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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xt0 | ||||||
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タイトル | Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with dioxindolyl-L-alanine and D-glycerol-3-phosphate | ||||||
要素 | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
キーワード | LYASE / multi-enzyme complex / allosteric enzyme product complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å | ||||||
データ登録者 | Phillips, R.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021 タイトル: Structural Basis of the Stereochemistry of Inhibition of Tryptophan Synthase by Tryptophan and Derivatives. 著者: Phillips, R.S. / Harris, A.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xt0.cif.gz | 411.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xt0.ent.gz | 342.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xt0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xt0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xt0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6xt0_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xt0_validation.cif.gz | 55.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xt0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: trpA, DD95_04145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D6FWC1, UniProt: P00929*PLUS, tryptophan synthase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: trpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase |
-非ポリマー , 6種, 895分子
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | ChemComp-1GP / | #5: 化合物 | ChemComp-X9D / | #6: 化合物 | ChemComp-VE4 / | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.05 M bicine, pH 7.8, 5 mM EDTA, 0.1 mM PLP, 1 mM DTT, and 1 mM spermine tetrahydrochloride with 6-8% glycerol and 10-12% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.321→92.044 Å / Num. obs: 86081 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 15.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 75.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2TYS 解像度: 1.37→46.02 Å / SU ML: 0.157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.843 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→46.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.37→1.4 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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