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Yorodumi- PDB-4irz: Crystal structure of A4b7 headpiece complexed with Fab Natalizumab -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4irz | |||||||||
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Title | Crystal structure of A4b7 headpiece complexed with Fab Natalizumab | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / rolling and firm adhesion / MAdCAM | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / C-X3-C chemokine binding / negative regulation of protein homodimerization activity / cell-cell adhesion in response to extracellular stimulus / cell-cell adhesion mediated by integrin / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / C-X3-C chemokine binding / negative regulation of protein homodimerization activity / cell-cell adhesion in response to extracellular stimulus / cell-cell adhesion mediated by integrin / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / receptor clustering / endodermal cell differentiation / cell adhesion molecule binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell surface / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Oryctolagus cuniculus (rabbit) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.84 Å | |||||||||
Authors | Yu, Y. / Schurpf, T. / Springer, T.A. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: How natalizumab binds and antagonizes alpha 4 integrins. Authors: Yu, Y. / Schurpf, T. / Springer, T.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4irz.cif.gz | 584 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4irz.ent.gz | 494.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4irz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4irz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4irz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 65644.656 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oryctolagus cuniculus (rabbit) / Cell line (production host): CHO Lec3.2.8.1 / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) / References: UniProt: G1TY34*PLUS |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules LH
#2: Antibody | Mass: 23289.910 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: humanized antibody / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Description: humanized antibody |
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#3: Antibody | Mass: 24001.840 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: humanized antibody / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Description: humanized antibody |
-Sugars , 2 types, 5 molecules
#4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#6: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 5 types, 19 molecules
#5: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Chemical | ChemComp-NDS / | #9: Chemical | ChemComp-NA / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 6%PEG2000,0.1M Bicine pH9.0, 5%dioxane, 300mM NDSB-195, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 10, 2011 |
Radiation | Monochromator: double silicon crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.84→12.7 Å / Num. all: 30383 / Num. obs: 30297 / % possible obs: 99.7 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.84→44.619 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.99 / Phase error: 31.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.84→44.619 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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