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万見
- PDB-1fgj: X-RAY STRUCTURE OF HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fgj
タイトルX-RAY STRUCTURE OF HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
要素HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITRIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine dehydrogenase / hydroxylamine oxidase activity / hydroxylamine oxidase / anaerobic respiration, using ammonium as electron donor / hydroxylamine oxidoreductase activity / anammoxosome / protein homotrimerization / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2 / Hydroxylamine oxidase / Seven times multi-haem cytochrome CxxCH / : / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Up-down Bundle ...Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2 / Hydroxylamine Oxidoreductase; Chain A, domain 2 / Hydroxylamine oxidase / Seven times multi-haem cytochrome CxxCH / : / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hydroxylamine oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tanaka, N. / Igarashi, N. / Moriyama, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The 2.8 A structure of hydroxylamine oxidoreductase from a nitrifying chemoautotrophic bacterium, Nitrosomonas europaea.
著者: Igarashi, N. / Moriyama, H. / Fujiwara, T. / Fukumori, Y. / Tanaka, N.
履歴
登録1997年3月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
B: HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,34118
ポリマ－123,4732
非ポリマー9,86816
水00
1
A: HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子

A: HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子

A: HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,01127
ポリマ－185,2093
非ポリマー14,80224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area45340 Å2
ΔGint-675 kcal/mol
Surface area49290 Å2
手法PISA, PQS
2
B: HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子

B: HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子

B: HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,01127
ポリマ－185,2093
非ポリマー14,80224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area45580 Å2
ΔGint-662 kcal/mol
Surface area49350 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.200, 96.200, 265.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE


分子量: 61736.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nitrosomonas europaea (バクテリア) / 参照: UniProt: Q50925, hydroxylamine oxidase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
21.2 Mammonium sulfate1drop
325 mMTris-HCl1drop
42.4 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月6日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 33905 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.79
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / % possible all: 95
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 2
詳細: THE AUTHORS REFINED THE STRUCTURE BY ELIMINATING THE REPULSIVE FORCES BETWEEN HEME P460 AND ADJACENT TYR 467, BECAUSE AT PRESENT, X-PLOR CANNOT CONSTRAIN THE LINKAGE BETWEEN CRYSTALLOGRAPHIC ...詳細: THE AUTHORS REFINED THE STRUCTURE BY ELIMINATING THE REPULSIVE FORCES BETWEEN HEME P460 AND ADJACENT TYR 467, BECAUSE AT PRESENT, X-PLOR CANNOT CONSTRAIN THE LINKAGE BETWEEN CRYSTALLOGRAPHIC RELATED SUBUNITS. THIS UNUSUAL LINKAGE IS THOUGHT TO BE COVALENT BOND.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 -5 %
Rwork0.23 --
obs0.23 33139 99.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7960 0 688 0 8648
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.629

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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