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万見
- PDB-9f8k: Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f8k
タイトルCrystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl](3-isopropylphenyl)methanone
要素Phenazine biosynthesis protein A/B
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / pyocyanin / phenazine biosynthesis / virulence / inhibitor / ketosteroid-isomerase / cocrystal / PhzA/B / Burkholderia cepacia
機能・相同性Phenazine biosynthesis protein A/B / Phenazine biosynthesis protein A/B / antibiotic biosynthetic process / NTF2-like domain superfamily / : / ACETATE ION / Phenazine biosynthesis protein A/B
機能・相同性情報
生物種Burkholderia lata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Kunick, C. / Blankenfeldt, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: From Bones to Bugs: Structure-Based Development of Raloxifene-Derived Pathoblockers That Inhibit Pyocyanin Production in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. / Krasteva-Christ, G. / Zanin, E. / Empting, M. ...著者: Thiemann, M. / Zimmermann, M. / Diederich, C. / Zhan, H. / Lebedev, M. / Pletz, J. / Baumgarten, J. / Handke, M. / Musken, M. / Breinbauer, R. / Krasteva-Christ, G. / Zanin, E. / Empting, M. / Schiedel, M. / Kunick, C. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2024年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenazine biosynthesis protein A/B
B: Phenazine biosynthesis protein A/B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8788
ポリマ－43,0622
非ポリマー8166
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.363, 79.303, 64.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-485-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phenazine biosynthesis protein A/B


分子量: 21531.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia lata (バクテリア) / 遺伝子: Bcep18194_B1568 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q396C9
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-A1IAH / [2-(4-hydroxyphenyl)-6-oxidanyl-1-benzothiophen-3-yl]-(3-propan-2-ylphenyl)methanone / [6-Hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)benzo[b]thiophen-3-yl](3-isopropylphenyl)methanone


分子量: 388.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.37, 0.122 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→52.73 Å / Num. obs: 48015 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 209361
反射 シェル解像度: 1.57→1.59 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6632 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.287 / Rrim(I) all: 0.571

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJun 30, 2023データ削減
Aimlessv0.7.9データスケーリング
PHENIXv1.20.1-4487精密化
PHASERv2.8.3位相決定
autoPROCv1.0.5 (20221121)data processing
PDB_EXTRACTv4.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→42.9 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1749 2412 5.02 %
Rwork0.1527 --
obs0.1538 48009 96.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.075 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→42.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2518 0 56 374 2948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9453690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.078995
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.60.22981190.20442152X-RAY DIFFRACTION79
1.6-1.630.21641250.19182485X-RAY DIFFRACTION90
1.63-1.670.2231670.18322647X-RAY DIFFRACTION97
1.67-1.710.21611340.18782722X-RAY DIFFRACTION97
1.71-1.760.19821600.17662687X-RAY DIFFRACTION98
1.76-1.810.20391450.16712699X-RAY DIFFRACTION98
1.81-1.870.1831450.15752701X-RAY DIFFRACTION98
1.87-1.940.17061360.1542781X-RAY DIFFRACTION99
1.94-2.010.19591410.15642654X-RAY DIFFRACTION97
2.01-2.10.16721480.15612734X-RAY DIFFRACTION98
2.1-2.220.17021640.152745X-RAY DIFFRACTION99
2.22-2.350.161240.14512748X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.540.1891320.14642797X-RAY DIFFRACTION99
2.54-2.790.1711440.15232730X-RAY DIFFRACTION99
2.79-3.190.17521360.14612726X-RAY DIFFRACTION98
3.19-4.020.16211310.13512798X-RAY DIFFRACTION100
4.02-42.90.16021610.15622791X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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