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万見
- EMDB-2446: Visualization of a polytopic membrane protein egressing from the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2446
タイトルVisualization of a polytopic membrane protein egressing from the SecY complex - Electron cryo-microscopy of an tightly coupled RNC-SecY complex
マップデータVisualization of a polytopic membrane protein egressing from the SecY complex
試料
  • 試料: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE
  • 複合体: 70S-Ribosome
  • タンパク質・ペプチド: SecY
  • タンパク質・ペプチド: SecE
キーワードProtein translocation / Ribosome / SecY / SecE / Proteorhodopsin
機能・相同性
機能・相同性情報


light-activated monoatomic ion channel activity / protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / photoreceptor activity ...light-activated monoatomic ion channel activity / protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / protein targeting / proton transmembrane transport / intracellular protein transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proteorhodopsin / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family ...Proteorhodopsin / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecY / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY / Green-light absorbing proteorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.28 Å
データ登録者Bischoff L / Wickles S / Berninghausen O / van der Sluis E / Beckmann R
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Visualization of a polytopic membrane protein during SecY-mediated membrane insertion.
著者: Lukas Bischoff / Stephan Wickles / Otto Berninghausen / Eli O van der Sluis / Roland Beckmann /
要旨: The biogenesis of polytopic membrane proteins occurs co-translationally on ribosomes that are tightly bound to a membrane-embedded protein-conducting channel: the Sec-complex. The path that is ...The biogenesis of polytopic membrane proteins occurs co-translationally on ribosomes that are tightly bound to a membrane-embedded protein-conducting channel: the Sec-complex. The path that is followed by nascent proteins inside the ribosome and the Sec-complex is relatively well established; however, it is not clear what the fate of the N-terminal transmembrane domains (TMDs) of polytopic membrane proteins is when the C-terminal TMDs domains are not yet synthesized. Here, we present the sub-nanometer cryo-electron microscopy structure of an in vivo generated ribosome-SecY complex that carries a membrane insertion intermediate of proteorhodopsin (PR). The structure reveals a pre-opened Sec-complex and the first two TMDs of PR already outside the SecY complex directly in front of its proposed lateral gate. Thus, our structure is in agreement with positioning of N-terminal TMDs at the periphery of SecY, and in addition, it provides clues for the molecular mechanism underlying membrane protein topogenesis.
履歴
登録2013年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年9月25日-
マップ公開2014年6月18日-
更新2015年8月26日-
現状2015年8月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5abb
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5abb
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5abb
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2446.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2446.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Visualization of a polytopic membrane protein egressing from the SecY complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 368 pix.
= 385.995 Å		1.05 Å/pix.
x 368 pix.
= 385.995 Å		1.05 Å/pix.
x 368 pix.
= 385.995 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0489 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.58672941 - 1.70602858
平均 (標準偏差)0.0131344 (±0.14190418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 385.9952 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.04889945652171.04889945652171.0488994565217
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.995385.995385.995
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.5871.7060.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE

全体名称: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE
要素
  • 試料: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE
  • 複合体: 70S-Ribosome
  • タンパク質・ペプチド: SecY
  • タンパク質・ペプチド: SecE

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超分子 #1000: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE

超分子名称: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3

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超分子 #1: 70S-Ribosome

超分子名称: 70S-Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: KC6

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分子 #1: SecY

分子名称: SecY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: SecE

分子名称: SecE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris 150 mM NH4Cl 10 mM MgCl2 0.05%DDM 125 mM Sucrose
グリッド詳細: The freshly prepared PR2Q-RNC-SecYEG complex was applied to 2 nm pre-coated Quantifoil R3/3 holey carbon supported grids and vitrified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2012年5月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 16500 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 148721 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 148721
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using the automatic selection program SIGNATURE
CTF補正詳細: Defocus group
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 47471

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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