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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iaj | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATYPICAL PROTEIN KINASE DOMAIN OF A TRP CA-CHANNEL, CHAK (APO) | ||||||
![]() | TRANSIENT RECEPTOR POTENTIAL-RELATED PROTEIN | ||||||
![]() | TRANSFERASE / alpha/beta / protein kinase like fold / ATP-grasp fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent cell-matrix adhesion / intracellular magnesium ion homeostasis / zinc ion transport / magnesium ion transmembrane transport / zinc ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / necroptotic process ...calcium-dependent cell-matrix adhesion / intracellular magnesium ion homeostasis / zinc ion transport / magnesium ion transmembrane transport / zinc ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / necroptotic process / ruffle / cytoplasmic vesicle membrane / calcium channel activity / calcium ion transport / kinase activity / actin binding / protein autophosphorylation / cytoplasmic vesicle / protein homotetramerization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamaguchi, H. / Matsushita, M. / Nairn, A.C. / Kuriyan, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the atypical protein kinase domain of a TRP channel with phosphotransferase activity. 著者: Yamaguchi, H. / Matsushita, M. / Nairn, A.C. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32246.873 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q923J1, EC: 2.7.1.37 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HEPES, PEG 4000, 2-propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 21336 / Num. obs: 20775 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 74.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 4.9 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1979 / Rsym value: 17.2 / % possible all: 94.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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