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タイトルFrom Bones to Bugs: Structure-Based Development of Raloxifene-Derived Pathoblockers That Inhibit Pyocyanin Production in Pseudomonas aeruginosa.
ジャーナル・号・ページJ. Med. Chem., Vol. 68, Page 7390-7420, Year 2025
掲載日2024年5月6日 (構造データの登録日)
著者Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. ...Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. / Krasteva-Christ, G. / Zanin, E. / Empting, M. / Schiedel, M. / Kunick, C. / Blankenfeldt, W.
リンクJ. Med. Chem. / PubMed:40156840
手法X線回折
解像度1.32 - 1.69 Å
構造データ

PDB-9f8h:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with Raloxifene
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-9f8i:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with (4-Chlorophenyl)[6-hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl]methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-9f8j:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with (3-Bromophenyl)[6-hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl]methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9f8k:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl](3-isopropylphenyl)methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-9f8l:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl](3-hydroxyphenyl)methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-9f8m:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl][4-(propylamino)phenyl]methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-9f8n:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl][2-(isobutylamino)phenyl]methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-9f8o:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl]{2-[(2-morpholinoethyl)amino]phenyl}methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-9f8p:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl](4-hydroxyphenyl)methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å

PDB-9f8q:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl](2-hydroxyphenyl)methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.34 Å

PDB-9f8r:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with (4-Chlorophenyl)[2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl]methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-9f8s:
Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with (4-Chlorophenyl)[6-hydroxy-2-phenylbenzo[b]thiophen-3-yl]methanone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

化合物

ChemComp-RAL:
RALOXIFENE / ラロキシフェン / 薬剤*YM

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1iae:
CRYSTAL STRUCTURES, SPECTROSCOPIC FEATURES, AND CATALYTIC PROPERTIES OF COBALT(II), COPPER(II), NICKEL(II), AND MERCURY(II) DERIVATIVES OF THE ZINC ENDOPEPTIDASE ASTACIN. A CORRELATION OF STRUCTURE AND PROTEOLYTIC ACTIVITY

PDB-1iag:
FIRST STRUCTURE OF A SNAKE VENOM METALLOPROTEINASE: A PROTOTYPE FOR MATRIX METALLOPROTEINASES(SLASH)COLLAGENASES

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

PDB-1iah:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATYPICAL PROTEIN KINASE DOMAIN OF A TRP CA-CHANNEL, CHAK (ADP-MG COMPLEX)

PDB-1ial:
IMPORTIN ALPHA, MOUSE

PDB-1iak:
HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN I-AK

PDB-1iad:
REFINED 1.8 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF ASTACIN, A ZINC-ENDOPEPTIDASE FROM THE CRAYFISH ASTACUS ASTACUS L. STRUCTURE DETERMINATION, REFINEMENT, MOLECULAR STRUCTURE AND COMPARISON TO THERMOLYSIN

PDB-1iaf:
Unknown entry

PDB-1iai:
IDIOTYPE-ANTI-IDIOTYPE FAB COMPLEX

PDB-1iaj:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATYPICAL PROTEIN KINASE DOMAIN OF A TRP CA-CHANNEL, CHAK (APO)

PDB-1ian:
HUMAN P38 MAP KINASE INHIBITOR COMPLEX

PDB-1iam:
STRUCTURE OF THE TWO AMINO-TERMINAL DOMAINS OF HUMAN INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1, ICAM-1

由来
  • burkholderia lata (バクテリア)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / pyocyanin / phenazine biosynthesis / virulence / inhibitor / ketosteroid-isomerase / cocrystal / PhzA/B / Burkholderia cepacia

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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