PDB-5ih1: Macrolide 2'-phosphotransferase type II - complex with GDP and ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ih1

タイトル

Macrolide 2'-phosphotransferase type II - complex with GDP and phosphorylated josamycin

要素

Macrolide 2'-phosphotransferase II

キーワード

TRANSFERASE / macrolide phosphotransferase / kinase

機能・相同性

Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / Phosphorylated josamycin / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Macrolide 2'-phosphotransferase II

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ih1.cif.gz	212.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ih1.ent.gz	171.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ih1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ih1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ih1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5ih1_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	5ih1_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ih1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/5ih1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ighC 5igiC 5igjC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5iguC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih0C 5iwuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5igj-d 5ih0-d 5oyd-1 5igw-d 5igs-d 5yy6-d 6szm-1 3dgv-4 5yw4-d 5z2x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Macrolide 2'-phosphotransferase II

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.370, 80.870, 97.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B) 分子量: 34527.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553

#1: タンパク質

Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B)

分子量: 34527.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553

-
非ポリマー , 5種, 504分子

#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-6BQ / Phosphorylated josamycin / (2S,3S,4R,6S)-6-{[(2R,3S,4S,5R,6S)-6-{[(4R,5S,6S,7R,9R,10S,12E,16R)-4-(acetyloxy)-10-hydroxy-7-(2-hydroxyethyl)-5-methoxy-9,16-dimethyl-2-oxo-1-oxacyclohexadec-12-en-6-yl]oxy}-4-(dimethylamino)-2-methyl-5-(phosphonooxy)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-4-hydroxy-2,4-dimethyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3-methylbutanoate 分子量: 912.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₇₄NO₁₈P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1M Tris, 25-40% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月12日

放射

モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.31→41.113 Å / Num. obs: 77829 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 21.66

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.31-1.34		0.661	3.1	1	100
1.34-1.38		0.512	4	1	100
1.38-1.42		0.412	4.93	1	100
1.42-1.46		0.317	6.4	1	100
1.46-1.51		0.24	8.4	1	100
1.51-1.57		0.188	10.5	1	100
1.57-1.62		0.146	13.5	1	100
1.62-1.69		0.118	16.46	1	100
1.69-1.77		0.096	19.72	1	100
1.77-1.85		0.078	23.75	1	100
1.85-1.95		0.061	29.98	1	100
1.95-2.07		0.051	34.96	1	100
2.07-2.21		0.044	39	1	100
2.21-2.39		0.041	42.21	1	100
2.39-2.62		0.038	44	1	100
2.62-2.93		0.036	46.36	1	100
2.93-3.38		0.033	48.83	1	100
3.38-4.14		0.032	50.23	1	100
4.14-5.86		0.035	50.28	1	100
	5.86	0.041	48.26	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1627	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

