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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xth | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human respiratory supercomplex I1III2IV1 | ||||||||||||||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / Homo sapiens / Oxidoreductase / Respiratory / Supercomplex / ELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Complex I biogenesis / protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching / protein lipoylation / pyramidal neuron development / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to mercury ion ...subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Complex I biogenesis / protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching / protein lipoylation / pyramidal neuron development / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to mercury ion / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / thalamus development / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory gaseous exchange by respiratory system / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / Mitochondrial protein import / : / mitochondrial large ribosomal subunit binding / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / gliogenesis / : / response to alkaloid / neural precursor cell proliferation / cardiac muscle tissue development / cytochrome-c oxidase / : / [2Fe-2S] cluster assembly / oxidative phosphorylation / oxygen sensor activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / quinol-cytochrome-c reductase / response to copper ion / ubiquinone-6 biosynthetic process / response to glucagon / respiratory chain complex I / cellular respiration / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / iron-sulfur cluster assembly / azurophil granule membrane / NADH dehydrogenase activity / midbrain development / mitochondrial ribosome / hypothalamus development / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / sodium ion transport / mitochondrial translation / response to cobalamin / Mitochondrial protein degradation / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / positive regulation of execution phase of apoptosis / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / RHOG GTPase cycle / endopeptidase activator activity / acyl binding / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / response to hyperoxia / acyl carrier activity / cellular response to interferon-beta / quinone binding / animal organ regeneration / electron transport coupled proton transport / : / enzyme regulator activity / ATP synthesis coupled electron transport / response to cadmium ion / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP metabolic process / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cAMP / Mitochondrial protein degradation / : / substantia nigra development / ionotropic glutamate receptor binding / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / neurogenesis / cerebellum development / regulation of mitochondrial membrane potential / response to activity / generation of precursor metabolites and energy / synaptic membrane / central nervous system development 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Gu, J. / Wu, M. / Yang, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV. 著者: Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang / ![]() 要旨: The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole. | ||||||||||||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6775MC ![]() 6771C ![]() 6772C ![]() 6773C ![]() 6774C ![]() 6776C ![]() 5xtbC ![]() 5xtcC ![]() 5xtdC ![]() 5xteC ![]() 5xtiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 AKO
#1: タンパク質 | 分子量: 47323.938 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 27-457 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P49821, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
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#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3900.312 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 74-106 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 23430.881 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 36-247 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19404, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCLPQTh
#2: タンパク質 | 分子量: 20314.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O00217, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 17887.928 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 58-213 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O75251, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
#11: タンパク質 | 分子量: 13721.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 58-175 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 24432.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 43-250 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O75489, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
#16: タンパク質 | 分子量: 49236.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O75306, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase |
#18: タンパク質 | 分子量: 10578.848 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 29-123 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 12314.254 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2-105 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 12種, 12分子 EFHIJNSUVWuw
#4: タンパク質 | 分子量: 13758.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-154 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 9535.905 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 14-96 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 13119.208 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 5-116 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 12282.051 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 4-113 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 38387.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 40-376 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 16880.068 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2-144 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 8084.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 9156.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 14736.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 16132.570 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 7-144 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 19853.736 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 4-172 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 37200.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 4種, 7分子 GXMAHAUAJAV
#6: タンパク質 | 分子量: 9845.247 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 72-156 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #12: タンパク質 | | 分子量: 75471.484 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 30-716 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P28331, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), NADH dehydrogenase #65: タンパク質 | 分子量: 27388.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #66: タンパク質 | 分子量: 42543.016 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-379 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 YZabcdenopv
#22: タンパク質 | 分子量: 7468.270 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 39-97 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#23: タンパク質 | 分子量: 9261.605 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 10-89 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 16573.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 52-189 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 15008.635 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 3-126 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 18267.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 34-186 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 20721.650 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-171 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 11494.942 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 54-150 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 6741.883 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 3-58 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 15100.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 21189.141 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 8-179 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 14997.401 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 3-124 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 fg
#29: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5704.602 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 28-74 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#30: タンパク質 | 分子量: 14209.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 ijklmrs
#32: タンパク質 | 分子量: 39007.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q4GRX1, UniProt: P03891*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#33: タンパク質 | 分子量: 13147.871 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-115 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: B9EE38, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#34: タンパク質 | 分子量: 10702.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-97 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: V9JN72, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#35: タンパク質 | 分子量: 67096.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: X5BVZ3, UniProt: P03915*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#36: タンパク質 | 分子量: 18660.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q8HAX7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#40: タンパク質 | 分子量: 51689.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: B2XJG5, UniProt: P03905*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#41: タンパク質 | 分子量: 35621.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: H9PGF0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 13分子 xyz0123456789
#45: タンパク質 | 分子量: 57065.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#46: タンパク質 | 分子量: 26040.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 29957.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 16913.367 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 28-169 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 12453.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 10684.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 9452.687 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 13-96 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 8925.979 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 12-86 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#53: タンパク質 | 分子量: 8494.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#54: タンパク質 | 分子量: 6286.220 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-77 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#55: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5442.168 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 30-78 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#56: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5449.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#57: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4738.523 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 25-67 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 9種, 18分子 AAANABAOACAPADAQAEARAFASAGATAKAWALAY
#58: タンパク質 | 分子量: 9791.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #59: タンパク質 | 分子量: 5893.814 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-57 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #60: タンパク質 | 分子量: 21645.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #61: タンパク質 | 分子量: 7189.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #62: タンパク質 | 分子量: 8861.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 18-91 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #63: タンパク質 | 分子量: 13037.842 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 6-111 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #64: タンパク質 | 分子量: 5958.912 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-52 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #67: タンパク質 | 分子量: 44946.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 35-453 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #68: タンパク質 | 分子量: 49181.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 14種, 63分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
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![](data/chem/img/CDL.gif)
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![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
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#69: 化合物 | ChemComp-SF4 / #70: 化合物 | ChemComp-FMN / | #71: 化合物 | ChemComp-PLX / ( #72: 化合物 | #73: 化合物 | ChemComp-NDP / | #74: 化合物 | ChemComp-FES / #75: 化合物 | ChemComp-CDL / #76: 化合物 | ChemComp-PEE / #77: 化合物 | #78: 化合物 | ChemComp-MG / | #79: 化合物 | #80: 化合物 | ChemComp-ZN / | #81: 化合物 | #82: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human respiratory supercomplex I1III2IV1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#68 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167761 / 対称性のタイプ: POINT |