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Yorodumi- PDB-9f8j: Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in c... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9f8j | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with (3-Bromophenyl)[6-hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl]methanone | ||||||
Components | Phenazine biosynthesis protein A/B | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / pyocyanin / phenazine biosynthesis / virulence / inhibitor / ketosteroid-isomerase / cocrystal / PhzA/B / Burkholderia cepacia | ||||||
| Function / homology | Phenazine biosynthesis protein A/B / Phenazine biosynthesis protein A/B / antibiotic biosynthetic process / NTF2-like domain superfamily / : / Phenazine biosynthesis protein A/B Function and homology information | ||||||
| Biological species | Burkholderia lata (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Kunick, C. / Blankenfeldt, W. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2025Title: From Bones to Bugs: Structure-Based Development of Raloxifene-Derived Pathoblockers That Inhibit Pyocyanin Production in Pseudomonas aeruginosa. Authors: Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. / Krasteva-Christ, G. / Zanin, E. / Empting, M. ...Authors: Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. / Krasteva-Christ, G. / Zanin, E. / Empting, M. / Schiedel, M. / Kunick, C. / Blankenfeldt, W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9f8j.cif.gz | 404.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9f8j.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 9f8j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9f8j_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9f8j_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
| Data in XML | 9f8j_validation.xml.gz | 38.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 9f8j_validation.cif.gz | 50 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8j | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9f8hC ![]() 9f8iC ![]() 9f8kC ![]() 9f8lC ![]() 9f8mC ![]() 9f8nC ![]() 9f8oC ![]() 9f8pC ![]() 9f8qC ![]() 9f8rC ![]() 9f8sC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 21531.025 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia lata (bacteria) / Gene: Bcep18194_B1568 / Plasmid: pET15b / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-A1IAG / ( Mass: 425.295 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C21H13BrO3S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | ChemComp-MES / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.3 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 15% (w/v) PEG monomethyl ether, 0.1 M MES pH 6.14, 0.122 M ammonium acetate, 5% (v/v) glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 19, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.6→82.99 Å / Num. obs: 98772 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 11.2 |
| Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.967 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4561 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.419 / Rrim(I) all: 1.057 / % possible all: 88.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→48.95 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 19.79 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 30.377 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→48.95 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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