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Yorodumi- PDB-4pph: Crystal structure of conglutin gamma, a unique basic 7S globulin ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pph | |||||||||
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Title | Crystal structure of conglutin gamma, a unique basic 7S globulin from lupine seeds | |||||||||
Components | Conglutin gamma | |||||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / lupine cotyledons / non-storage role / 7S basic globulin / glycoside-hydrolase-inhibitor-like protein / apigenin glycosides / N-linked glycosylation / insulin | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Lupinus angustifolius (narrow-leaved blue lupine) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.009 Å | |||||||||
Authors | Czubinski, J. / Barciszewski, J. / Gilski, M. / Lampart-Szczapa, E. / Jaskolski, M. | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2015 Title: Structure of gamma-conglutin: insight into the quaternary structure of 7S basic globulins from legumes. Authors: Czubinski, J. / Barciszewski, J. / Gilski, M. / Szpotkowski, K. / Debski, J. / Lampart-Szczapa, E. / Jaskolski, M. #1: Journal: Food Chem / Year: 2014 Title: Characterisation of different digestion susceptibility of lupin seed globulins. Authors: Czubinski, J. / Dwiecki, K. / Siger, A. / Neunert, G. / Lampart-Szczapa, E. #2: Journal: J.Agric.Food Chem. / Year: 2012 Title: Release of flavonoids from lupin globulin proteins during digestion in a model system. Authors: Czubinski, J. / Dwiecki, K. / Siger, A. / Kachlicki, P. / Neunert, G. / Lampart-Szczapa, E. / Nogala-Kalucka, M. #3: Journal: Febs J. / Year: 2011 Title: Crystal structure of basic 7S globulin, a xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase inhibitor protein-like protein from soybean lacking inhibitory activity against endo-beta-glucanase. Authors: Yoshizawa, T. / Shimizu, T. / Yamabe, M. / Taichi, M. / Nishiuchi, Y. / Shichijo, N. / Unzai, S. / Hirano, H. / Sato, M. / Hashimoto, H. #4: Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2013 Title: Internalisation and multiple phosphorylation of gamma-Conglutin, the lupin seed glycaemia-lowering protein, in HepG2 cells. Authors: Capraro, J. / Magni, C. / Faoro, F. / Maffi, D. / Scarafoni, A. / Tedeschi, G. / Maffioli, E. / Parolari, A. / Manzoni, C. / Lovati, M.R. / Duranti, M. #5: Journal: Br. J. Nutr. / Year: 2012 Title: Lupin seed gamma-conglutin lowers blood glucose in hyperglycaemic rats and increases glucose consumption of HepG2 cells. Authors: Lovati, M.R. / Manzoni, C. / Castiglioni, S. / Parolari, A. / Magni, C. / Duranti, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4pph.cif.gz | 928.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4pph.ent.gz | 776 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4pph.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4pph_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4pph_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 4pph_validation.xml.gz | 88.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4pph_validation.cif.gz | 125.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/4pph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/4pph | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3aupS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 45411.059 Da / Num. of mol.: 6 Fragment: Lupinus angustifolius Conglutin gamma,UNP residues 33-449 Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Lupinus angustifolius (narrow-leaved blue lupine) References: UniProt: Q42369 |
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-Sugars , 3 types, 5 molecules
#2: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#5: Sugar |
-Non-polymers , 2 types, 826 molecules
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 7% PEG 6000, 0.1M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 7, 2013 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→43.76 Å / Num. all: 208256 / Num. obs: 208256 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.86 % / Biso Wilson estimate: 42.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.22 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.12 Å / Redundancy: 3.86 % / Rmerge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3AUP, chain A Resolution: 2.009→43.764 Å / σ(F): 1.97 / Phase error: 27.18 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F / Details: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.009→43.764 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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