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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10973 | |||||||||||||||
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タイトル | The structure of the large subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa | |||||||||||||||
マップデータ | Composite map of LSU generated from the maps of LSU core, CP and L10 region. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Neurospora crassa / translating Mitoribosomes / tRNA / mRNA / mL108 / TRANSLATION | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA strand exchange activity / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / fungal-type vacuole / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / single-stranded DNA binding ...DNA strand exchange activity / mitochondrial genome maintenance / ribonuclease III activity / fungal-type vacuole / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / single-stranded DNA binding / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Neurospora crassa OR74A (菌類) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Amunts A / Itoh Y | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Analysis of translating mitoribosome reveals functional characteristics of translation in mitochondria of fungi. 著者: Yuzuru Itoh / Andreas Naschberger / Narges Mortezaei / Johannes M Herrmann / Alexey Amunts / 要旨: Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each ...Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each other is not understood. We report models of the translating fungal mitoribosome with mRNA, tRNA and nascent polypeptide, as well as an assembly intermediate. Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) is found in the central protuberance of the large subunit, and the ATPase inhibitory factor 1 (IF) in the small subunit. The models of the active mitoribosome explain how mRNA binds through a dedicated protein platform on the small subunit, tRNA is translocated with the help of the protein mL108, bridging it with L1 stalk on the large subunit, and nascent polypeptide paths through a newly shaped exit tunnel involving a series of structural rearrangements. An assembly intermediate is modeled with the maturation factor Atp25, providing insight into the biogenesis of the mitoribosomal large subunit and translation regulation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10973.map.gz | 143.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10973-v30.xml emd-10973.xml | 73.3 KB 73.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10973_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10973.png | 78.9 KB | ||
マスクデータ | emd_10973_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10973.cif.gz | 16.8 KB | ||
その他 | emd_10973_additional_1.map.gz emd_10973_half_map_1.map.gz emd_10973_half_map_2.map.gz | 143.1 MB 195 MB 195 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10973 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10973 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10973_validation.pdf.gz | 976.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10973_full_validation.pdf.gz | 976 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10973_validation.xml.gz | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10973_validation.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10973 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10973 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of LSU generated from the maps of LSU core, CP and L10 region. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10973_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Consensus map LSU.
ファイル | emd_10973_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Consensus map LSU. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10973_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10973_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Mitoribosome of Neurospora crassa
+超分子 #1: Mitoribosome of Neurospora crassa
+分子 #1: RNA (2820-MER)
+分子 #2: 60S ribosomal protein L2
+分子 #3: 60S ribosomal protein L3
+分子 #4: 60S ribosomal protein L4, variant
+分子 #5: 50S ribosomal protein L5
+分子 #6: 60S ribosomal protein L6
+分子 #7: RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein
+分子 #8: Uncharacterized protein
+分子 #9: 60S ribosomal protein L19
+分子 #10: Ribosomal protein L13
+分子 #11: 50S ribosomal protein L14
+分子 #12: Ribosomal protein L15
+分子 #13: 60S ribosomal protein L16
+分子 #14: 50S ribosomal protein L17
+分子 #15: Mitochondrial ribosomal protein
+分子 #16: Aconitate hydratase
+分子 #17: Mitochondrial large ribosomal subunit
+分子 #18: Mitochondrial ribosomal protein subunit L23
+分子 #19: KOW domain-containing protein
+分子 #20: Uncharacterized protein
+分子 #21: 50S ribosomal protein L24
+分子 #22: 54S ribosomal protein L4, mitochondrial
+分子 #23: 50S ribosomal protein L30
+分子 #24: Uncharacterized protein
+分子 #25: Mitochondrial ribosomal protein subunit L32
+分子 #26: Uncharacterized protein
+分子 #27: Related to ribosomal protein L34, mitochondrial
+分子 #28: Ribosomal protein
+分子 #29: Mitochondrial large ribosomal subunit YmL35
+分子 #30: Uncharacterized protein
+分子 #31: Uncharacterized protein
+分子 #32: Mitochondrial ribosomal protein L43
+分子 #33: 60S ribosomal protein L3
+分子 #34: 50S ribosomal subunit L30
+分子 #35: Uncharacterized protein
+分子 #36: Uncharacterized protein
+分子 #37: Mitochondrial ribosomal protein L44
+分子 #38: Uncharacterized protein
+分子 #39: RNase III domain-containing protein
+分子 #40: 60S ribosomal protein L20
+分子 #41: Mitoc_mL59 domain-containing protein
+分子 #42: 54S ribosomal protein L31, mitochondrial
+分子 #43: Uncharacterized protein
+分子 #44: 60S ribosomal protein L1
+分子 #45: L51_S25_CI-B8 domain-containing protein
+分子 #46: MAGNESIUM ION
+分子 #47: SPERMINE
+分子 #48: POTASSIUM ION
+分子 #49: ZINC ION
+分子 #50: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.7 | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 3172 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |