli toxin YoeB bound to the Thermus thermophilus 30S ribosome | |||||||||
![]() |
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![]() | RIBOSOME | |||||||||
Function / homology | ![]() global gene silencing by mRNA cleavage / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / RNA catabolic process / regulation of growth / mRNA catabolic process / ribosomal small subunit binding / negative regulation of translational initiation / RNA endonuclease activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters ...global gene silencing by mRNA cleavage / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / RNA catabolic process / regulation of growth / mRNA catabolic process / ribosomal small subunit binding / negative regulation of translational initiation / RNA endonuclease activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / response to heat / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / tRNA binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pavelich, I.J. / Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Dunham, C.M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Monomeric YoeB toxin retains RNase activity but adopts an obligate dimeric form for thermal stability. Authors: Pavelich, I.J. / Maehigashi, T. / Hoffer, E.D. / Ruangprasert, A. / Miles, S.J. / Dunham, C.M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 134.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 195.2 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6otrC ![]() 6oxaC ![]() 6oxiC ![]() 1j5eS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-30S ribosomal protein ... , 20 types, 20 molecules BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: Protein | Mass: 29317.703 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#3: Protein | Mass: 26751.076 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
#4: Protein | Mass: 24373.447 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#21: Protein/peptide | Mass: 3350.030 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
-RNA chain / Protein , 2 types, 3 molecules AYZ
#1: RNA chain | Mass: 494263.469 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#22: Protein | Mass: 10233.658 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 186 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#23: Chemical | ChemComp-MG / #24: Chemical | ChemComp-SF4 / | #25: Chemical | ChemComp-ZN / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.44 Å3/Da / Density % sol: 72.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: MPD, AMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.74→49.826 Å / Num. obs: 145546 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.29 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06808 / Net I/σ(I): 10.95 |
Reflection shell | Resolution: 3.74→3.874 Å / Redundancy: 2.17 % / Rmerge(I) obs: 0.4847 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 9392 / CC1/2: 0.673 / % possible all: 85.1 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1J5E Resolution: 3.74→49.826 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.74→49.826 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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