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- PDB-1axg: CRYSTAL STRUCTURE OF THE VAL203->ALA MUTANT OF LIVER ALCOHOL DEHY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1axg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE VAL203->ALA MUTANT OF LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH COFACTOR NAD AND INHIBITOR TRIFLUOROETHANOL SOLVED TO 2.5 ANGSTROM RESOLUTION
要素ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (NAD(A)-CHOH(D)) / ALCOHOL DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIFLUOROETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Colby, T.D. / Chin, J.K. / Bahnson, B.J. / Goldstein, B.M. / Klinman, J.P.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: A link between protein structure and enzyme catalyzed hydrogen tunneling.
著者: Bahnson, B.J. / Colby, T.D. / Chin, J.K. / Goldstein, B.M. / Klinman, J.P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Refined Crystal Structure of Liver Alcohol Dehydrogenase-Nadh Complex at 1.8 A Resolution
著者: Al-Karadaghi, S. / Cedergren-Zeppezauer, E.S. / Hovmoller, S. / Petratos, K. / Terry, H. / Wilson, K.S.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: Interdomain Motion in Liver Alcohol Dehydrogenase. Structural and Energetic Analysis of the Hinge Bending Mode
著者: Colonna-Cesari, F. / Perahia, D. / Karplus, M. / Eklund, H. / Branden, C.I. / Tapia, O.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Crystallographic Investigations of Nicotinamide Adenine Dinucleotide Binding to Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Samama, J.P. / Jones, T.A.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Crystal-Structure Determination of Reduced Nicotinamide Adenine Dinucleotide Complex with Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Maintained in its Apo Conformation by Zinc-Bound Imidazole
著者: Cedergren-Zeppezauer, E.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983
タイトル: Three-Dimensional Structure of Isonicotinimidylated Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Plapp, B.V. / Eklund, H. / Jones, T.A. / Branden, C.I.
#6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1983
タイトル: Crystal Structures of the Active Site in Specifically Metal-Depleted and Cobalt-Substituted Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Derivatives
著者: Schneider, G. / Eklund, H. / Cedergren-Zeppezauer, E. / Zeppezauer, M.
#7: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Pyrazole Binding in Crystalline Binary and Ternary Complexes with Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Samama, J.P. / Wallen, L.
#8: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4- ...タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4-(N,N-Dimethylamino)Cinnamaldehyde to the Enzyme
著者: Cedergren-Zeppezauer, E. / Samama, J.P. / Eklund, H.
#9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.P. / Branden, C.I.
#10: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Structure of a Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 A Resolution
著者: Eklund, H. / Samama, J.P. / Wallen, L. / Branden, C.I. / Akeson, A. / Jones, T.A.
#11: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1981
タイトル: 5-Methylnicotinamide-Adenine Dinucleotide. Kinetic Investigation with Major and Minor Isoenzymes of Liver Alcohol Dehydrogenase and Structural Determination of its Binary Complex with Alcohol Dehydrogenase
著者: Samama, J.P. / Wrixon, A.D. / Biellmann, J.F.
#12: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: X-Ray Studies of the Binding of Cibacron Blue F3Ga to Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Biellmann, J.F. / Samama, J.P. / Branden, C.I. / Eklund, H.
#13: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: Structural Differences between Apo-and Holoenzyme of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Eklund, H. / Branden, C.I.
#14: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1978
タイトル: Subunit Conformation of Yeast Alcohol Dehydrogenase
著者: Jornvall, H. / Eklund, H. / Branden, C.I.
#15: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Crystallization of Liver Alcohol Dehydrogenase Activated by the Modification of Amino Groups
著者: Plapp, B.V. / Zeppezauer, E. / Branden, C.I.
#16: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Crystallography of Liver Alcohol Dehydrogenase Complexed with Substrates
著者: Plapp, B.V. / Eklund, H. / Branden, C.I.
#17: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1977
タイトル: X-Ray Investigation of the Binding of 1,10-Phenanthroline and Imidazole to Horse-Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Boiwe, T. / Branden, C.I.
#18: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1977
タイトル: The Crystal Structure of Complexes between Horse Liver Alcohol Dehydrogenase and the Coenzyme Analogues 3-Iodopyridine-Adenine Dinucleotide and Pyridine-Adenine Dinucleotide
著者: Samama, J.P. / Zeppezauer, E. / Biellmann, J.F. / Branden, C.I.
#19: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Structural Comparisons of Mammalian, Yeast and Bacillar Alcohol Dehydrogenases
著者: Eklund, H. / Branden, C.I. / Jornvall, H.
#20: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 A Resolution
著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I. / Akeson, A.
#21: ジャーナル: STRUCTURE AND CONFORMATION OF NUCLEIC ACIDS AND PROTEIN-NUCLEIC ACID INTERACTIONS : PROCEEDINGS OF THE FOURTH ANNUAL HARRY STEENBOCK SYMPOSIUM, JUNE 16-19, 1974, MADISON, WISCONSIN
年: 1975
タイトル: The Binding of Nucleotides to Horse Liver Alcohol
著者: Nordstrom, B. / Branden, C.I.
履歴
登録1997年10月15日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE
C: ALCOHOL DEHYDROGENASE
D: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,87820
ポリマ－159,3014
非ポリマー3,57716
水5,675315
1
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,43910
ポリマ－79,6502
非ポリマー1,7898
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
2
C: ALCOHOL DEHYDROGENASE
D: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,43910
ポリマ－79,6502
非ポリマー1,7898
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.348, 86.734, 90.635
Angle α, β, γ (deg.)102.66, 99.24, 101.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.267392, -0.949678, -0.163134), (-0.950306, -0.287912, 0.118429), (-0.159438, 0.12336, -0.97947)-0.0914, 0.1223, -0.4484
2given(0.178558, -0.972698, -0.148239), (-0.983929, -0.176429, -0.027499), (0.000594, 0.150767, -0.988569)42.2717, -2.1893, -5.3171
3given(0.97533, -0.170804, 0.139848), (0.168109, 0.985283, 0.030947), (-0.143076, -0.006674, 0.989689)17.0817, -38.7307, -2.7094

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要素

#1: タンパク質
ALCOHOL DEHYDROGENASE


分子量: 39825.223 Da / 分子数: 4 / 変異: V203A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: LADH CDNA / 器官: LIVER / プラスミド: PBPP-LADH / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): LADH CDNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-ETF / TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル


分子量: 100.040 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3F3O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化pH: 8.4 / 詳細: pH 8.4
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 39 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
122 mg/mlprotein1drop
210 MNAD+1drop
35 mMtrifluoroethanol1drop
45 %(v/v)PEG4001drop
550 mMTris-HCl1reservoirpH8.4
65 mMtrifluoroethanol1reservoir
712 %(v/v)PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月11日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 40627 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 2.43 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.38 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OHX

2ohx


解像度: 2.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 3914 10 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 38650 85 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11132 0 208 315 11655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPH19X.PEP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.NADTOPOLOGY.NAD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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