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- PDB-5cdo: 3.15A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cdo
タイトル3.15A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA
要素
  • (DNA gyrase subunit ...) x 2
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-50M / Chem-53L / Chem-53M / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Bax, B.D. / Srikannathasan, V. / Chan, P.F.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin.
著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C. ...著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C.E. / Tanner, R. / Theobald, A.J. / Stavenger, R.A. / Bax, B.D. / Gwynn, M.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide.
著者: Srikannathasan, V. / Wohlkonig, A. / Shillings, A. / Singh, O. / Chan, P.F. / Huang, J. / Gwynn, M.N. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Hibbs, M. / Theobald, A.J. / Spitzfaden, C. / Bax, B.D.
履歴
登録2015年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
R: DNA gyrase subunit A
S: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
T: DNA gyrase subunit A
U: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
V: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,73833
ポリマ－328,15712
非ポリマー2,58121
水1,47782
1
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,37917
ポリマ－164,0796
非ポリマー1,30011
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
R: DNA gyrase subunit A
S: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
T: DNA gyrase subunit A
U: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
V: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,36016
ポリマ－164,0796
非ポリマー1,28110
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.472, 170.211, 124.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA gyrase subunit ... , 2種, 8分子 ACRTBDSU

#1: タンパク質
DNA gyrase subunit A


分子量: 54777.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質
DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 21111.018 Da / 分子数: 4 / Fragment: residues 417-638,residues 417-638 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 1種, 4分子 EFVW

#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 6150.966 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 8種, 103分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: 化合物 ChemComp-53M / (2R,4S,4aS)-4',6'-dihydroxy-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidin]-2'-one


分子量: 374.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N4O6
#9: 化合物 ChemComp-53L / (2R,4S,4aS,5S)-6'-hydroxy-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4'(3'H)-dione


分子量: 374.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N4O6
#10: 化合物 ChemComp-50M / (2R,4S,4aS,5R)-6'-hydroxy-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4'(3'H)-dione


