EMDB-30145: Phage t7 capsid-II core

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-30145

タイトル

Phage t7 capsid-II core

マップデータ

試料

複合体: Phage t7 capsid-II core

生物種

Escherichia phage T7 (ファージ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å

データ登録者

Chen WY / Xiao H

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Structural changes of a bacteriophage upon DNA packaging and maturation.
著者: Wenyuan Chen / Hao Xiao / Xurong Wang / Shuanglin Song / Zhen Han / Xiaowu Li / Fan Yang / Li Wang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng /

履歴

登録	2020年3月21日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2021年1月27日	-
マップ公開	2021年1月27日	-
更新	2021年3月17日	-
現状	2021年3月17日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（円筒半径に従い着色）表面レベル: 7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_30145.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_30145.map.gz	111.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-30145-v30.xml emd-30145.xml	7.5 KB 7.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_30145.png	40.8 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30145 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30145	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	30134C 30135C 30136C 30137C 30138C 30139C 30140C 30141C 30142C 30144C 7bouC 7boxC 7boyC 7bozC 7bp0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1174 6369 0016 1245 0756 1545 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_30145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.27 Å/pix. x 320 pix. = 406.4 Å	1.27 Å/pix. x 320 pix. = 406.4 Å	1.27 Å/pix. x 320 pix. = 406.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.27 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 7.0 / ムービー #1: 7
最小 - 最大	-12.747104 - 17.694763
平均 (標準偏差)	-0.3008876 (±1.1827341)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	-252	-252	-252
サイズ	320	320	320
Spacing	320	320	320

セル

A=B=C: 406.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.27	1.27	1.27
M x/y/z	320	320	320
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	406.400	406.400	406.400
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	-252	-252	-252
NC/NR/NS	320	320	320
D min/max/mean	-12.747	17.695	-0.301

-
全体 : Phage t7 capsid-II core

全体	名称: Phage t7 capsid-II core
要素	複合体: Phage t7 capsid-II core

-
超分子 #1: Phage t7 capsid-II core

超分子	名称: Phage t7 capsid-II core / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
組換発現	生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

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試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TECNAI ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 24.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69964
初期角度割当	タイプ: COMMON LINE
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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