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- PDB-2fyu: Crystal structure of bovine heart mitochondrial bc1 with jg144 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fyu
タイトルCrystal structure of bovine heart mitochondrial bc1 with jg144 inhibitor
要素
  • (Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ...) x 4
  • (Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, ...) x 2
  • (Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ...) x 2
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
  • Hypothetical protein LOC616871
キーワードOXIDOREDUCTASE / Transmembrane helices / 11 protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / hypothalamus development / midbrain development / ubiquinone binding / hippocampus development / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / 3-layer Sandwich / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribbon / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FDN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 ...Chem-FDN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Xia, D. / Esser, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Surface-modulated motion switch: Capture and release of iron-sulfur protein in the cytochrome bc1 complex.
著者: Esser, L. / Gong, X. / Yang, S. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D.
履歴
登録2006年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
F: Hypothetical protein LOC616871
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
J: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,63716
ポリマ－241,29311
非ポリマー2,3445
水4,810267
1
A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
F: Hypothetical protein LOC616871
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
J: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子

A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
F: Hypothetical protein LOC616871
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
J: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)487,27432
ポリマ－482,58722
非ポリマー4,68710
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area101970 Å2
ΔGint-676 kcal/mol
Surface area163640 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)154.263, 154.263, 590.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細The second part of the biological assembly (dimer) is generated by the two fold rotation axis: 1-x,1-y, z.

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要素

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Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial


分子量: 49266.254 Da / 分子数: 1 / 断片: Core1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial / Complex III subunit II


分子量: 46575.469 Da / 分子数: 1 / 断片: Core2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 3種, 3分子 CDF

#3: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 1 / 断片: cytochrome b / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c-1


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 1 / 断片: cytochrome c1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125
#6: タンパク質 Hypothetical protein LOC616871


分子量: 13371.190 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129

-
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, ... , 2種, 2分子 EI

#5: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial / RISP


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 断片: Iron-sulfur protein / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial


分子量: 7964.259 Da / 分子数: 1 / 断片: Iron-sulfur protein signal sequence / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272

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Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ... , 4種, 4分子 GHJK

#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa protein / Complex III subunit VII


分子量: 9606.027 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Cytochrome C1 / nonheme 11 kDa protein / Complex III subunit VIII


分子量: 9189.116 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein / Cytochrome C1 / nonheme 7 kDa protein / Complex III subunit X


分子量: 7209.311 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase
#11: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein / Complex III subunit XI


分子量: 6527.604 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase

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非ポリマー , 4種, 272分子

#12: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-FDN / (5S)-3-ANILINO-5-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-5-METHYL-1,3-OXAZOLIDINE-2,4-DIONE / 5-(2,4-DIFLUORO-PHENYL)-5-METHYL-3-PHENYLAMINO-OXAZOLIDINE-2,4-DIONE


分子量: 318.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12F2N2O3
#14: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化温度: 277.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 50 mM MOPS 7.2pH, 20 mM Ammonium acetate, 20% glycerol.Incubation with 2-5 mol excess of JG144. Precipitant 12% PEG4000, 0.5 M KCl, 0.1% DHPC; Protein:PPT ratio 1:0.57, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 50 mM MOPS 7.2pH, 20 mM Ammonium acetate, 20% glycerol.Incubation with 2-5 mol excess of JG144. Precipitant 12% PEG4000, 0.5 M KCl, 0.1% DHPC; Protein:PPT ratio 1:0.57, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2004年7月3日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 157290 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -0.3 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Num. unique all: 13582 / % possible all: 42.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1l0n

