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- EMDB-8563: CryoEM structure of an influenza virus receptor-binding site anti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8563
タイトルCryoEM structure of an influenza virus receptor-binding site antibody-antigen interface - Class 3
マップデータinfluenza virus receptor-binding site antibody-antigen interface - Class 3
試料
  • 複合体: Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chain variable-domain fragment
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
    • タンパク質・ペプチド: scFv
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードviral glycoprotein / hemagglutinin / antibody fragment / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Liu Y / Pan J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI-089618 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2017
タイトル: CryoEM Structure of an Influenza Virus Receptor-Binding Site Antibody-Antigen Interface.
著者: Yuhang Liu / Junhua Pan / Simon Jenni / Donald D Raymond / Tim Caradonna / Khoi T Do / Aaron G Schmidt / Stephen C Harrison / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Structure-based vaccine design depends on extensive structural analyses of antigen-antibody complexes.Single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM) can circumvent some of the problems of x-ray ...Structure-based vaccine design depends on extensive structural analyses of antigen-antibody complexes.Single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM) can circumvent some of the problems of x-ray crystallography as a pipeline for obtaining the required structures. We have examined the potential of single-particle cryoEM for determining the structure of influenza-virus hemagglutinin (HA):single-chain variable-domain fragment complexes, by studying a complex we failed to crystallize in pursuing an extended project on the human immune response to influenza vaccines.The result shows that a combination of cryoEM and molecular modeling can yield details of the antigen-antibody interface, although small variation in the twist of the rod-likeHA trimer limited the overall resolution to about 4.5Å.Comparison of principal 3D classes suggests ways to modify the HA trimer to overcome this limitation. A closely related antibody from the same donor did yield crystals when bound with the same HA, giving us an independent validation of the cryoEM results.The two structures also augment our understanding of receptor-binding site recognition by antibodies that neutralize a wide range of influenza-virus variants.
履歴
登録2017年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月15日-
マップ公開2017年5月31日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5uk1
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8563.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8563.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈influenza virus receptor-binding site antibody-antigen interface - Class 3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 120 pix.
= 196.8 Å		1.64 Å/pix.
x 120 pix.
= 196.8 Å		1.64 Å/pix.
x 120 pix.
= 196.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 1.6 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-2.7165923 - 5.834584
平均 (標準偏差)0.06930954 (±0.3747907)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 196.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.641.641.64
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z196.800196.800196.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-2.7175.8350.069

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chai...

全体名称: Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chain variable-domain fragment
要素
  • 複合体: Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chain variable-domain fragment
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
    • タンパク質・ペプチド: scFv
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chai...

超分子名称: Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chain variable-domain fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: The complex consists of three hemagglutinin head domains bound to three single-chain variable-domain fragments.
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin HA1

分子名称: Hemagglutinin HA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)
分子量理論値: 36.024344 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: EDTICIGYHA NNSTDTVDTV LEKNVTVTHS VNLLEDSHNG KLCLLKGIAP LQLGNCSVAG WILGNPECEL LISRESWSYI VEKPNPENG TCYPGHFADY EELREQLSSV SSFERFEIFP KESSWPNHTT TGVSASCSHN GESSFYKNLL WLTGKNGLYP N LSKSYANN ...文字列:
EDTICIGYHA NNSTDTVDTV LEKNVTVTHS VNLLEDSHNG KLCLLKGIAP LQLGNCSVAG WILGNPECEL LISRESWSYI VEKPNPENG TCYPGHFADY EELREQLSSV SSFERFEIFP KESSWPNHTT TGVSASCSHN GESSFYKNLL WLTGKNGLYP N LSKSYANN KEKEVLVLWG VHHPPNIGDQ RALYHTENAY VSVVSSHYSR KFTPEIAKRP KVRDREGRIN YYWTLLEPGD TI IFEANGN LIAPRYAFAL SRGFGSGIIN SNAPMDECDA KCQTPQGAIN SSLPFQNVHP VTIGECPKYV RSAKLRMVTG LRN IPS

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2

分子名称: Hemagglutinin HA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)
分子量理論値: 19.841041 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFI DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNDECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREKI

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: scFv

分子名称: scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.629385 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS GYYLTWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGISPVIT FGGGTNVEIK GGGGGSGGGG SGGGGSEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFTFNIYDM H WVRQAPGK ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS GYYLTWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGISPVIT FGGGTNVEIK GGGGGSGGGG SGGGGSEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFTFNIYDM H WVRQAPGK GLEWVSGLTT GGDTSYSGSV RGRFSISREN AKNSLYLQMN NLRAGDTAAY FCVRGVREVG ATGGDPFYYA MA VWGQGTT VTVSSASGSS GSGHHHHHH

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: Beta-octylglucoside was added to a final concentration of 0.07% w/v to induce more variable particle orientations.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-38 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10281 / 平均露光時間: 13.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: The exposure rate was 8 electrons/physical pixel/second.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 9.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 30444 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particle images were normalized to have constant variance and zero average. Movies were processed using Unblur.
粒子像選択選択した数: 252130
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: A starting map was determined using rosettes formed from Ni-NTA nanogold and His-tagged particles.
最終 再構成使用したクラス数: 3 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: Refinement and classification were limited to 10 Angstrom resolution.
使用した粒子像数: 142314
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees
ソフトウェア - 名称: IMAGIC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 35579 / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: Three out of the four classes showed high-resolution features.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Domains were initially placed manually using Chimera. The HA trimer was from PDB ID 5UGY. Fab was initially obtained using MODELLER, with PDB ID 4K8R as template. The structure was refined using PHENIX.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5uk1:
CryoEM structure of an influenza virus receptor-binding site antibody-antigen interface - Class 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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