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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4msw | ||||||
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タイトル | Y78 ester mutant of KcsA in high K+ | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / Channel / Ester / Unnatural amino acid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Streptomyces lividans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Matulef, K. / Valiyaveetil, F.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Using protein backbone mutagenesis to dissect the link between ion occupancy and C-type inactivation in K+ channels. 著者: Matulef, K. / Komarov, A.G. / Costantino, C.A. / Valiyaveetil, F.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4msw.cif.gz | 118.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4msw.ent.gz | 95.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4msw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/4msw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/4msw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 10989.735 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 22-124 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア) 遺伝子: kcsA, skc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334 |
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-抗体 , 2種, 2分子 AB
#1: 抗体 | 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) |
-非ポリマー , 3種, 266分子
#4: 化合物 | ChemComp-DGA / | ||
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#5: 化合物 | ChemComp-K / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | THERE IS AN ESTER LINKAGE BETWEEN RESIDUES 77 AND 78 OF CHAIN C RATHER THAN A PEPTIDE BACKBONE LINKAGE. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.55 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PEG400, Magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K PH範囲: 5.75-6.0 |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.06→42 Å / Num. obs: 54941 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 32.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 13.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→36.423 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8294 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.66 Å2 / Biso mean: 37.6849 Å2 / Biso min: 10.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→36.423 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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