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Yorodumi- PDB-5lm6: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 2-(3-fluoro-4-hydrox... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lm6 | ||||||
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Title | VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid (compound 35) | ||||||
Components | Metallo-beta-lactamase VIM-2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.17 Å | ||||||
Authors | Li, G.-B. / Brem, J. / Someya, H. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Chem Sci / Year: 2017 Title: NMR-filtered virtual screening leads to non-metal chelating metallo-beta-lactamase inhibitors. Authors: Li, G.B. / Abboud, M.I. / Brem, J. / Someya, H. / Lohans, C.T. / Yang, S.Y. / Spencer, J. / Wareham, D.W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5lm6.cif.gz | 208.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5lm6.ent.gz | 167.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5lm6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5lm6_validation.pdf.gz | 745.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5lm6_full_validation.pdf.gz | 747.2 KB | Display | |
Data in XML | 5lm6_validation.xml.gz | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5lm6_validation.cif.gz | 35.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lm6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5lcaC 5lcfC 5lchC 5le1C 4c1dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28352.836 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: 2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 Plasmid: OPINF VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR / Details (production host): PLASMID DERIVED NON-GENOMIC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): PLYSS / References: UniProt: Q9K2N0 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | ChemComp-H32 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M Magnesium Formate, 21-26% (v/v) Polyethylene glycol 3350, 1 mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine, 16 mg/mL protein; socked the crystals with 10mM 2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.92819 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92819 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.17→52.01 Å / Num. obs: 142903 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 12.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 940952 / Scaling rejects: 498 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4C1D Resolution: 1.17→52.01 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.1 Å2 / Biso mean: 21.5922 Å2 / Biso min: 7.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.17→52.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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