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Yorodumi- PDB-2fyu: Crystal structure of bovine heart mitochondrial bc1 with jg144 in... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2fyu | ||||||
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Title | Crystal structure of bovine heart mitochondrial bc1 with jg144 inhibitor | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / Transmembrane helices / 11 protein complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : ...Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.26 Å | ||||||
Authors | Xia, D. / Esser, L. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / Year: 2006 Title: Surface-modulated motion switch: Capture and release of iron-sulfur protein in the cytochrome bc1 complex. Authors: Esser, L. / Gong, X. / Yang, S. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2fyu.cif.gz | 433.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2fyu.ent.gz | 347.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2fyu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2fyu_validation.pdf.gz | 746.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2fyu_full_validation.pdf.gz | 790.5 KB | Display | |
Data in XML | 2fyu_validation.xml.gz | 42.5 KB | Display | |
Data in CIF | 2fyu_validation.cif.gz | 66.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/2fyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/2fyu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2fynC 1l0nS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The second part of the biological assembly (dimer) is generated by the two fold rotation axis: 1-x,1-y, z. |
-Components
-Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 49266.254 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Core1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase |
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#2: Protein | Mass: 46575.469 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Core2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase |
-Protein , 3 types, 3 molecules CDF
#3: Protein | Mass: 42620.340 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: cytochrome b / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00157 |
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#4: Protein | Mass: 27323.277 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: cytochrome c1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00125 |
#6: Protein | Mass: 13371.190 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: subunit 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00129 |
-Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, ... , 2 types, 2 molecules EI
#5: Protein | Mass: 21640.580 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Iron-sulfur protein / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase |
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#9: Protein | Mass: 7964.259 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Iron-sulfur protein signal sequence / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P13272 |
-Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ... , 4 types, 4 molecules GHJK
#7: Protein | Mass: 9606.027 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: subunit 7 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase |
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#8: Protein | Mass: 9189.116 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: subunit 8 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase |
#10: Protein | Mass: 7209.311 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: subunit 10 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase |
#11: Protein | Mass: 6527.604 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: subunit 11 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase |
-Non-polymers , 4 types, 272 molecules
#12: Chemical | #13: Chemical | ChemComp-FDN / ( | #14: Chemical | ChemComp-FES / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.2 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 Details: 50 mM MOPS 7.2pH, 20 mM Ammonium acetate, 20% glycerol.Incubation with 2-5 mol excess of JG144. Precipitant 12% PEG4000, 0.5 M KCl, 0.1% DHPC; Protein:PPT ratio 1:0.57, VAPOR DIFFUSION, ...Details: 50 mM MOPS 7.2pH, 20 mM Ammonium acetate, 20% glycerol.Incubation with 2-5 mol excess of JG144. Precipitant 12% PEG4000, 0.5 M KCl, 0.1% DHPC; Protein:PPT ratio 1:0.57, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.2K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.009 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: AREA DETECTOR / Date: Jul 3, 2004 |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.009 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.26→50 Å / Num. obs: 157290 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -0.3 / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.26→2.34 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Num. unique all: 13582 / % possible all: 42.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1l0n Resolution: 2.26→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.1 / SU ML: 0.212 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.216 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.239 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.26→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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