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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jl0 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of MDA5-dsRNA in complex with TRIM65 PSpry domain (Monomer) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM/RNA / Innate immunity / Ubiquitin E3 ligase / dsRNA / RNA helicase / TRIM family / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein oligomerization / MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of viral genome replication ...positive regulation of protein oligomerization / MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated NF-kB activation / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / protein K48-linked ubiquitination / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of autophagy / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / negative regulation of inflammatory response / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to virus / RING-type E3 ubiquitin transferase / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / Ovarian tumor domain proteases / protein complex oligomerization / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / positive regulation of protein phosphorylation / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kato, K. / Ahmad, S. / Hur, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural analysis of RIG-I-like receptors reveals ancient rules of engagement between diverse RNA helicases and TRIM ubiquitin ligases. 著者: Kazuki Kato / Sadeem Ahmad / Zixiang Zhu / Janet M Young / Xin Mu / Sehoon Park / Harmit S Malik / Sun Hur / 要旨: RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved ...RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved rules of engagement between RNA helicases and tripartite motif (TRIM) E3 ligases that lead to their functional coordination in vertebrate innate immunity. Using cryoelectron microscopy and biochemistry, we show that RIG-I-like receptors (RLRs), viral RNA receptors with helicase domains, interact with their cognate TRIM/TRIM-like E3 ligases through similar epitopes in the helicase domains. Their interactions are avidity driven, restricting the actions of TRIM/TRIM-like proteins and consequent immune activation to RLR multimers. Mass spectrometry and phylogeny-guided biochemical analyses further reveal that similar rules of engagement may apply to diverse RNA helicases and TRIM/TRIM-like proteins. Our analyses suggest not only conserved substrates for TRIM proteins but also, unexpectedly, deep evolutionary connections between TRIM proteins and RNA helicases, linking ubiquitin and RNA biology throughout animal evolution. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jl0.cif.gz | 232.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jl0.ent.gz | 168.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jl0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jl0_validation.pdf.gz | 847 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jl0_full_validation.pdf.gz | 861.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jl0_validation.xml.gz | 36.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jl0_validation.cif.gz | 54.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/7jl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/7jl0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#1: RNA鎖 | 分子量: 4486.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 4423.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 84901.695 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 287-1025 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIH1, MDA5, RH116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYX4, RNA helicase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 21643.365 Da / 分子数: 1 / Fragment: TRIM65 PSpry domain (UNP residues 312-502) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PJ69 |
-非ポリマー , 4種, 4分子
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#6: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#7: 化合物 | ChemComp-ALF / |
#8: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of MDA5:dsRNA:TRIM65 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 76.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49051 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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