解像度: 1.31→41.867 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1781	3892	5 %
R_work	0.1606	-	-
obs	0.1615	77827	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→41.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2401	0	92	500	2993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2678
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.357	3657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.698	990
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3099-1.3259	0.2707	135	0.2547	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3259-1.3427	0.2414	140	0.2293	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3427-1.3604	0.2407	136	0.2176	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3604-1.379	0.2215	137	0.2072	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.379-1.3987	0.2294	137	0.2117	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3987-1.4196	0.2289	137	0.197	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4196-1.4418	0.17	139	0.1905	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4418-1.4654	0.208	135	0.1771	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4654-1.4907	0.1938	138	0.1738	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4907-1.5178	0.1818	137	0.1697	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5178-1.547	0.1843	140	0.1755	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.547-1.5785	0.1959	135	0.1666	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5785-1.6129	0.1964	140	0.1578	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6129-1.6504	0.1724	137	0.1556	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6504-1.6917	0.1556	139	0.1534	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6917-1.7374	0.1683	138	0.1582	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7374-1.7885	0.1885	138	0.1579	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7885-1.8462	0.1769	139	0.1659	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8462-1.9122	0.1896	138	0.1583	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9122-1.9888	0.1737	140	0.1531	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9888-2.0793	0.1897	140	0.151	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0793-2.1889	0.1816	138	0.1482	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1889-2.3261	0.1661	140	0.1484	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3261-2.5056	0.156	141	0.1441	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5056-2.7577	0.1623	140	0.1551	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7577-3.1567	0.1989	143	0.1632	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1567-3.9766	0.1409	143	0.1496	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9766-41.8882	0.1881	152	0.1634	2869	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.663	1.5393	0.4016	3.4732	0.663	3.2322	0.1038	-0.372	0.5215	0.5476	0.0504	-0.0009	-0.1645	0.1088	-0.1193	0.3877	0.0111	0.0437	0.3238	-0.053	0.2303	-10.9014	13.0361	52.4977
2	2.3954	-0.5434	-0.1093	2.351	-0.3166	1.821	-0.1988	0.0983	0.0743	0.4361	0.2022	-0.1881	-0.1054	0.4759	0.0299	0.2845	0.0053	-0.0062	0.3936	-0.0017	0.2074	-5.7915	7.1516	49.6292
3	2.0706	0.2914	-0.6977	1.6627	-0.988	2.7068	-0.0954	-0.3356	0.102	0.0356	-0.2035	-0.2145	0.0915	0.5209	0.2408	0.2231	0.0031	-0.0084	0.2923	-0.0015	0.154	-4.4764	8.933	44.2263
4	0.7726	0.423	-0.2854	2.8472	-1.7383	1.7864	-0.086	-0.1361	-0.1037	0.1301	-0.0547	-0.0551	0.2226	0.1833	0.0754	0.2241	0.0436	0.0376	0.2009	0.0313	0.1202	-7.8528	4.2138	44.4657
5	0.5188	-0.1972	0.2895	2.8318	1.3612	1.2337	-0.0481	0.0144	0.0277	-0.0549	-0.0146	0.1596	-0.1478	-0.0221	0.0536	0.1631	-0.0238	0.0342	0.1489	-0.0186	0.2008	-12.1653	9.9398	29.6771
6	1.4548	-0.6795	-0.5932	1.8268	0.3997	1.3728	-0.1998	-0.181	-0.1819	0.3389	0.0693	0.2922	0.1714	0.0588	0.1082	0.1506	0.013	0.0418	0.1328	0.0073	0.1387	-9.7321	2.8482	36.5927
7	4.8372	-1.5028	-1.8532	2.3491	0.3457	2.612	-0.1091	-1.0233	1.0133	0.3834	0.4408	-0.5161	-0.2106	0.6649	0.3361	0.2793	0.1535	-0.082	0.6187	-0.1708	0.206	10.3469	4.7412	38.1448
8	2.0896	-0.137	-0.633	7.5634	-1.0432	2.1937	-0.195	-0.9815	0.2876	-0.3264	0.1056	-0.8713	0.0821	0.4684	0.1535	0.2036	0.1219	-0.0352	0.5657	-0.0892	0.284	15.6833	0.0746	33.7546
9	3.3044	-0.39	0.2936	1.5554	0.0704	2.1534	-0.0418	-0.0176	-0.2349	0.094	0.0358	0.0213	0.2969	0.1478	0.0341	0.138	0.0202	0.0064	0.094	-0.0076	0.1247	1.7397	-6.6091	22.4511
10	6.4071	4.3029	0.7731	8.9103	0.1084	5.5129	-0.3585	0.3246	0.0173	0.08	-0.1946	-0.4369	-0.1014	0.1814	0.3269	0.155	-0.0075	-0.0135	0.2855	-0.0142	0.2985	-18.423	3.9869	18.1078
11	2.5511	0.7485	-0.2662	1.8769	-0.5129	1	-0.0095	0.3084	0.3656	-0.2323	0.0863	0.1566	-0.2992	-0.096	-0.0518	0.2065	0.0098	-0.0326	0.1531	0.0163	0.1321	-2.6678	12.924	9.7483
12	1.7055	-0.5188	0.3539	1.1752	0.421	1.1071	0.0093	0.1956	0.7032	-0.6046	0.0947	-0.612	-0.4269	0.218	-0.1005	0.314	-0.0711	0.0674	0.1993	0.0318	0.3702	12.2222	20.8859	9.7571
13	3.5294	1.6774	-0.2336	2.5043	-0.2343	1.1642	-0.0976	0.5138	-0.0894	-0.5602	0.0571	-0.1829	-0.1536	-0.1209	0.0125	0.2524	-0.017	0.0344	0.2229	-0.006	0.123	5.1219	5.7086	3.7691
14	1.2926	-0.275	-1.0605	1.2762	0.9164	1.4171	-0.1172	-0.1667	-0.0835	0.1302	0.1211	-0.0191	0.1441	0.2061	-0.0024	0.0922	0.0163	-0.0073	0.1113	0.0033	0.0853	2.18	1.2151	25.3063
15	2.1185	0.0062	-0.065	1.3997	0.0602	1.2231	-0.0642	0.0655	-0.1018	-0.1153	0.1511	-0.2278	0.0691	0.1676	-0.0709	0.1054	0.0079	0.0039	0.1148	-0.0368	0.1376	9.2077	-5.2144	16.2523
16	2.0519	0.3886	0.4548	3.6677	0.5249	1.223	-0.0099	0.0224	0.0543	-0.1354	0.0874	-0.3463	-0.1467	0.0905	-0.0683	0.1521	-0.0126	0.0199	0.1556	-0.0145	0.1613	10.2691	4.2066	11.4486
17	0.6519	-0.0641	-0.1976	2.0932	1.883	2.6985	-0.2564	-0.0256	0.0441	0.4681	0.0462	0.287	0.3172	-0.077	0.1401	0.3406	0.0139	-0.0296	0.1795	-0.0345	0.244	5.6631	21.1827	23.8058
18	2.9085	-0.5593	-1.0872	2.9457	1.2367	4.7301	-0.2575	-0.3742	0.4267	0.4249	0.1889	-0.836	-0.2516	0.2912	-0.0116	0.3649	0.0137	-0.1518	0.2485	-0.0513	0.4512	14.7353	22.5848	23.5942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:14)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 15:30)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 31:41)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 42:51)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 52:74)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 75:96)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 97:107)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 108:117)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 118:140)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 141:145)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 146:163)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 164:181)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 182:193)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 194:236)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 237:258)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 259:274)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 275:286)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 287:299)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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