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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1etz | ||||||
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タイトル | THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN ANTI-SWEETENER FAB, NC10.14, SHOWS THE EXTENT OF STRUCTURAL DIVERSITY IN ANTIGEN RECOGNITION BY IMMUNOGLOBULINS | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Anti-sweetener Fab / Antigen-antibody / Complex / Receptor Mimicry / Antigen Recognition | ||||||
機能・相同性 | ![]() Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Guddat, L.W. / Shan, L. / Broomell, C. / Ramsland, P.A. / Fan, Z. / Anchin, J.M. / Linthicum, D.S. / Edmundson, A.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The three-dimensional structure of a complex of a murine Fab (NC10. 14) with a potent sweetener (NC174): an illustration of structural diversity in antigen recognition by immunoglobulins. 著者: Guddat, L.W. / Shan, L. / Broomell, C. / Ramsland, P.A. / Fan, Z. / Anchin, J.M. / Linthicum, D.S. / Edmundson, A.B. #1: ![]() タイトル: Local and Transmitted Conformational Changes on Complexation of an Anti-sweetener Fab 著者: Guddat, L.W. / Shan, L. / Anchin, J.M. / Linthicum, D.S. / Edmundson, A.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | A Fab is formed by Light Chain and Heavy Chain. There are two Fab with non-crystallographic symmetry in a unit cell. |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23165.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24468.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: NC10.14 Fab with excess molarity NC174, 10%(w/v) PEG 8000, 0.05M NaCl, 0.05%(w/v) Sodium Azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 50.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→10 Å / Num. all: 26144 / Num. obs: 26144 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Num. unique all: 2420 / % possible all: 66.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 101821 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→10 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 14.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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