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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eg6 | ||||||
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タイトル | Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Chromatin remodeler complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin remodeling ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Chen, Z.C. / Chen, K.J. / He, Z.Y. / Ye, Y.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the SWI/SNF complex bound to the nucleosome and insights into the functional modularity. 著者: Zhenyu He / Kangjing Chen / Youpi Ye / Zhucheng Chen / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 308 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 221.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 MAEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 102642.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SNF5, SWI10, TYE4, YBR289W, YBR2036 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P18480 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 15289.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P84233 #3: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P62799 #4: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P06897 #5: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P02281 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#6: DNA鎖 | 分子量: 72380.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 72740.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 525389 / 対称性のタイプ: POINT |