1l0n


解像度: 2.26→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.1 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28328 3230 2 %RANDOM
Rwork0.24843 ---
all0.24916 157290 --
obs0.24916 157290 96.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20 Å20 Å2
2--2.36 Å20 Å2
3----4.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16477 0 156 267 16900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.02117444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0631.98323647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.115102088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.20.22575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0260.0213008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1170.27426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0940.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0680.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5920.410459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5143.80116826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.68636985
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3144.56819
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.31 200
Rwork0.316 10142
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6387-0.0310.38091.1171-0.9111.93340.10770.02880.0087-0.19850.0510.48240.0513-0.6601-0.15870.409-0.1203-0.02160.51920.00040.648431.848587.378192.8341
20.40190.04650.05191.2591-0.27081.21260.0627-0.10140.1320.0991-0.05440.1683-0.1467-0.3382-0.00830.3791-0.13150.07820.2501-0.0220.429948.955493.6085114.8425
30.7853-0.47420.04761.68350.22322.16170.08850.03660.1677-0.1045-0.06210.0211-0.257-0.1692-0.02640.3716-0.10620.01210.03050.00410.380468.9613104.585991.8809
40.9661-0.5856-0.00492.51750.01181.40070.03560.057-0.0577-0.18780.00940.32910.1252-0.1548-0.04490.4149-0.0943-0.07230.12530.00660.386557.164186.605373.2507
50.67740.15260.2280.36060.57391.06570.0555-0.23010.04180.1964-0.02140.0307-0.0985-0.0703-0.03410.5667-0.29450.04320.30590.02340.408364.906868.7511154.1684
61.8003-0.78590.00812.81950.55981.7729-0.03-0.1901-0.06520.35760.0574-0.25210.15070.2677-0.02740.7502-0.3258-0.07880.49330.10510.422481.270957.0226172.1093
71.21750.13270.40991.06840.26073.00460.1008-0.3079-0.18690.2534-0.0423-0.04360.41710.0118-0.05850.5908-0.30950.00580.27410.11520.505364.794544.9222152.9122
80000000000000000.52000.5200.52000
90.5907-0.1591-0.6957-0.1286-0.08287.78640.0257-0.2403-0.0080.2387-0.09270.15730.2128-0.60550.0670.6332-0.34220.14870.50520.03240.491345.351371.5948159.1567
101.84740.35720.29362.54280.17841.34420.0143-0.5153-0.13530.63180.00970.04380.0101-0.1603-0.0240.981-0.31050.16610.91810.08510.430654.585867.6302192.8498
111.23560.3402-1.15970.5191-0.38352.96050.0755-0.3259-0.0270.1692-0.087-0.17510.03460.65960.01160.4672-0.2006-0.16130.424-0.00440.5649110.936172.0527141.5949
124.8487-1.63980.43475.0189-0.22114.4109-0.3117-1.1715-0.12150.83050.5055-0.13550.35010.6179-0.19391.0334-0.0993-0.02050.9830.25110.575282.338742.078188.3545
133.0455-0.9906-1.26721.19160.00511.75740.0234-0.0737-0.29960.0907-0.06650.20120.4608-0.17690.04310.5112-0.30320.01370.19760.02240.424459.045347.1643122.0445
140.3252-0.0878-0.14471.42-1.5012.26130.0528-0.2983-0.07940.41690.05240.1455-0.0529-0.3633-0.10520.5626-0.34880.07540.44550.04280.497448.046154.8256144.5844
153.6388-5.8928-1.095116.0242-3.53815.61790.0331-0.2262-0.76020.0920.00510.88150.4103-0.134-0.03820.7231-0.24930.08860.72740.09040.857940.081539.2536193.3643
165.5433-7.7302-3.484124.966-5.16082.8251-0.27790.2280.40050.38620.0625-0.26680.2818-0.65140.21540.7106-0.26220.05170.73640.07520.610939.858350.2342187.5459
170000000000000000.52000.5200.52000
181.38661.99983.50310.26.6415.59020.13930.5135-0.1719-0.4218-0.41410.47980.4614-1.9490.27480.53-0.0241-0.00950.5219-0.08130.692660.473994.92288.45
1918.47134.40517.76658.8431-5.157926.5690.8166-0.06050.2125-0.1709-0.03520.02570.7781-0.1364-0.78140.52560.02380.06340.59620.01050.811854.526280.928293.656
2083.762715.513-6.435449.178312.994326.3317-1.06531.9731-1.5905-0.29761.06841.4086-0.4297-0.044-0.00310.5201-0.0004-0.00220.5206-0.00280.521147.063598.0961104.0711
211.13420.0579-0.07022.2396-2.2327.4889-0.0997-0.42640.03580.38490.06060.1708-0.5538-0.95830.03910.6615-0.11830.22570.7295-0.10570.605738.913789.4213161.1124
221.94551.2355-2.41853.9323-4.031810.70330.2282-0.46930.25150.39230.06920.1913-0.5432-0.3154-0.29730.6605-0.08640.04780.5104-0.16290.609952.5445104.6869147.9947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2311 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2AA232 - 446232 - 446
3X-RAY DIFFRACTION3BB17 - 23517 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4BB236 - 439236 - 439
5X-RAY DIFFRACTION5CC3 - 1333 - 133
6X-RAY DIFFRACTION5CC173 - 264173 - 264
7X-RAY DIFFRACTION5CL381
8X-RAY DIFFRACTION6CC134 - 172134 - 172
9X-RAY DIFFRACTION7CC265 - 379265 - 379
10X-RAY DIFFRACTION8CM382
11X-RAY DIFFRACTION9DD173 - 241173 - 241
12X-RAY DIFFRACTION10DD1 - 1721 - 172
13X-RAY DIFFRACTION10DO242
14X-RAY DIFFRACTION11EE1 - 711 - 71
15X-RAY DIFFRACTION12EE72 - 19672 - 196
16X-RAY DIFFRACTION13FF6 - 1106 - 110
17X-RAY DIFFRACTION14GG1 - 751 - 75
18X-RAY DIFFRACTION15HH15 - 5215 - 52
19X-RAY DIFFRACTION16HH53 - 7853 - 78
20X-RAY DIFFRACTION17HH49 - 7849 - 78
21X-RAY DIFFRACTION18II2 - 262 - 26
22X-RAY DIFFRACTION19II27 - 5127 - 51
23X-RAY DIFFRACTION20II52 - 5752 - 57
24X-RAY DIFFRACTION21JJ2 - 612 - 61
25X-RAY DIFFRACTION22KK1 - 531 - 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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