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- PDB-6jo8: The complex structure of CHIKV envelope glycoprotein bound to hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jo8
タイトルThe complex structure of CHIKV envelope glycoprotein bound to human MXRA8
要素
  • CHIKV E1
  • Matrix remodeling-associated protein 8
  • Togavirin
キーワードVIRAL PROTEIN / Arthritogenic alphaviruses / receptor / MXRA8 / Chikungunya virus
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of glial blood-brain barrier / T=4 icosahedral viral capsid / ciliary membrane / host cell membrane / bicellular tight junction / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / viral capsid / cell differentiation / host cell cytoplasm ...establishment of glial blood-brain barrier / T=4 icosahedral viral capsid / ciliary membrane / host cell membrane / bicellular tight junction / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / viral capsid / cell differentiation / host cell cytoplasm / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2230 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Matrix remodeling-associated protein 8 / Alphavirus E2 glycoprotein, A domain / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein ...Helix Hairpins - #2230 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Matrix remodeling-associated protein 8 / Alphavirus E2 glycoprotein, A domain / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Helix Hairpins / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin E-set / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyprotein / Structural polyprotein / Matrix remodeling-associated protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.495 Å
データ登録者Song, H. / Zhao, Z. / Qi, J. / Gao, F. / Gao, F.G.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of Arthritogenic Alphavirus Receptor MXRA8 Binding to Chikungunya Virus Envelope Protein.
著者: Hao Song / Zhennan Zhao / Yan Chai / Xiyue Jin / Changyao Li / Fei Yuan / Sheng Liu / Zhengrong Gao / Haiyuan Wang / Jian Song / Leonardo Vazquez / Yanfang Zhang / Shuguang Tan / Carlos M ...著者: Hao Song / Zhennan Zhao / Yan Chai / Xiyue Jin / Changyao Li / Fei Yuan / Sheng Liu / Zhengrong Gao / Haiyuan Wang / Jian Song / Leonardo Vazquez / Yanfang Zhang / Shuguang Tan / Carlos M Morel / Jinghua Yan / Yi Shi / Jianxun Qi / Feng Gao / George F Gao /
要旨: Arthritogenic alphaviruses, such as Chikungunya virus (CHIKV), cause severe and debilitating rheumatic diseases worldwide, resulting in severe morbidity and economic costs. Recently, MXRA8 was ...Arthritogenic alphaviruses, such as Chikungunya virus (CHIKV), cause severe and debilitating rheumatic diseases worldwide, resulting in severe morbidity and economic costs. Recently, MXRA8 was reported as an entry receptor. Here, we present the crystal structures of the mouse MXRA8, human MXRA8 in complex with the CHIKV E protein, and the cryo-electron microscopy structure of human MXRA8 and CHIKV virus-like particle. MXRA8 has two Ig-like domains with unique structural topologies. This receptor binds in the "canyon" between two protomers of the E spike on the surface of the virion. The atomic details at the interface between the two binding entities reveal that both the two domains and the hinge region of MXRA8 are involved in interaction with CHIKV E1-E2 residues from two protomers. Notably, the stalk region of MXRA8 is critical for CHIKV virus entry. This finding provides important information regarding the development of therapeutic countermeasures against those arthritogenic alphaviruses.
履歴
登録2019年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Togavirin
B: CHIKV E1
C: Togavirin
D: CHIKV E1
E: Togavirin
F: CHIKV E1
M: Matrix remodeling-associated protein 8
N: Matrix remodeling-associated protein 8
O: Matrix remodeling-associated protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,67913
ポリマ－366,1859
非ポリマー1,4944
水00
1
A: Togavirin
B: CHIKV E1
O: Matrix remodeling-associated protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7075
ポリマ－122,0623
非ポリマー6462
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Togavirin
D: CHIKV E1
N: Matrix remodeling-associated protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,4864
ポリマ－122,0623
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Togavirin
F: CHIKV E1
M: Matrix remodeling-associated protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,4864
ポリマ－122,0623
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)208.790, 208.790, 299.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Togavirin / CHIKV p62


分子量: 45882.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): high5 / 参照: UniProt: C8YZ73, togavirin
#2: タンパク質 CHIKV E1


分子量: 46030.770 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): high5 / 参照: UniProt: A4L787
#3: タンパク質 Matrix remodeling-associated protein 8 / MXRA8 / Limitrin


