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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x89 | ||||||
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タイトル | Vigna radiata mitochondrial complex I* | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / respiration / mitochondria / electron transport chain / complex I | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / quinone binding / catalytic activity / : / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / respiratory electron transport chain / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity ...oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / quinone binding / catalytic activity / : / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / respiratory electron transport chain / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / RNA binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vigna radiata (リョクトウ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Letts, J.A. / Maldonado, M. / Padavannil, A. / Zhou, L. / Guo, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Atomic structure of a mitochondrial complex I intermediate from vascular plants. 著者: Maria Maldonado / Abhilash Padavannil / Long Zhou / Fei Guo / James A Letts / 要旨: Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large ...Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large membrane-protein complexes. Complex I (CI) is the main entry point for electrons into the mETC. For plants, limited availability of mitochondrial material has curbed detailed biochemical and structural studies of their mETC. Here, we present the cryoEM structure of the known CI assembly intermediate CI* from at 3.9 Å resolution. CI* contains CI's NADH-binding and CoQ-binding modules, the proximal-pumping module and the plant-specific γ-carbonic-anhydrase domain (γCA). Our structure reveals significant differences in core and accessory subunits of the plant complex compared to yeast, mammals and bacteria, as well as the details of the γCA domain subunit composition and membrane anchoring. The structure sheds light on differences in CI assembly across lineages and suggests potential physiological roles for CI* beyond assembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x89.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6x89.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6x89.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/6x89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/6x89 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 22090MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10586 (タイトル: Cryo electron micrographs of digitonin-solubilized, amphipol-stabilized, sucrose-gradient-purified V. radiata mitochondrial membranes - mixed fraction containing CI*, CIII2 and SC III2+IV Data size: 6.7 TB Data #1: Raw movies of mixed sample used for determination of mung bean respiratory CI*, CIII2, CIV and SC III2+IV [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
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#26: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
#27: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3677.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 8種, 8分子 A2A5A6A9ALA1A8AM
#2: タンパク質 | 分子量: 10884.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3TVC7 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 18977.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3U023 |
#4: タンパク質 | 分子量: 14920.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3W1K8 |
#6: タンパク質 | 分子量: 43781.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3V8W7 |
#7: タンパク質 | 分子量: 18192.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3VNK7 |
#22: タンパク質 | 分子量: 7357.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3TU57 |
#24: タンパク質 | 分子量: 12022.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3VVN6 |
#25: タンパク質 | 分子量: 16189.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3UYW0 |
-タンパク質 , 14種, 14分子 A7S2S31M2M3M4L6MA3C2P2S5X1L2
#5: タンパク質 | 分子量: 14356.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3UVC7 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 44813.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
#10: タンパク質 | 分子量: 22806.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
#17: タンパク質 | 分子量: 35651.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
#18: タンパク質 | 分子量: 53900.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
#19: タンパク質 | 分子量: 13507.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
#20: タンパク質 | 分子量: 11082.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
#21: タンパク質 | 分子量: 23484.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) |
#23: タンパク質 | 分子量: 6695.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3TCK0 |
#28: タンパク質 | 分子量: 9130.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3UPL8 |
#29: タンパク質 | 分子量: 12172.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3TGE7 |
#30: タンパク質 | 分子量: 45640.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TQ33 |
#31: タンパク質 | 分子量: 10949.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3VI15 |
#34: タンパク質 | 分子量: 28268.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UI49 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 5種, 5分子 S1S4S6S7S8
#8: タンパク質 | 分子量: 81434.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TQ85 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 16435.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3UIW7 |
#12: タンパク質 | 分子量: 11582.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3VYF3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 23710.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3U8J5 |
#14: タンパク質 | 分子量: 25545.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VGS8 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 V1V2
#15: タンパク質 | 分子量: 53817.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata 参照: UniProt: A0A1S3V7V2, NADH dehydrogenase, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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#16: タンパク質 | 分子量: 27992.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3U769 |
-Gamma carbonic anhydrase 1, ... , 2種, 2分子 G1G2
#32: タンパク質 | 分子量: 29333.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VT00 |
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#33: タンパク質 | 分子量: 29780.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3U544 |
-非ポリマー , 6種, 18分子
#35: 化合物 | ChemComp-NAP / | ||||||||
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#36: 化合物 | ChemComp-PC1 / #37: 化合物 | ChemComp-SF4 / #38: 化合物 | #39: 化合物 | #40: 化合物 | ChemComp-FMN / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vigna radiata complex I* / タイプ: COMPLEX 詳細: Complex I 800 kDa assembly intermediate (complex I*) Entity ID: #1-#34 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.8 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Vigna radiata (リョクトウ) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Extracted from V. radiata mitochondrial membranes with digitonin, exchanged into amphipole A8-35, purified on sucrose gradient. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 30 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE 詳細: Blotted for 9 seconds at 100% humidity, 15 degrees C. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 86.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 190951 | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34407 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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