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- PDB-6yws: The structure of the large subunit of the mitoribosome from Neuro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yws
タイトルThe structure of the large subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 5
  • (54S ribosomal protein ...) x 2
  • (60S ribosomal protein ...) x 9
  • (Mitochondrial large ribosomal ...) x 2
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 4
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • (Uncharacterized ...) x 10
  • 50S ribosomal subunit L30
  • Aconitate hydratase
  • KOW domain-containing protein
  • L51_S25_CI-B8 domain-containing protein
  • Mitoc_mL59 domain-containing protein
  • Mitochondrial ribosomal protein
  • RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein
  • RNA (2820-MER)
  • RNase III domain-containing protein
  • Related to ribosomal protein L34, mitochondrial
  • Ribosomal protein
キーワードTRANSLATION / Neurospora crassa / translating Mitoribosomes / tRNA / mRNA / mL108
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / fungal-type vacuole / DNA strand exchange activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding ...mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / fungal-type vacuole / DNA strand exchange activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
54S ribosomal protein L44, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein subunit L20 / Ribosomal protein L31p, N-terminal / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / 54S ribosomal protein L25 / 54S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRPL25 domain / 54S ribosomal protein L3, double-stranded RNA binding domain ...54S ribosomal protein L44, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein subunit L20 / Ribosomal protein L31p, N-terminal / Ribosomal protein L20, mitochondrial / Mitochondrial homologous recombination protein 1 / 54S ribosomal protein L25 / 54S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRPL25 domain / 54S ribosomal protein L3, double-stranded RNA binding domain / Transcriptional regulation of mitochondrial recombination / Mitochondrial ribosomal protein mL59 / 54S ribosomal protein L28, mitochondrial / Ribosomal protein L31, mitochondrial / 54S ribosomal protein L36, yeast / Mitochondrial ribosomal protein L31 / Ribonuclease-III-like / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Ribonuclease III family domain profile. / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double-stranded RNA-binding domain / : / NUDIX domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / NUDIX hydrolase domain / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L17
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein mL59 domain-containing protein / Uncharacterized protein ...: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein mL59 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein uL1m / Large ribosomal subunit protein uL5m / Large ribosomal subunit protein mL58 / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein bL31m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein mL61 / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein mL67 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein uL6m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein mL57 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein mL53 / Related to ribosomal protein L34, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL60 / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL4m
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa OR74A (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Amunts, A. / Itoh, Y. / Naschberger, A.
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
European Research Council (ERC)(ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Analysis of translating mitoribosome reveals functional characteristics of translation in mitochondria of fungi.
著者: Yuzuru Itoh / Andreas Naschberger / Narges Mortezaei / Johannes M Herrmann / Alexey Amunts /
要旨: Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each ...Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each other is not understood. We report models of the translating fungal mitoribosome with mRNA, tRNA and nascent polypeptide, as well as an assembly intermediate. Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) is found in the central protuberance of the large subunit, and the ATPase inhibitory factor 1 (IF) in the small subunit. The models of the active mitoribosome explain how mRNA binds through a dedicated protein platform on the small subunit, tRNA is translocated with the help of the protein mL108, bridging it with L1 stalk on the large subunit, and nascent polypeptide paths through a newly shaped exit tunnel involving a series of structural rearrangements. An assembly intermediate is modeled with the maturation factor Atp25, providing insight into the biogenesis of the mitoribosomal large subunit and translation regulation.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10973
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (2820-MER)
B: 60S ribosomal protein L2
C: 60S ribosomal protein L3
D: 60S ribosomal protein L4, variant
E: 50S ribosomal protein L5
F: 60S ribosomal protein L6
G: RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein
f: Uncharacterized protein
g: 60S ribosomal protein L19
H: Ribosomal protein L13
I: 50S ribosomal protein L14
J: Ribosomal protein L15
K: 60S ribosomal protein L16
L: 50S ribosomal protein L17
M: Mitochondrial ribosomal protein
N: Aconitate hydratase
O: Mitochondrial large ribosomal subunit
P: Mitochondrial ribosomal protein subunit L23
Q: KOW domain-containing protein
R: Uncharacterized protein
S: 50S ribosomal protein L24
T: 54S ribosomal protein L4, mitochondrial
U: 50S ribosomal protein L30
V: Uncharacterized protein
W: Mitochondrial ribosomal protein subunit L32
X: Uncharacterized protein
Y: Related to ribosomal protein L34, mitochondrial
0: Ribosomal protein
1: Mitochondrial large ribosomal subunit YmL35
2: Uncharacterized protein
3: Uncharacterized protein
4: Mitochondrial ribosomal protein L43
5: 60S ribosomal protein L3
6: 50S ribosomal subunit L30
7: Uncharacterized protein
8: Uncharacterized protein
h: Mitochondrial ribosomal protein L44
i: Uncharacterized protein
9: RNase III domain-containing protein
a: 60S ribosomal protein L20
b: Mitoc_mL59 domain-containing protein
c: 54S ribosomal protein L31, mitochondrial
d: Uncharacterized protein
e: 60S ribosomal protein L1
j: L51_S25_CI-B8 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,367,412224
ポリマ－2,361,98545
非ポリマー5,427179
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 RNA (2820-MER)


