PDB-6rxe: Crystal Structure of Bifidobacterium longum Multiple Inositol Pol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rxe

タイトル

Crystal Structure of Bifidobacterium longum Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase Complex with Inositol Hexasulfate

要素

Histidine acid phosphatase

キーワード

HYDROLASE / phytase / histidine phosphatase / MINPP / Bifidobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

multiple inositol-polyphosphate phosphatase / 2,3-bisphosphoglycerate 3-phosphatase / hydrolase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Acquistapace, I.M. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Snapshots during the catalytic cycle of a histidine acid phytase reveal an induced-fit structural mechanism.
著者: Acquistapace, I.M. / Zi Etek, M.A. / Li, A.W.H. / Salmon, M. / Kuhn, I. / Bedford, M.R. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2019年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rxe.cif.gz	241.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rxe.ent.gz	190.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rxdSC 6rxfC 6rxgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e4r-d 1fm7-d 3rk1-d 2ov2-9 3h6k-2 3nrc-d 3czr-d 2gje-d 5c0y-2 5kwk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine acid phosphatase

B: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.829, 106.411, 76.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histidine acid phosphatase 分子量: 56078.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis (strain ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12) (バクテリア) 株: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 / 遺伝子: Blon_0263 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: B7GTV0
#2: 化合物	ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト分子量: 660.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂₄S₆
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 % / 解説: large needle
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 10 mM HEPES, 75 mM NaCl, 10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→70.57 Å / Num. obs: 90353 / % possible obs: 99.7472 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 10.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 3.6
反射シェル	解像度: 1.84→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4482 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RXD

6rxd

解像度: 1.84→70.569 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2388	4453	4.93 %
R_work	0.2074	-	-
obs	0.209	90352	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→70.569 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7719	0	82	1433	9234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8113
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.689	11051
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.094	6485
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1457

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.8609	0.3683	121	0.3424	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8609-1.8828	0.3771	153	0.3365	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8828-1.9058	0.3375	139	0.3222	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9058-1.9299	0.3897	124	0.313	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9299-1.9553	0.3209	146	0.2987	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9553-1.9821	0.3033	143	0.2909	2832	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9821-2.0104	0.3533	159	0.2813	2842	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0104-2.0404	0.3028	150	0.2776	2822	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0404-2.0723	0.3085	167	0.2688	2839	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0723-2.1063	0.3324	131	0.2583	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1063-2.1426	0.3004	162	0.2467	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1426-2.1816	0.2911	128	0.2343	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1816-2.2235	0.2669	127	0.2295	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2235-2.2689	0.2372	133	0.2156	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2689-2.3182	0.252	135	0.2067	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3182-2.3722	0.2496	138	0.2172	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3722-2.4315	0.2718	131	0.2079	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4315-2.4973	0.2074	166	0.2098	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4973-2.5707	0.2697	144	0.2026	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5707-2.6537	0.259	178	0.1989	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6537-2.7486	0.234	158	0.1957	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7486-2.8586	0.2012	161	0.1866	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8586-2.9887	0.2215	152	0.1893	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9887-3.1463	0.238	141	0.1792	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1463-3.3434	0.2031	152	0.1713	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3434-3.6016	0.1974	144	0.1587	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6016-3.964	0.1757	138	0.1442	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
3.964-4.5375	0.1707	135	0.1431	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5375-5.7163	0.16	223	0.1573	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7163-70.621	0.201	174	0.1907	2941	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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