分子量: 30148.695 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MXRA8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BRK3
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.8M Ammomium phophate dibasic, 0.1M sodium acetate pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→50.15 Å / Num. obs: 95731 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 130.4 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.042 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 3.49→3.61 Å / 冗長度: 127 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 9457 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.802 / Rsym value: 0.9022 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類NB
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N40

3n40


解像度: 3.495→50.15 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 4643 4.86 %
Rwork0.2484 90872 -
obs0.2495 95515 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 497.11 Å2 / Biso mean: 202.241 Å2 / Biso min: 74.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.495→50.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23406 0 98 0 23504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4954-3.53510.46771560.44642776293292
3.5351-3.57670.43451740.434929643138100
3.5767-3.62030.37261200.413730373157100
3.6203-3.66610.35981570.397330233180100
3.6661-3.71440.38361560.38929703126100
3.7144-3.76520.43651180.371230423160100
3.7652-3.8190.37211420.348129983140100
3.819-3.8760.36721750.334430013176100
3.876-3.93650.30771650.320930063171100
3.9365-4.0010.30741610.303629813142100
4.001-4.070.28651340.294330193153100
4.07-4.1440.28781400.285830353175100
4.144-4.22360.29611650.265930063171100
4.2236-4.30980.29231800.256129963176100
4.3098-4.40350.26391170.236730473164100
4.4035-4.50580.25551400.238930313171100
4.5058-4.61840.24921580.226330293187100
4.6184-4.74320.23891500.222230543204100
4.7432-4.88270.26591580.21429993157100
4.8827-5.04010.25061740.218730063180100
5.0401-5.22010.24681770.222630623239100
5.2201-5.42890.2641610.229729893150100
5.4289-5.67560.3031470.226830453192100
5.6756-5.97440.25951750.238730583233100
5.9744-6.3480.30361360.251230903226100
6.348-6.8370.27451530.237530483201100
6.837-7.5230.27821840.229930523236100
7.523-8.60690.22351510.216431203271100
8.6069-10.82580.20971430.207531393282100
10.8258-50.15490.24771760.237532493425100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0498-0.97560.26980.5-0.64211.35990.1785-0.15910.06030.0789-0.0041-0.1897-0.00680.34320.00060.7509-0.1582-0.12730.9450.02991.136727.338124.021339.2505
20.07190.0243-0.12380.73170.35631.1144-0.1536-0.41790.13560.51790.3749-0.13560.68740.13810.09391.6330.0168-0.24361.04470.12811.009937.1563-12.869848.9617
30.10560.09260.03670.247-0.32850.7735-0.08460.02580.3057-0.04290.25870.3499-0.01460.176-01.3795-0.4915-0.06951.5817-0.08571.301756.318246.995448.9666
40.38540.2294-0.00780.1511-0.09030.7077-0.1023-0.3448-0.15340.139-0.10150.0376-0.11050.5103-0.00171.5249-0.54380.03932.0837-0.23731.467937.84642.672382.5852
50.2636-0.2395-0.11290.4867-0.31580.702-0.0381-0.149-0.147-0.07280.06920.05720.12170.8186-00.9156-0.0139-0.03332.1306-0.05061.299563.425219.212930.7913
60.3303-0.29590.09320.082-0.22360.36870.0761-0.4921-0.3033-0.005-0.1831-0.1840.43640.6959-0.33020.79040.266-0.25942.84380.16361.259392.113519.471356.4594
70.32010.52060.31730.96540.55840.48420.125-0.0507-0.09920.0787-0.177-0.07340.24970.098401.40750.0459-0.12991.06840.0581.285632.66835.936911.3528
80.65570.1017-0.02150.1899-0.13540.21220.1165-0.47460.1551-0.54560.1445-0.1686-0.1240.9097-01.6666-0.4941-0.02622.62110.12321.724985.157345.24122.9967
90.37170.10040.26230.2685-0.02340.1636-0.4636-0.48780.1810.23210.20710.38140.20080.1787-02.7236-0.1685-0.091.77260.08791.960724.192362.220347.2326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA5 - 405
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB-1 - 391
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC68 - 405
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD-1 - 391
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE68 - 405
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF-1 - 391
7X-RAY DIFFRACTION7chain MM33 - 292
8X-RAY DIFFRACTION8chain NN33 - 292
9X-RAY DIFFRACTION9chain OO33 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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