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- PDB-1etz: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN ANTI-SWEETENER FAB, NC10.14... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1etz
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN ANTI-SWEETENER FAB, NC10.14, SHOWS THE EXTENT OF STRUCTURAL DIVERSITY IN ANTIGEN RECOGNITION BY IMMUNOGLOBULINS
要素
  • FAB NC10.14 - HEAVY CHAIN
  • FAB NC10.14 - LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Anti-sweetener Fab / Antigen-antibody / Complex / Receptor Mimicry / Antigen Recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GAS / Anti-human Langerin 2G3 lambda chain / Immunoglobulin heavy constant gamma 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Shan, L. / Broomell, C. / Ramsland, P.A. / Fan, Z. / Anchin, J.M. / Linthicum, D.S. / Edmundson, A.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The three-dimensional structure of a complex of a murine Fab (NC10. 14) with a potent sweetener (NC174): an illustration of structural diversity in antigen recognition by immunoglobulins.
著者: Guddat, L.W. / Shan, L. / Broomell, C. / Ramsland, P.A. / Fan, Z. / Anchin, J.M. / Linthicum, D.S. / Edmundson, A.B.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Local and Transmitted Conformational Changes on Complexation of an Anti-sweetener Fab
著者: Guddat, L.W. / Shan, L. / Anchin, J.M. / Linthicum, D.S. / Edmundson, A.B.
履歴
登録2000年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: FAB NC10.14 - LIGHT CHAIN
H: FAB NC10.14 - HEAVY CHAIN
A: FAB NC10.14 - LIGHT CHAIN
B: FAB NC10.14 - HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0376
ポリマ－95,2684
非ポリマー7692
水1,38777
1
L: FAB NC10.14 - LIGHT CHAIN
H: FAB NC10.14 - HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0183
ポリマ－47,6342
非ポリマー3841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
2
A: FAB NC10.14 - LIGHT CHAIN
B: FAB NC10.14 - HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0183
ポリマ－47,6342
非ポリマー3841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.9, 66.3, 75.2
Angle α, β, γ (deg.)106.7, 107.6, 97.3
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細A Fab is formed by Light Chain and Heavy Chain. There are two Fab with non-crystallographic symmetry in a unit cell.

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要素

#1: 抗体 FAB NC10.14 - LIGHT CHAIN


分子量: 23165.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: ASCITES / 参照: UniProt: G0YP42*PLUS
#2: 抗体 FAB NC10.14 - HEAVY CHAIN


分子量: 24468.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: ASCITES / 参照: UniProt: P01867*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GAS / N-(P-CYANOPHENYL)-N'-DIPHENYLMETHYL-GUANIDINE-ACETIC ACID / [2-(4-シアノフェニル)-3-ベンズヒドリルグアニジノ]酢酸


分子量: 384.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: NC10.14 Fab with excess molarity NC174, 10%(w/v) PEG 8000, 0.05M NaCl, 0.05%(w/v) Sodium Azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50.2 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
135 mg/mlprotein11
20.05 M11NaCl
30.05 %sodium azide11
433 %(w/w)PEG800011

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→10 Å / Num. all: 26144 / Num. obs: 26144 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Num. unique all: 2420 / % possible all: 66.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 101821
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
MERLOT位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 2.6→10 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2638 -Random
Rwork0.198 ---
all0.211 26144 --
obs0.211 26144 10 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6698 0 58 77 6833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg28
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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