+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9758 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | pCBH ParM filament | ||||||||||||
マップデータ | Averaged density map for the medium layer of pCBH ParM filament | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | ParM / filaments / cytoskeleton / PROTEIN FIBRIL | ||||||||||||
機能・相同性 | Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ParM-like / ATPase, nucleotide binding domain / Actin-like protein N-terminal domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Clostridium botulinum F str. 230613 (ボツリヌス菌) / Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Koh F / Narita A | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: The structure of a 15-stranded actin-like filament from Clostridium botulinum. 著者: Fujiet Koh / Akihiro Narita / Lin Jie Lee / Kotaro Tanaka / Yong Zi Tan / Venkata P Dandey / David Popp / Robert C Robinson / 要旨: Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein ...Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein fold. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of a complex filament formed from 15 protofilaments of an actin-like protein. This actin-like ParM is encoded on the large pCBH Clostridium botulinum plasmid. In cross-section, the ~26 nm diameter filament comprises a central helical protofilament surrounded by intermediate and outer layers of six and eight twisted protofilaments, respectively. Alternating polarity of the layers allows for similar lateral contacts between each layer. This filament design is stiffer than the actin filament, and has likely been selected for during evolution to move large cargos. The comparable sizes of microtubule and pCBH ParM filaments indicate that larger filament architectures are not limited by the protomer fold. Instead, function appears to have been the evolutionary driving force to produce broad, complex filaments. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9758.map.gz | 3.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9758-v30.xml emd-9758.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9758.png | 129.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9758.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9758 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9758 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9758_validation.pdf.gz | 509 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_9758_full_validation.pdf.gz | 508.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9758_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9758_validation.cif.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9758 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9758 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9758.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Averaged density map for the medium layer of pCBH ParM filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.331 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum
全体 | 名称: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum
超分子 | 名称: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum F str. 230613 (ボツリヌス菌) Organelle: pCBH plasmid |
-分子 #1: Putative plasmid segregation protein ParM
分子 | 名称: Putative plasmid segregation protein ParM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌) |
分子量 | 理論値: 39.560168 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNKYTIAIDL GYGQIKGINQ DNKRVIFPSI ISSGKDRSLD TFFNSIDNIV DNIHVKILDE YFNEKEYFVG ELAKRQPSNS SFINRDNKI NSEENKVLLA TALGLLIPND LPNDTKIHIV TGLPLEHFIK QKQALNDMLK DFEHTIKFVD HNFSRNIKFE E SNITLFPQ ...文字列: MNKYTIAIDL GYGQIKGINQ DNKRVIFPSI ISSGKDRSLD TFFNSIDNIV DNIHVKILDE YFNEKEYFVG ELAKRQPSNS SFINRDNKI NSEENKVLLA TALGLLIPND LPNDTKIHIV TGLPLEHFIK QKQALNDMLK DFEHTIKFVD HNFSRNIKFE E SNITLFPQ GAGAIFSKIN NDISSLLIKE TFIGLIDVGF KTTDIVVFRI NKDKEPVFEQ EMSATLDGLG MINIYNTMDK AF TDNSRDG SKLNTEQLML LCEEGKIFFK GDYIDLKKDL IKARKTLSTN IINKADGLWG SRKNSFNSIM IAGGGGKVLY NHL KLIEPN MCQLIDNPEF ANAIGYLEFG KQF UniProtKB: Actin-like protein N-terminal domain-containing protein |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 50.26 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -50.37 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 33356 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |