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- PDB-9f8j: Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in c... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9f8j | ||||||
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Title | Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with (3-Bromophenyl)[6-hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl]methanone | ||||||
![]() | Phenazine biosynthesis protein A/B | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / pyocyanin / phenazine biosynthesis / virulence / inhibitor / ketosteroid-isomerase / cocrystal / PhzA/B / Burkholderia cepacia | ||||||
Function / homology | Phenazine biosynthesis protein A/B / Phenazine biosynthesis protein A/B / antibiotic biosynthetic process / NTF2-like domain superfamily / : / Phenazine biosynthesis protein A/B![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Kunick, C. / Blankenfeldt, W. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: From Bones to Bugs: Structure-Based Development of Raloxifene-Derived Pathoblockers That Inhibit Pyocyanin Production in Pseudomonas aeruginosa. Authors: Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. / Krasteva-Christ, G. / Zanin, E. / Empting, M. ...Authors: Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. / Krasteva-Christ, G. / Zanin, E. / Empting, M. / Schiedel, M. / Kunick, C. / Blankenfeldt, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 404.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 9f8hC ![]() 9f8iC ![]() 9f8kC ![]() 9f8lC ![]() 9f8mC ![]() 9f8nC ![]() 9f8oC ![]() 9f8pC ![]() 9f8qC ![]() 9f8rC ![]() 9f8sC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21531.025 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-A1IAG / ( Mass: 425.295 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C21H13BrO3S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | ChemComp-MES / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 15% (w/v) PEG monomethyl ether, 0.1 M MES pH 6.14, 0.122 M ammonium acetate, 5% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 19, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→82.99 Å / Num. obs: 98772 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.967 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4561 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.419 / Rrim(I) all: 1.057 / % possible all: 88.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.377 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→48.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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