分子量: 1114857.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類)

+
60S ribosomal protein ... , 9種, 9分子 BCDFgK5ae

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L2


分子量: 42260.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7SCX7
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 41262.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q1K8T6
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L4, variant


分子量: 36402.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: V5IMN1
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 28629.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7RZF0
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 16629.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7RX40
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L16


分子量: 27443.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: F5HIJ5
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 48106.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7SA88
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 25439.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q1K6U7
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L1


分子量: 33327.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q1K699

+
50S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 EILSU

#5: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 39170.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q1K6P0
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 14135.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7SBJ8
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 22181.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q1K8C8
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 31501.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7SC44
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 18196.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q1K8Y7

+
タンパク質 , 10種, 10分子 GMNQY069bj

#7: タンパク質 RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein


分子量: 33173.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S054
#15: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein


分子量: 28235.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7RYW8
#16: タンパク質 Aconitate hydratase


分子量: 23953.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7SGE5
#19: タンパク質 KOW domain-containing protein


分子量: 45460.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7RXU7
#27: タンパク質 Related to ribosomal protein L34, mitochondrial


分子量: 14853.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q96U95
#28: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 13960.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S4E7
#34: タンパク質 50S ribosomal subunit L30


分子量: 41322.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S1Z3
#39: タンパク質 RNase III domain-containing protein


分子量: 29625.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S1R6
#41: タンパク質 Mitoc_mL59 domain-containing protein


分子量: 18745.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DMU6
#45: タンパク質 L51_S25_CI-B8 domain-containing protein


分子量: 22734.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7RWZ7

+
Uncharacterized ... , 10種, 10分子 fRVX2378id

#8: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 37363.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7RZ62
#20: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 49549.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q1K730
#24: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 23766.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q1K7L7
#26: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 7027.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: V5IM60
#30: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 41496.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DWX0
#31: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 11796.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S5W0
#35: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 18180.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S518
#36: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 49748.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S711
#38: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 23179.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7SCZ3
#43: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 32516.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7RYM5

+
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 HJ

#10: タンパク質 Ribosomal protein L13


分子量: 20334.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7SBV6
#12: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 33951.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B0DM93

+
Mitochondrial large ribosomal ... , 2種, 2分子 O1

#17: タンパク質 Mitochondrial large ribosomal subunit


分子量: 41565.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S5N0
#29: タンパク質 Mitochondrial large ribosomal subunit YmL35


分子量: 50749.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7RXV8

+
Mitochondrial ribosomal protein ... , 4種, 4分子 PW4h

#18: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein subunit L23


分子量: 26005.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7SA60
#25: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein subunit L32


分子量: 14114.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q1K4P1
#32: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L43


分子量: 15126.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S300
#37: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L44


分子量: 11128.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7SGH0

+
54S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Tc

#22: タンパク質 54S ribosomal protein L4, mitochondrial


分子量: 29645.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: Q7S910
#42: タンパク質 54S ribosomal protein L31, mitochondrial


分子量: 13131.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa OR74A (菌類) / 参照: UniProt: U9W8F2

+
非ポリマー , 5種, 179分子

#46: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#47: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#48: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#49: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#50: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Mitoribosome of Neurospora crassa / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#45 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid-KOHHEPES-KOH1
215 mMPotassium chlorideKCl1
315 mMMagnesium acetateMg(C2H3O2)21
40.05 %n-Dodecyl B-D-maltosideDDM1
50.0075 %1,3-bis(sn-3-phosphatidyl)-sn-glycerolCardiolipin1
62 mMDithiothreitolDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 130000 X / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 3172
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_3742精密化
PHENIXdev_3742精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131806 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 41.16 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0018134314
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3742195115
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0323826
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002314493
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.738559946

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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