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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21599 | |||||||||
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タイトル | Structure of human ferroportin bound to hepcidin and cobalt in lipid nanodisc | |||||||||
マップデータ | human ferroportin bound to hepcidin and cobalt in lipid nanodisc | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of intestinal absorption / spleen trabecula formation / iron ion export across plasma membrane / Defective SLC40A1 causes hemochromatosis 4 (HFE4) (duodenum) / Defective SLC40A1 causes hemochromatosis 4 (HFE4) (macrophages) / Defective CP causes aceruloplasminemia (ACERULOP) / Metal ion SLC transporters / lymphocyte homeostasis / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport ...negative regulation of intestinal absorption / spleen trabecula formation / iron ion export across plasma membrane / Defective SLC40A1 causes hemochromatosis 4 (HFE4) (duodenum) / Defective SLC40A1 causes hemochromatosis 4 (HFE4) (macrophages) / Defective CP causes aceruloplasminemia (ACERULOP) / Metal ion SLC transporters / lymphocyte homeostasis / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / ferrous iron transmembrane transporter activity / endothelium development / macrophage activation / positive regulation of macrophage activation / response to iron ion / negative regulation of bone resorption / negative regulation of iron ion transmembrane transport / myeloid cell homeostasis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / peptide hormone binding / defense response to fungus / establishment of localization in cell / Iron uptake and transport / protein catabolic process / hormone activity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of protein catabolic process / synaptic vesicle / basolateral plasma membrane / intracellular iron ion homeostasis / killing of cells of another organism / transcription by RNA polymerase II / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / copper ion binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Billesboelle CB / Azumaya CM / Gonen S / Powers A / Kretsch RC / Schneider S / Arvedson T / Dror RO / Cheng Y / Manglik A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure of hepcidin-bound ferroportin reveals iron homeostatic mechanisms. 著者: Christian B Billesbølle / Caleigh M Azumaya / Rachael C Kretsch / Alexander S Powers / Shane Gonen / Simon Schneider / Tara Arvedson / Ron O Dror / Yifan Cheng / Aashish Manglik / 要旨: The serum level of iron in humans is tightly controlled by the action of the hormone hepcidin on the iron efflux transporter ferroportin. Hepcidin regulates iron absorption and recycling by inducing ...The serum level of iron in humans is tightly controlled by the action of the hormone hepcidin on the iron efflux transporter ferroportin. Hepcidin regulates iron absorption and recycling by inducing the internalization and degradation of ferroportin. Aberrant ferroportin activity can lead to diseases of iron overload, such as haemochromatosis, or iron limitation anaemias. Here we determine cryogenic electron microscopy structures of ferroportin in lipid nanodiscs, both in the apo state and in complex with hepcidin and the iron mimetic cobalt. These structures and accompanying molecular dynamics simulations identify two metal-binding sites within the N and C domains of ferroportin. Hepcidin binds ferroportin in an outward-open conformation and completely occludes the iron efflux pathway to inhibit transport. The carboxy terminus of hepcidin directly contacts the divalent metal in the ferroportin C domain. Hepcidin binding to ferroportin is coupled to iron binding, with an 80-fold increase in hepcidin affinity in the presence of iron. These results suggest a model for hepcidin regulation of ferroportin, in which only ferroportin molecules loaded with iron are targeted for degradation. More broadly, our structural and functional insights may enable more targeted manipulation of the hepcidin-ferroportin axis in disorders of iron homeostasis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21599.map.gz | 95.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21599-v30.xml emd-21599.xml | 22.5 KB 22.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21599.png | 92.2 KB | ||
その他 | emd_21599_half_map_1.map.gz emd_21599_half_map_2.map.gz | 37.4 MB 37.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21599 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21599 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21599_validation.pdf.gz | 769.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21599_full_validation.pdf.gz | 769.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21599_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21599_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21599 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21599 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21599.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | human ferroportin bound to hepcidin and cobalt in lipid nanodisc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_21599_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_21599_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Ferroportin-Fab45D8 complex
+超分子 #1: Ferroportin-Fab45D8 complex
+超分子 #2: Ferroportin-hepcidin complex
+超分子 #3: Fab45D8
+分子 #1: Hepcidin
+分子 #2: Solute carrier family 40 member 1
+分子 #3: Fab45D8 Light Chain
+分子 #4: Fab45D8 Heavy Chain
+分子 #5: (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
+分子 #6: COBALT (II) ION
+分子 #7: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5415 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -20.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -8.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |