PDB-5l9p: Crystal structure of the PBP MotA from A. tumefaciens B6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l9p

タイトル

Crystal structure of the PBP MotA from A. tumefaciens B6

要素

periplasmic binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein

機能・相同性

Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. B6 (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Morera, S. / Marty, L.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
著者: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Dessaux, Y. / Faure, D. / Morera, S.

履歴

登録	2016年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l9p.cif.gz	272.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l9p.ent.gz	221.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l9gSC 5l9iC 5l9lC 5l9oC 5l9sC 5lomC 6hqhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cu7-1 6rxe-1 5i5r-4 1fm8-d 2xii-2 1fm7-d 7mc5-d 3h6k-2 5e4r-d 6y4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: periplasmic binding protein

B: periplasmic binding protein

ヘテロ分子

78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: periplasmic binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: periplasmic binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.400, 118.980, 111.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	periplasmic binding protein 分子量: 38455.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. B6 (植物への病原性) 遺伝子: ASB65_13110 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A109C781
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2 M AS, 0.1M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 28729 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 67.95 Å² / R_sym value: 0.17 / Net I/σ(I): 7.35
反射シェル	解像度: 2.54→2.69 Å / R_sym value: 1.119

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L9G

5l9g

解像度: 2.54→31.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.416 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.412 / SU R_free Blow DPI: 0.247 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.251

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	1435	5 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	28693	99.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	20.582 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-14.6428 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.9392 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→31.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5244	0	60	38	5342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	5432	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.14	7393	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1783	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		140	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		784	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5432	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.85
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.09
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		697	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5958	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.54→2.64 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	141	5 %
R_work	0.268	2678	-
all	0.27	2819	-
obs	-	-	94.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.113	-0.1066	0.1014	1.1574	-0.5934	1.2534	-0.0087	-0.0186	0.132	-0.0904	-0.0641	-0.0642	-0.0158	-0.006	0.0727	-0.0596	0.0439	0.011	-0.059	0.0809	-0.109	35.174	32.5952	14.2449
2	2.5756	-0.5266	-1.0745	0.7402	0.1887	1.5071	-0.0736	0.1155	-0.2749	0.1016	-0.0878	0.0763	0.0122	-0.0045	0.1614	-0.0679	-0.0305	0.0247	-0.1993	0.0334	-0.0325	26.7263	15.7403	50.9037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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