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Yorodumi- PDB-6oxa: Dimeric E.coli YoeB bound to Thermus thermophilus 70S pre-cleavag... -
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6oxa | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Dimeric E.coli YoeB bound to Thermus thermophilus 70S pre-cleavage (AAU) | |||||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / PROTEIN BIOSYNTHESIS / RIBOSOMES / RNA / mRNA / tRNA / TRANSFER RNA / 30S / 50S / 70S / 16S / 23S / RIBOSOMAL SUBUNIT / BACTERIAL PROTEINS / TRANSLATION / BACTERIAL TRANSLATION / CODON / DECODING / FRAMESHIFT SUPPRESSOR | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationglobal gene silencing by mRNA cleavage / RNA catabolic process / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding ...global gene silencing by mRNA cleavage / RNA catabolic process / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria)![]() Thermus thermophilus (bacteria)![]() Streptomyces alboniger (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.25 Å | |||||||||
Authors | Pavelich, I.J. / Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Dunham, C.M. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019Title: Monomeric YoeB toxin retains RNase activity but adopts an obligate dimeric form for thermal stability. Authors: Pavelich, I.J. / Maehigashi, T. / Hoffer, E.D. / Ruangprasert, A. / Miles, S.J. / Dunham, C.M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 6oxa.cif.gz | 14.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6oxa.ent.gz | Display | PDB format | |
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-Validation report
| Summary document | 6oxa_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6oxa_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
| Data in XML | 6oxa_validation.xml.gz | 398.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 6oxa_validation.cif.gz | 655 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/6oxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/6oxa | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6ny6C ![]() 6otrC ![]() 6oxiC ![]() 4v5cS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-RNA chain , 6 types, 14 molecules QAXAQVQWXVXWQXXXRAYARBYBZAZB
| #1: RNA chain | Mass: 493652.156 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Variant: HB8 / References: GenBank: 55771382#21: RNA chain | Mass: 24802.785 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: Escherichia coli / Source: (synth.) ![]() #22: RNA chain | Mass: 7194.460 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Escherichia coli / Source: (synth.) ![]() #32: RNA chain | Mass: 947895.375 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Variant: HB8 / References: GenBank: 55771382#33: RNA chain | Mass: 40152.945 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Variant: HB8 / References: GenBank: 55771382#56: RNA chain | Mass: 1098.880 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Streptomyces alboniger (bacteria) |
|---|
-30S ribosomal protein ... , 20 types, 40 molecules QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQMXMQNXNQOXOQPXPQQXQ...
| #2: Protein | Mass: 29317.703 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80371 #3: Protein | Mass: 26751.076 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80372 #4: Protein | Mass: 24373.447 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80373 #5: Protein | Mass: 17583.416 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHQ5 #6: Protein | Mass: 11988.753 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLP8 #7: Protein | Mass: 18050.973 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P17291 #8: Protein | Mass: 15868.570 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY9 #9: Protein | Mass: 14410.614 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80374 #10: Protein | Mass: 11954.968 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN7 #11: Protein | Mass: 13737.868 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80376 #12: Protein | Mass: 14338.861 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80377 #13: Protein | Mass: 7158.725 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY6 #14: Protein | Mass: 10578.407 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJ76 #15: Protein | Mass: 10409.983 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJH3 #16: Protein | Mass: 12325.655 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY7 #17: Protein | Mass: 10258.299 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLQ0 #18: Protein | Mass: 10605.464 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHP2 #19: Protein | Mass: 11736.143 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80380 #20: Protein/peptide | Mass: 3350.030 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SIH3 #51: Protein | Mass: 14637.384 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Variant: HB8 / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN3 |
|---|
-Protein , 1 types, 4 molecules QYQZXYXZ
| #23: Protein | Mass: 10233.658 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: J7QFC0, Hydrolases; Acting on ester bonds |
|---|
+50S ribosomal protein ... , 29 types, 58 molecules R0Y0R2Y2R3Y3R4Y4R5Y5R6Y6R7Y7R9Y9RDYDREYERGYGRHYHRIYIRNYNROYO...
-Non-polymers , 3 types, 906 molecules 




| #57: Chemical | ChemComp-MG / #58: Chemical | #59: Chemical | ChemComp-ZN / |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.33 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris-HAc, 0.2M KSCN, PEG 5.1%, 5.1% PEG550MME |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 21, 2013 / Details: S/N 60-0112-F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Kohzu HLD8-24 monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.2→146.585 Å / Num. obs: 883891 / % possible obs: 92.5 % / Redundancy: 3.22 % / Biso Wilson estimate: 65.193 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Rrim(I) all: 0.279 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 5.87 / Num. measured all: 2845730 / Scaling rejects: 1588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4V5C Resolution: 3.25→146.585 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 24.4 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 499.28 Å2 / Biso mean: 88.9106 Å2 / Biso min: 1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.25→146.585 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




Thermus thermophilus HB8 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation



PDBj































