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1C35	SOLUTION STRUCTURE OF A QUADRUPLEX FORMING DNA AND ITS INTERMIDIATE 分子名称: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3'), POTASSIUM ION 著者 Bolton, P.H, Marathias, V.M, Wang, K. 登録日 1999-07-25 公開日 1999-08-18 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structures of the potassium-saturated, 2:1, and intermediate, 1:1, forms of a quadruplex DNA. Nucleic Acids Res., 28, 2000
1D97	CHIRAL PHOSPHOROTHIOATE ANALOGUES OF B-DNA: THE CRYSTAL STRUCTURE OF RP-D(GP(S) CPGP(S)CPGP(S)C) 分子名称: DNA (5'-D(RP*GP*(SC)P*GP*(SC)P*GP*(SC))-3') 著者 Cruse, W.B.T, Salisbury, S.A, Brown, T, Cosstick, R, Eckstein, F, Kennard, O. 登録日 1992-10-17 公開日 1993-07-15 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.17 Å) 主引用文献 Chiral phosphorothioate analogues of B-DNA. The crystal structure of Rp-d[Gp(S)CpGp(S)CpGp(S)C]. J.Mol.Biol., 192, 1986
5Y7G	Crystal structure of paFAN1 bound to 1nt 5'flap DNA with gap 分子名称: CALCIUM ION, DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3'), ... 著者 Cho, Y, Jin, H. 登録日 2017-08-17 公開日 2018-03-14 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.4 Å) 主引用文献 Structural mechanism of DNA interstrand cross-link unhooking by the bacterial FAN1 nuclease. J. Biol. Chem., 293, 2018
1DGC	THE X-RAY STRUCTURE OF THE GCN4-BZIP BOUND TO ATF/CREB SITE DNA SHOWS THE COMPLEX DEPENDS ON DNA FLEXIBILITY 分子名称: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*T P*CP*C)-3'), PROTEIN (GCN4) 著者 Koenig, P, Richmond, T.J. 登録日 1993-07-15 公開日 1994-06-22 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3 Å) 主引用文献 The X-ray structure of the GCN4-bZIP bound to ATF/CREB site DNA shows the complex depends on DNA flexibility. J.Mol.Biol., 233, 1993
6GN2	Racemic crystal structure of A-DNA duplex formed from d(CCCGGG) in space group R3 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3'), trimethylamine oxide 著者 Mandal, P.K, Collie, G.W, Kauffmann, B, Huc, I. 登録日 2018-05-29 公開日 2019-09-11 最終更新日 2024-06-12 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.48 Å) 主引用文献 Racemic crystal structures of A-DNA duplexes. Acta Crystallogr D Struct Biol, 78, 2022
3DSC	Crystal structure of P. furiosus Mre11 DNA synaptic complex 分子名称: DNA (5'-D(P*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DTP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DC)-3'), DNA double-strand break repair protein mre11 著者 Williams, R.S, Moncalian, G, Shin, D.S, Tainer, J.A. 登録日 2008-07-11 公開日 2008-10-14 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.7 Å) 主引用文献 Mre11 dimers coordinate DNA end bridging and nuclease processing in double-strand-break repair. Cell(Cambridge,Mass.), 135, 2008
3UQZ	X-ray structure of DNA processing protein A (DprA) from Streptococcus pneumoniae 分子名称: DNA processing protein DprA, SULFATE ION 著者 Quevillon-Cheruel, S, Brooks, M.A, Li de la Sierra-Gallay, I. 登録日 2011-11-21 公開日 2012-08-29 最終更新日 2012-09-26 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.7 Å) 主引用文献 Structure-function analysis of pneumococcal DprA protein reveals that dimerization is crucial for loading RecA recombinase onto DNA during transformation. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 109, 2012
2AYA	Solution Structure of the C-Terminal 14 kDa Domain of the tau subunit from Escherichia coli DNA Polymerase III 分子名称: DNA polymerase III subunit tau 著者 Jergic, S, Dixon, N.E, Otting, G, Su, X.C. 登録日 2005-09-07 公開日 2006-11-14 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure of Domains IVa and V of the tau subunit of Escherichia coli DNA polymerase III and interaction with the alpha subunit. Nucleic Acids Res., 35, 2007
2FLL	Ternary complex of human DNA polymerase iota with DNA and dTTP 分子名称: DNA polymerase iota, DNA primer strand, DNA template strand, ... 著者 Nair, D.T, Johnson, R.E, Prakash, L, Prakash, S, Aggarwal, A.K. 登録日 2006-01-06 公開日 2006-12-12 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 An incoming nucleotide imposes an anti to syn conformational change on the templating purine in the human DNA polymerase-iota active site. Structure, 14, 2006
1JQR	NMR structure of the African swine fever virus DNA polymerase X 分子名称: DNA POLYMERASE BETA-LIKE 著者 Byeon, I.-J.L, Su, M.-I, Showalter, A.K, Tsai, M.-D. 登録日 2001-08-08 公開日 2001-10-26 最終更新日 2022-02-23 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure of a viral DNA polymerase X and evidence for a mutagenic function. Nat.Struct.Biol., 8, 2001
3DSD	Crystal structure of P. furiosus Mre11-H85S bound to a branched DNA and manganese 分子名称: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DTP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DA)-3'), DNA double-strand break repair protein mre11, MANGANESE (II) ION 著者 Williams, R.S, Moiani, D, Tainer, J.A. 登録日 2008-07-11 公開日 2008-10-14 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) 主引用文献 Mre11 dimers coordinate DNA end bridging and nuclease processing in double-strand-break repair. Cell(Cambridge,Mass.), 135, 2008
2LEF	LEF1 HMG DOMAIN (FROM MOUSE), COMPLEXED WITH DNA (15BP), NMR, 12 STRUCTURES 分子名称: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*TP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3'), PROTEIN (LYMPHOID ENHANCER-BINDING FACTOR) 著者 Li, X, Love, J.J, Case, D.A, Wright, P.E. 登録日 1998-10-13 公開日 1998-10-21 最終更新日 2023-12-27 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structural basis for DNA bending by the architectural transcription factor LEF-1. Nature, 376, 1995
