PDB: 47011 件ウェブページステータス検索Chemie searchBIRD

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6M2V	Crystal structure of UHRF1 SRA complexed with fully-mCHG DNA. 分子名称: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*(5CM)P*TP*GP*CP*GP*TP*GP*A)-3'), E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 著者 Abhishek, S, Nakarakanti, N.K, Deeksha, W, Rajakumara, E. 登録日 2020-03-01 公開日 2021-01-13 最終更新日 2023-11-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3 Å) 主引用文献 Mechanistic insights into recognition of symmetric methylated cytosines in CpG and non-CpG DNA by UHRF1 SRA. Int.J.Biol.Macromol., 170, 2021
4XRH	Human DNA polymerase lambda- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 分子名称: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3'), DNA polymerase lambda, ... 著者 Liu, M.S, Tsai, M.D. 登録日 2015-01-21 公開日 2016-02-24 最終更新日 2023-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3 Å) 主引用文献 Structural Mechanism for the Fidelity Modulation of DNA Polymerase lambda J.Am.Chem.Soc., 138, 2016
5K5H	Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF4-7 and DNA complex structure 分子名称: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3'), Transcriptional repressor CTCF, ... 著者 Hashimoto, H, Cheng, X. 登録日 2016-05-23 公開日 2017-05-24 最終更新日 2024-03-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.108 Å) 主引用文献 Structural Basis for the Versatile and Methylation-Dependent Binding of CTCF to DNA. Mol. Cell, 66, 2017
1DCT	DNA (CYTOSINE-5) METHYLASE FROM HAEIII COVALENTLY BOUND TO DNA 分子名称: CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*(C49)P*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*G)-3'), DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*(C5M)P*CP*TP*GP*CP*TP*GP*G)-3'), ... 著者 Reinisch, K.M, Chen, L, Verdine, G.L, Lipscomb, W.N. 登録日 1995-05-17 公開日 1995-09-15 最終更新日 2024-10-09 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.8 Å) 主引用文献 The crystal structure of HaeIII methyltransferase convalently complexed to DNA: an extrahelical cytosine and rearranged base pairing. Cell(Cambridge,Mass.), 82, 1995
1DNE	MOLECULAR STRUCTURE OF THE NETROPSIN-D(CGCGATATCGCG) COMPLEX: DNA CONFORMATION IN AN ALTERNATING AT SEGMENT; CONFORMATION 2 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*G)-3'), NETROPSIN 著者 Coll, M, Aymami, J, Van Der Marel, G.A, Van Boom, J.H, Rich, A, Wang, A.H.-J. 登録日 1988-09-14 公開日 1989-01-09 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Molecular structure of the netropsin-d(CGCGATATCGCG) complex: DNA conformation in an alternating AT segment. Biochemistry, 28, 1989
5GAT	SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE WILD TYPE DNA BINDING DOMAIN OF AREA COMPLEXED TO A 13BP DNA CONTAINING A CGATA SITE, 35 STRUCTURES 分子名称: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*G)-3'), NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA, ... 著者 Clore, G.M, Starich, M, Wikstrom, M, Gronenborn, A.M. 登録日 1997-11-07 公開日 1998-01-28 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 The solution structure of a fungal AREA protein-DNA complex: an alternative binding mode for the basic carboxyl tail of GATA factors. J.Mol.Biol., 277, 1998
5KKQ	Homo sapiens CCCTC-binding factor (CTCF) ZnF3-7 and DNA complex structure 分子名称: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*A)-3'), DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3'), Transcriptional repressor CTCF, ... 著者 Hashimoto, H, Wang, D, Cheng, X. 登録日 2016-06-22 公開日 2017-05-24 最終更新日 2024-03-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.744 Å) 主引用文献 Structural Basis for the Versatile and Methylation-Dependent Binding of CTCF to DNA. Mol. Cell, 66, 2017
8VX4	Human OGG1 bound to a 35-bp DNA with an 8-oxoG in the middle 分子名称: DNA (35-MER), N-glycosylase/DNA lyase 著者 You, Q, Li, H. 登録日 2024-02-03 公開日 2024-10-09 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.7 Å) 主引用文献 Human 8-oxoguanine glycosylase OGG1 binds nucleosome at the dsDNA ends and the super-helical locations. Commun Biol, 7, 2024
8VX6	Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site 分子名称: DNA (167-MER), Histone H2A, Histone H2B 1.1, ... 著者 You, Q, Li, H. 登録日 2024-02-03 公開日 2024-10-09 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.2 Å) 主引用文献 Human 8-oxoguanine glycosylase OGG1 binds nucleosome at the dsDNA ends and the super-helical locations. Commun Biol, 7, 2024
