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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30135 | |||||||||
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タイトル | Mature bacteriorphage t7 tail adaptor protein gp11 | |||||||||
マップデータ | GP11 mature viron particle | |||||||||
試料 |
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キーワード | Phage / portal / mature / complex / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Tail tubular protein Gp11 / Tail tubular protein / virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / Tail tubular protein gp11 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage T7 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen WY / Xiao H | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Structural changes of a bacteriophage upon DNA packaging and maturation. 著者: Wenyuan Chen / Hao Xiao / Xurong Wang / Shuanglin Song / Zhen Han / Xiaowu Li / Fan Yang / Li Wang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30135.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30135-v30.xml emd-30135.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30135.png | 105.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30135.cif.gz | 4.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30135 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30135 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30135_validation.pdf.gz | 336.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30135_full_validation.pdf.gz | 336.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30135_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30135_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30135 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30135 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | GP11 mature viron particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mature bacteriorphage t7 tail adaptor protein gp11
全体 | 名称: Mature bacteriorphage t7 tail adaptor protein gp11 |
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要素 |
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-超分子 #1: Mature bacteriorphage t7 tail adaptor protein gp11
超分子 | 名称: Mature bacteriorphage t7 tail adaptor protein gp11 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T7 (ファージ) |
-分子 #1: Tail adaptor protein gp11
分子 | 名称: Tail adaptor protein gp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T7 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 22.30765 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRSYDMNVET AAELSAVNDI LASIGEPPVS TLEGDANADA ANARRILNKI NRQIQSRGWT FNIEEGITLL PDVYSNLIVY SDDYLSLMS TSGQSIYVNR GGYVYDRTSQ SDRFDSGITV NIIRLRDYDE MPECFRYWIV TKASRQFNNR FFGAPEVEGV L QEEEDEAR ...文字列: MRSYDMNVET AAELSAVNDI LASIGEPPVS TLEGDANADA ANARRILNKI NRQIQSRGWT FNIEEGITLL PDVYSNLIVY SDDYLSLMS TSGQSIYVNR GGYVYDRTSQ SDRFDSGITV NIIRLRDYDE MPECFRYWIV TKASRQFNNR FFGAPEVEGV L QEEEDEAR RLCMEYEMDY GGYNMLDGDA FTSGLLTR UniProtKB: Tail tubular protein gp11 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 24.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55212 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |