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- PDB-5cdm: 2.5A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cdm
タイトル2.5A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA
要素
  • (DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)- ...) x 2
  • (DNA gyrase subunit ...) x 2
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-54Q / THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bax, B.D. / Srikannathasan, V. / Chan, P.F.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin.
著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C. ...著者: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C.E. / Tanner, R. / Theobald, A.J. / Stavenger, R.A. / Bax, B.D. / Gwynn, M.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide.
著者: Srikannathasan, V. / Wohlkonig, A. / Shillings, A. / Singh, O. / Chan, P.F. / Huang, J. / Gwynn, M.N. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Hibbs, M. / Theobald, A.J. / Spitzfaden, C. / Bax, B.D.
履歴
登録2015年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
A: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
N: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,91317
ポリマ－164,4298
非ポリマー1,4849
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22010 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area56370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.884, 93.884, 412.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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DNA gyrase subunit ... , 2種, 4分子 BDAC

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 21331.242 Da / 分子数: 2
変異: GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED ...変異: GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 54777.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3

-
DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)- ... , 2種, 4分子 EFIN

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 2451.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 3654.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 337分子

#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-54Q / (2R,4S,4aS)-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4',6'(1'H,3'H)-trione


分子量: 374.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N4O6
#10: 化合物 ChemComp-DT / THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / TMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / コメント: dTMP*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 / 詳細: 150mM BisTris pH6.2, 11% PEG 5000 MME / PH範囲: 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.22
反射解像度: 2.5→36.785 Å / Num. all: 67361 / Num. obs: 67361 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.5 % / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.098 / Net I/av σ(I): 4.938 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 166459
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.642.20.4471.72103397370.3580.4471.994.5
2.64-2.82.50.32822417395750.2480.3282.997.8
2.8-2.992.60.2123.62387290200.1560.2124.398.5
2.99-3.232.60.154.92173883910.1110.155.998
3.23-3.542.50.1154.21891576060.0890.115897.3
3.54-3.952.10.0956.21368963870.0760.0959.289.7
3.95-4.562.70.0758.51614560660.0540.07511.897.2
4.56-5.592.60.078.71293450300.0510.0711.894.8
5.59-7.912.30.0589.9803334310.0440.05811.284.1
7.91-36.7852.80.0688.2592721180.0470.06813.994

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XCS

2xcs


解像度: 2.5→36.785 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.08 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1923 3499 5.19 %
Rwork0.1627 63896 -
obs0.1652 67361 95.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.43 Å2 / Biso mean: 54.2607 Å2 / Biso min: 20.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→36.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10558 772 134 328 11792
Biso mean--40.87 41.01 -
残基数----1380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13516087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051807
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6054691
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5005-2.54360.30911630.2763231339491
2.5436-2.58980.28411830.28173108329188
2.5898-2.63960.28811890.2743149333890
2.6396-2.69340.32151990.27283213341291
2.6934-2.7520.28471760.24843328350494
2.752-2.81590.2481520.23983265341794
2.8159-2.88630.25831630.23173305346894
2.8863-2.96430.25771630.22123326348994
2.9643-3.05140.23182020.21023264346692
3.0514-3.14980.22241880.20383261344992
3.1498-3.26230.21311680.1873314348294
3.2623-3.39270.19291690.18083276344594
3.3927-3.54690.20261640.17063210337491
3.5469-3.73360.2161500.15523005315585
3.7336-3.9670.16641600.13893010317085
3.967-4.27250.15651700.11923304347493
4.2725-4.7010.12281770.10743231340892
4.701-5.37780.14461800.11463134331489
5.3778-6.76270.1711530.14073014316785
6.7627-29.99290.15551400.11962948308883
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3243-0.0558-0.28490.1761-0.31880.6346-0.0773-0.1670.08190.16430.03820.0817-0.1554-0.07730.05350.53850.00020.0590.3545-0.03340.253913.727551.386664.2229
21.15520.0216-0.09891.24730.38941.6739-0.014-0.33850.10260.39010.0978-0.51260.15610.06090.0610.5885-0.0502-0.05780.4362-0.01040.441834.226145.063961.411
30.9025-0.1787-0.14820.97820.12610.9207-0.02330.0455-0.18960.06-0.0191-0.0587-0.07950.02220.05040.3714-0.06290.07620.2065-0.00550.31928.867426.736134.0299
41.0079-0.1030.02150.6699-0.14730.9458-0.15160.15180.18030.4398-0.0471-0.0708-0.5617-0.1110.18180.7026-0.144-0.00520.35760.01210.36128.710154.415614.2802
51.56291.02270.10741.01560.00040.23010.02760.2097-0.0776-0.1232-0.0866-0.23890.2330.1590.0680.55270.04330.05960.24580.0360.426126.2151-6.386237.4614
61.64570.24380.25550.7022-0.69670.8720.08080.0053-0.4634-0.00280.05980.09360.5573-0.0569-0.10270.6458-0.06560.02080.23160.05070.417610.2471-16.979745.759
71.0797-0.0285-0.11450.19670.11360.81680.08050.30960.1507-0.0172-0.0191-0.0558-0.37360.0216-0.04450.6643-0.00080.10640.46880.08040.3389-3.240950.997416.0603
80.0568-0.03030.04460.1016-0.38691.7556-0.10780.5836-0.0865-0.4778-0.01250.349-0.1598-0.44780.02760.49750.0426-0.04090.53850.04920.3583-24.213946.76518.9384
90.72080.1009-0.35851.2182-0.32660.9969-0.0630.0078-0.1972-0.0998-0.06510.03290.0568-0.02110.12380.2931-0.00210.03530.20210.04320.2985-20.914129.916747.5041
101.1205-0.07480.01230.64920.18180.925-0.288-0.1950.1378-0.10830.1375-0.0942-0.3750.13810.04850.5807-0.0102-0.0380.27420.06390.3478-17.616558.970265.3003
110.5991-0.40680.08270.6168-0.01780.4611-0.0020.0479-0.121-0.25260.06050.0077-0.0674-0.0536-0.02010.5978-0.11920.03940.2691-0.0420.5124-20.4616-3.222546.6041
121.1857-0.0785-0.15470.7740.0361.0788-0.08950.1127-0.1331-0.13610.00630.0937-0.07740.06020.09280.5896-0.0667-0.03210.2542-00.4418-5.6018-15.765539.6225
131.83980.1256-0.33960.7189-0.23860.9224-0.12640.16440.1905-0.089-0.0274-0.191-0.174-0.03870.04760.416-0.10090.0370.23050.00590.370622.706648.289241.9047
142.34060.20890.62091.59030.30181.3503-0.2304-0.15150.25670.16990.13420.2618-0.254-0.1123-0.01850.46940.04350.05580.27120.06780.3886-13.723849.37338.6471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1((chain B and (resid 417:607)))B0
2X-RAY DIFFRACTION2((chain A and (resid 12:25)) or (chain B and (resid 608:638)))A0
3X-RAY DIFFRACTION3((chain A and (resid 26:244 or resid 328:369 or resid 458:490)))A26 - 244
4X-RAY DIFFRACTION3((chain A and (resid 26:244 or resid 328:369 or resid 458:490)))A328 - 369
5X-RAY DIFFRACTION3((chain A and (resid 26:244 or resid 328:369 or resid 458:490)))A458 - 490
6X-RAY DIFFRACTION4((chain A and (resid 245:327)))A0
7X-RAY DIFFRACTION5((chain A and (resid 370:379 or resid 443:457)))A370 - 379
8X-RAY DIFFRACTION5((chain A and (resid 370:379 or resid 443:457)))A443 - 457
9X-RAY DIFFRACTION6((chain A and (resid 380:442)))A0
10X-RAY DIFFRACTION7((chain D and (resid 417:608)))D0
11X-RAY DIFFRACTION8((chain C and (resid 12:25)) or (chain D and (resid 609:638)))C0
12X-RAY DIFFRACTION9((chain C and (resid 26:244 or resid 328:369 or resid 458:490)))C26 - 244
13X-RAY DIFFRACTION9((chain C and (resid 26:244 or resid 328:369 or resid 458:490)))C328 - 369
14X-RAY DIFFRACTION9((chain C and (resid 26:244 or resid 328:369 or resid 458:490)))C458 - 490
15X-RAY DIFFRACTION10((chain C and (resid 245:327)))C0
16X-RAY DIFFRACTION11((chain C and (resid 370:379 or resid 443:457)))C370 - 379
17X-RAY DIFFRACTION11((chain C and (resid 370:379 or resid 443:457)))C443 - 457
18X-RAY DIFFRACTION12((chain C and (resid 380:442)))C0
19X-RAY DIFFRACTION13((chain E and (resid 1:2010)) or (chain F and (resid 2011:2019)) or (chain I and (resid 21:21)))E0
20X-RAY DIFFRACTION14((chain E and (resid 2011:2020)) or (chain F and (resid 2:2010)) or (chain I and (resid 1:1)))E0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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