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- PDB-5tnj: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tnj
タイトルCrystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted 4-Vinyl-1-cyclohexene 1,2-epoxide hydrolysis intermediate
要素CFTR inhibitory factor
キーワードHYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(1S,2S,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol / (1R,2R,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol / (1R,2R,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol / (1S,2S,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol / Putative hydrolase / CFTR inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
Cystic Fibrosis Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.
履歴
登録2016年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CFTR inhibitory factor
B: CFTR inhibitory factor
C: CFTR inhibitory factor
D: CFTR inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,79212
ポリマ－136,6554
非ポリマー1,1388
水20,5011138
1
A: CFTR inhibitory factor
B: CFTR inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8966
ポリマ－68,3272
非ポリマー5694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
2
C: CFTR inhibitory factor
D: CFTR inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8966
ポリマ－68,3272
非ポリマー5694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.351, 83.436, 89.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-761-

HOH

21A-766-

HOH

31D-790-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
CFTR inhibitory factor


分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1146分子

#2: 化合物 ChemComp-AVH / (1R,2R,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol


分子量: 142.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O2
#3: 化合物 ChemComp-8MD / (1S,2S,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol


分子量: 142.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O2
#4: 化合物 ChemComp-BVH / (1R,2R,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol


分子量: 142.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O2
#5: 化合物 ChemComp-DVH / (1S,2S,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol


分子量: 142.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細Ligand AVH ((1R,2R,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol) or 8MD ((1S,2S,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2- ...Ligand AVH ((1R,2R,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol) or 8MD ((1S,2S,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol ) covalently linked to the protein Cif-E153Q, via its C1 atom to OD1 on Asp129 of the protein chain A; In chain B, C and D, ligand BVH ((1R,2R,4S)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol) or DVH ((1S,2S,4R)-4-ethenylcyclohexane-1,2-diol) covalently linked to the protein Cif-E153Q, via its C6 atom to OD1 on Asp129 of the protein.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→19.905 Å / Num. obs: 145788 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.49 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 28.02
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 6.99 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 6.08 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
XDSSept 26, 2012データ削減
XDSJuly 4, 2012データスケーリング
PHENIX1.10_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2


解像度: 1.65→19.905 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1725 7288 5 %
Rwork0.1446 --
obs0.146 145781 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9360 0 80 1138 10578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83213562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4485851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.66870.19663540.16954338X-RAY DIFFRACTION97
1.6687-1.68841000000000.15854827X-RAY DIFFRACTION99
1.6884-1.70890.19033650.15934488X-RAY DIFFRACTION100
1.7089-1.73060.20123650.15834458X-RAY DIFFRACTION100
1.7306-1.75331000000000.15724850X-RAY DIFFRACTION100
1.7533-1.77730.19483650.15084550X-RAY DIFFRACTION100
1.7773-1.80270.17683650.14354423X-RAY DIFFRACTION100
1.8027-1.82961000000000.1514841X-RAY DIFFRACTION100
1.8296-1.85820.19633650.15684498X-RAY DIFFRACTION100
1.8582-1.88860.18543650.15834480X-RAY DIFFRACTION100
1.8886-1.92111000000000.14494841X-RAY DIFFRACTION100
1.9211-1.9560.17273650.1434482X-RAY DIFFRACTION100
1.956-1.99360.18943650.1464490X-RAY DIFFRACTION100
1.9936-2.03431000000000.14734868X-RAY DIFFRACTION100
2.0343-2.07850.18333650.14454492X-RAY DIFFRACTION100
2.0785-2.12680.16713650.14114472X-RAY DIFFRACTION100
2.1268-2.17991000000000.14374859X-RAY DIFFRACTION100
2.1799-2.23880.16553650.14074505X-RAY DIFFRACTION100
2.2388-2.30450.16223640.14264452X-RAY DIFFRACTION100
2.3045-2.37881000000000.14114883X-RAY DIFFRACTION100
2.3788-2.46370.15713650.15224514X-RAY DIFFRACTION100
2.4637-2.56210.17573650.15074485X-RAY DIFFRACTION100
2.5621-2.67851000000000.15174856X-RAY DIFFRACTION100
2.6785-2.81930.16843650.14614517X-RAY DIFFRACTION100
2.8193-2.99540.18333650.15424524X-RAY DIFFRACTION100
2.9954-3.22581000000000.15194885X-RAY DIFFRACTION100
3.2258-3.54880.16913650.13744496X-RAY DIFFRACTION100
3.5488-4.05850.15243650.13714564X-RAY DIFFRACTION100
4.0585-5.0991000000000.12094920X-RAY DIFFRACTION100
5.099-19.90670.17163650.14674635X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68260.01520.10430.6573-0.00530.72880.0063-0.0773-0.07040.0572-0.02350.04160.0929-0.03620.01890.090.00360.00860.09570.00470.073562.089154.522227.2305
20.9967-0.26320.03041.1473-0.1530.5641-0.01860.00840.1388-0.04670.01120.0751-0.0846-0.03020.00580.09070.0181-0.02140.089-0.0040.116953.199193.30415.4789
30.6878-0.01330.05980.89980.070.75330.0061-0.02130.12290.0452-0.0377-0.0928-0.09810.02910.030.09410.00620.00120.09080.00510.120789.885586.122127.1154
41.0253-0.2216-0.08760.92520.15530.53910.02210.0559-0.0457-0.0107-0.0152-0.10650.04860.0123-0.00530.09070.02570.0070.10.00150.072798.863747.547615.7693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 25:317)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 25:317)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 25:317)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 25:317)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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