8RJW	Human RAD52 open ring - ssDNA complex 分子名称: DNA repair protein RAD52 homolog, MAGNESIUM ION, ssDNA 著者 Liang, C.C, West, S.C. 登録日 2023-12-21 公開日 2024-04-24 最終更新日 2024-05-29 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.3 Å) 主引用文献 Mechanism of single-stranded DNA annealing by RAD52-RPA complex. Nature, 629, 2024
1MHT	COVALENT TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE, DNA AND S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子名称: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*GP*(C36)P*GP*CP*TP*AP*TP*C)-3'), DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*AP*GP*(C36)P*GP*CP*TP*AP*TP*C)-3'), PROTEIN (HHAI METHYLTRANSFERASE), ... 著者 Cheng, X. 登録日 1994-12-08 公開日 1995-06-03 最終更新日 2018-04-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 HhaI methyltransferase flips its target base out of the DNA helix. Cell(Cambridge,Mass.), 76, 1994
5CQQ	Crystal structure of the Drosophila Zeste DNA binding domain in complex with DNA 分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*G)-3'), DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3'), Regulatory protein zeste 著者 Gao, G.N, Wang, M, Yang, N, Huang, Y, Xu, R.M. 登録日 2015-07-22 公開日 2015-11-04 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.1 Å) 主引用文献 Structure of Zeste-DNA Complex Reveals a New Modality of DNA Recognition by Homeodomain-Like Proteins J.Mol.Biol., 427, 2015
6GIM	Structure of the DNA duplex d(AAATTT)2 with [N-(3-chloro-4-((4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)amino)phenyl)-4-((4,5-dihydro-1H-imidazol-2- yl)amino)benzamide] - (drug JNI18) 分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3'), MAGNESIUM ION, [4-[(3-chloranyl-4-imidazolidin-2-ylideneazaniumyl-phenyl)carbamoyl]phenyl]-imidazolidin-2-ylidene-azanium 著者 Millan, C.R, Dardonvile, C, de Koning, H.P, Saperas, N, Campos, J.L. 登録日 2018-05-14 公開日 2018-08-08 最終更新日 2024-05-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.43 Å) 主引用文献 Functional and structural analysis of AT-specific minor groove binders that disrupt DNA-protein interactions and cause disintegration of the Trypanosoma brucei kinetoplast. Nucleic Acids Res., 45, 2017
7M7R	Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dAMPNPP 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. 登録日 2021-03-28 公開日 2021-06-02 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.81 Å) 主引用文献 Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
7M87	Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 230 s 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... 著者 Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. 登録日 2021-03-29 公開日 2021-06-02 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.85 Å) 主引用文献 Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
7M7Q	Human DNA Pol eta S113A with dT-ended primer and dAMPNPP 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... 著者 Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. 登録日 2021-03-28 公開日 2021-06-02 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.27 Å) 主引用文献 Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
7M81	Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 100 s 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... 著者 Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. 登録日 2021-03-29 公開日 2021-06-02 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.05 Å) 主引用文献 Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
7M85	Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 80 s 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*A)-3'), ... 著者 Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. 登録日 2021-03-29 公開日 2021-06-02 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.75 Å) 主引用文献 Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
7M82	Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 300 s 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... 著者 Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. 登録日 2021-03-29 公開日 2021-06-02 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.07 Å) 主引用文献 Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
7M88	Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 300 s 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... 著者 Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. 登録日 2021-03-29 公開日 2021-06-02 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.66 Å) 主引用文献 Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
7M7S	Human DNA Pol eta S113A with dT-ended primer and 0.1 mM dAMPNPP 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... 著者 Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. 登録日 2021-03-28 公開日 2021-06-02 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.85 Å) 主引用文献 Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
7M89	Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 0 s 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. 登録日 2021-03-29 公開日 2021-06-02 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.83 Å) 主引用文献 Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021

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