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- PDB-1c5c: DECARBOXYLASE CATALYTIC ANTIBODY 21D8-HAPTEN COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c5c
タイトルDECARBOXYLASE CATALYTIC ANTIBODY 21D8-HAPTEN COMPLEX
要素(CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / CATALYTIC ANTIBODY / CHIMERIC FAB / DECARBOXYLASE / HAPTEN COMPLEX
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 2-ACETYLAMINO-NAPTHALENE-1,5-DISULFONIC ACID
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Hotta, K. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Catalysis of decarboxylation by a preorganized heterogeneous microenvironment: crystal structures of abzyme 21D8.
著者: Hotta, K. / Lange, H. / Tantillo, D.J. / Houk, K.N. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.
履歴
登録1999年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8
H: CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0505
ポリマ－46,5212
非ポリマー5303
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.217, 43.932, 221.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8


分子量: 23547.086 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CONSTANT DOMAIN (RESIDUES 103-214) IS FROM HUMAN SOURCE, AND THE VARIABLE DOMAIN (RESIDUES 1-102) IS FROM MURINE SOURCE
由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: BALB/C, BALB/C / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 21D8 / 器官: SPLEEN / プラスミド: P4XH-M13 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#2: 抗体 CHIMERIC DECARBOXYLASE ANTIBODY 21D8


分子量: 22973.838 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CONSTANT DOMAIN (RESIDUES 109-230) IS FROM HUMAN SOURCE, AND THE VARIABLE DOMAIN (RESIDUES 1-108) IS FROM MURINE SOURCE
由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: BALB/C, BALB/C / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株: 21D8 / 器官: SPLEEN / プラスミド: P4XH-M13 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#3: 化合物 ChemComp-TK4 / 2-ACETYLAMINO-NAPTHALENE-1,5-DISULFONIC ACID / 2-(アセチルアミノ)ナフタレン-1,5-ジスルホン酸


分子量: 345.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO7S2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE NUMBERING ACCORDING TO THE KABAT & WU SCHEME

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.98 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
温度: 22.5 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
126 mMprotein1drop
250 mMsodium acetate1drop
321.5 %(w/v)mPEG50001reservoir
4100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 74 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 49213 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.61→1.67 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 176796 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MERLOT位相決定
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FRG AND 1GAF

1frg

1gaf


解像度: 1.61→10 Å / Num. parameters: 14592 / Num. restraintsaints: 13877 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 4790 11.3 %RANDOM
all0.1882 42517 --
obs0.1934 -84.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 9 / Occupancy sum hydrogen: 3229 / Occupancy sum non hydrogen: 3615
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3270 0 34 311 3615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.072
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.251
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg29.3
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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