分子量: 374.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N4O6
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 / 詳細: 150mM BisTris pH6.2, 11% PEG 5000 MME / PH範囲: 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→58.42 Å / Num. obs: 62354 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 48.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 185026
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
3.15-3.2630.4142.81847261750.28698.7
12.2-58.422.90.06215.4315410780.04394.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless3.3.16データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.15→58.415 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 2510 4.03 %
Rwork0.2151 59797 -
obs0.2163 62307 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.38 Å2 / Biso mean: 50.3513 Å2 / Biso min: 8.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→58.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20865 1597 274 82 22818
Biso mean--31.29 30.75 -
残基数----2751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00523130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97231595
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0633581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.068858
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.15-3.21060.33511360.29623362349899
3.2106-3.27610.34761340.2823305343998
3.2761-3.34730.30061320.26293335346798
3.3473-3.42520.27131470.25943303345098
3.4252-3.51080.30141470.24713293344097
3.5108-3.60580.24571380.22573336347499
3.6058-3.71180.29891400.22583331347198
3.7118-3.83160.21961410.21623343348499
3.8316-3.96850.24991330.21243303343698
3.9685-4.12740.25741370.19743355349299
4.1274-4.31520.21191490.19263297344698
4.3152-4.54260.23161430.18353291343497
4.5426-4.82710.21811450.183315346098
4.8271-5.19960.21091300.18893354348498
5.1996-5.72240.23311420.20613331347398
5.7224-6.54950.24141260.21733310343697
6.5495-8.2480.24631520.213307345997
8.248-58.42530.20371380.20583326346496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5636-0.07680.01040.56710.05150.34010.0032-0.00250.1484-0.12170.00990.15020.046-0.0904-0.01730.2234-0.0389-0.02860.2799-0.01580.366435.4346-30.669755.1404
21.7507-0.23330.37991.0349-0.21682.10350.3601-0.3944-0.46940.6147-0.1512-0.28130.53980.2838-0.16240.4766-0.0122-0.11510.52340.1030.396641.3698-50.775983.7504
31.9179-0.0493-0.1412.41520.0861.9929-0.23330.1537-0.423-0.5620.0649-0.10210.5494-0.29510.13270.5267-0.17630.03090.4177-0.00730.369727.9003-52.487133.5457
42.49090.9289-0.01742.21110.24951.2493-0.05060.05410.1390.12570.21320.259-0.0804-0.0019-0.10670.30020.0312-0.020.3068-0.03020.479945.620916.951562.6068
52.3140.02841.13541.40810.47012.3393-0.0796-0.5023-0.21340.25010.23520.54660.0393-0.6717-0.17270.2209-0.15180.02390.56160.04540.495922.5972-42.427880.6624
60.61910.0835-0.13022.8320.3491.14230.0458-0.02340.2137-0.1856-0.0715-0.2085-0.2662-0.03430.02330.18580.0707-0.0110.2138-0.03530.388377.9338-27.152968.725
71.35250.00870.42481.29410.05030.93660.11710.3717-0.2038-0.581-0.04690.3105-0.1134-0.3065-0.07640.59170.1399-0.05350.52-0.02030.329962.8217-52.367338.1463
82.2358-0.99680.38161.9638-0.90481.77660.00660.19810.25-0.1853-0.0836-0.2836-0.21380.0755-0.04260.3349-0.05880.06770.2167-0.02470.356366.258416.777359.5224
91.9228-0.10580.26242.0527-0.27092.4983-0.1189-0.0798-0.52250.22190.10840.16420.48950.13260.03480.35780.10350.03910.42950.03270.365775.5725-55.424288.6761
102.5805-0.1259-0.81773.92620.18752.0048-0.12030.39060.0647-0.55360.2171-0.57220.02750.1477-0.05130.53710.09160.09260.4323-0.0170.464682.8628-46.82441.6012
111.9227-0.5671-0.24970.36030.08240.48150.04310.17280.3405-0.0465-0.0207-0.0748-0.18760.113-0.03440.2367-0.0630.00850.24060.03420.322487.151-28.0829-5.6642
121.2247-0.18130.29131.04790.2391.52570.2434-0.37280.59570.5413-0.11440.4912-0.466-0.22010.00360.72-0.03690.20390.4437-0.11350.492579.6406-7.3421.6146
132.89090.9014-0.1651.7516-0.20670.7951-0.0831-0.0235-0.3636-0.16390.07660.07170.0551-0.02620.10340.4052-0.0090.07260.26480.07360.582275.7093-76.00432.9549
141.14530.3305-0.28092.5536-0.83441.38150.05440.61111.0659-1.0647-0.2836-0.5391-0.7066-0.00310.22790.6366-0.3-0.04420.72380.52621.082195.7767-7.7664-28.0962
151.6378-0.26380.11591.45880.02522.51160.0822-0.82660.74280.8148-0.0704-0.2159-0.04890.7657-0.08520.5098-0.2874-0.01870.6935-0.19110.597999.108-14.535218.9504
161.26820.36440.4352.7138-0.35921.08810.0138-0.1012-0.0704-0.167-0.02060.01660.0714-0.03290.01280.27610.03350.11480.19310.01950.256543.6971-31.34137.9993
171.69370.0619-0.54050.8369-0.28711.4376-0.00220.43980.0792-0.4734-0.1098-0.43420.06980.20310.1130.67140.06490.18490.44380.08290.452757.282-7.1783-24.2176
181.7458-0.4071-0.34791.24330.10211.289-0.15030.1339-0.1863-0.14370.1383-0.0670.05820.0169-0.01370.3959-0.04150.07660.22210.04110.409155.5728-75.0636-0.5172
191.18070.56560.05071.75440.96971.92470.0565-0.34470.54521.0912-0.24180.1818-0.5640.06960.26390.78390.02450.01560.5076-0.18090.488846.7087-2.857427.0304
201.964-0.0678-0.98580.9750.62621.71550.00120.6570.3141-0.9435-0.11960.16210.1799-0.3054-0.12790.57330.0259-0.01260.43240.12680.458637.8421-12.1789-19.4359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1((chain A and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:490)) or (chain E) or (chain F))A28 - 244
2X-RAY DIFFRACTION1((chain A and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:490)) or (chain E) or (chain F))A328 - 369
3X-RAY DIFFRACTION1((chain A and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:490)) or (chain E) or (chain F))A451 - 490
4X-RAY DIFFRACTION2((chain B and (resid 417:608)))B0
5X-RAY DIFFRACTION3((chain A and (resid 245:327)))A0
6X-RAY DIFFRACTION4((chain A and (resid 370:450)))A0
7X-RAY DIFFRACTION5((chain A and (resid 10:27)) or (chain B and (resid 609:638)))A0
8X-RAY DIFFRACTION6((chain C and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:491)))C28 - 244
9X-RAY DIFFRACTION6((chain C and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:491)))C328 - 369
10X-RAY DIFFRACTION6((chain C and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:491)))C451 - 491
11X-RAY DIFFRACTION7((chain D and (resid 417:608)))D0
12X-RAY DIFFRACTION8((chain C and (resid 375:450)))C0
13X-RAY DIFFRACTION9((chain C and (resid 245:327)))C0
14X-RAY DIFFRACTION10((chain C and (resid 10:27)) or (chain D and (resid 609:637)))C0
15X-RAY DIFFRACTION11((chain R and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:490)) or (chain V) or (chain W))R28 - 244
16X-RAY DIFFRACTION11((chain R and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:490)) or (chain V) or (chain W))R328 - 369
17X-RAY DIFFRACTION11((chain R and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:490)) or (chain V) or (chain W))R451 - 490
18X-RAY DIFFRACTION12((chain S and (resid 417:608)))S0
19X-RAY DIFFRACTION13((chain R and (resid 375:450)))R0
20X-RAY DIFFRACTION14((chain R and (resid 245:327)))R0
21X-RAY DIFFRACTION15((chain R and (resid 11:27)) or (chain S and (resid 609:637)))R0
22X-RAY DIFFRACTION16((chain T and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:490)))T28 - 244
23X-RAY DIFFRACTION16((chain T and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:490)))T328 - 369
24X-RAY DIFFRACTION16((chain T and (resid 28:244 or resid 328:369 or resid 451:490)))T451 - 490
25X-RAY DIFFRACTION17((chain U and (resid 417:608)))U0
26X-RAY DIFFRACTION18((chain T and (resid 375:450)))T0
27X-RAY DIFFRACTION19((chain T and (resid 245:327)))T0
28X-RAY DIFFRACTION20((chain T and (resid 10:27)) or (chain U and (resid 609:637)))T0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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