5DB8	Structure of human DNA polymerase beta Host-Guest complex with the N7MG base paired with a dA 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*CP*TP*(FMG)P*AP*TP*GP*CP*GP*A)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3'), ... 著者 Koag, M.C, Lee, S. 登録日 2015-08-21 公開日 2015-11-11 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.547 Å) 主引用文献 N7 Methylation Alters Hydrogen-Bonding Patterns of Guanine in Duplex DNA. J.Am.Chem.Soc., 137, 2015
7UXD	Crystal structure of APOBEC3G Catalytic domain complex with ssDNA containing 2'-deoxy Zebularine. 分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*CP*(DDN)P*AP*AP*A)-3'), DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G, ZINC ION 著者 Maiti, A, Matsuo, H. 登録日 2022-05-05 公開日 2022-12-14 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.5 Å) 主引用文献 Structure of the catalytically active APOBEC3G bound to a DNA oligonucleotide inhibitor reveals tetrahedral geometry of the transition state. Nat Commun, 13, 2022
5DB6	Structure of human DNA polymerase beta Host-Guest complex with the N7MG base paired with a dC 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*CP*TP*(FMG)P*AP*TP*GP*CP*GP*A)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3'), ... 著者 Koag, M.C, Lee, S. 登録日 2015-08-20 公開日 2015-11-11 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.83 Å) 主引用文献 N7 Methylation Alters Hydrogen-Bonding Patterns of Guanine in Duplex DNA. J.Am.Chem.Soc., 137, 2015
5DBC	Structure of human DNA polymerase beta Host-Guest complex with the dG base paired with a dG 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*A)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3'), ... 著者 Koag, M.C, Lee, S. 登録日 2015-08-21 公開日 2015-11-11 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.402 Å) 主引用文献 N7 Methylation Alters Hydrogen-Bonding Patterns of Guanine in Duplex DNA. J.Am.Chem.Soc., 137, 2015
5DB7	Structure of human DNA polymerase beta Host-Guest complex with the N7MG base paired with a dT 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*CP*TP*(FMG)P*AP*TP*GP*CP*GP*A)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3'), ... 著者 Koag, M.C, Lee, S. 登録日 2015-08-21 公開日 2015-11-11 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.209 Å) 主引用文献 N7 Methylation Alters Hydrogen-Bonding Patterns of Guanine in Duplex DNA. J.Am.Chem.Soc., 137, 2015
7UI4	Crystal structure of the DNA preQ0 insertase DpdA 分子名称: DNA-guanine transglycosylase, ZINC ION 著者 Hung, S.-H, Swairjo, M.A. 登録日 2022-03-28 公開日 2023-02-22 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.51 Å) 主引用文献 7-Deazaguanines in DNA: functional and structural elucidation of a DNA modification system. Nucleic Acids Res., 51, 2023
8E86	Human DNA polymerase eta-DNA-rC-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mn2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.78 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8B	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:ground state at pH7.0 (K+ MES) with 1 Ca2+ ion 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E87	Human DNA polymerase eta-DNA-rA-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mg2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.19 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8J	Human DNA polymerase eta-DNA-rG-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mg2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8G	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 180s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.13 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E3E	ZBTB7A Zinc Finger Domain Bound to DNA Duplex Containing CAST sequence (#10) 分子名称: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*A)-3'), ZINC ION, ... 著者 Horton, J.R, Ren, R, Cheng, X. 登録日 2022-08-17 公開日 2023-02-08 最終更新日 2024-10-09 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.99 Å) 主引用文献 Structural basis for transcription factor ZBTB7A recognition of DNA and effects of ZBTB7A somatic mutations that occur in human acute myeloid leukemia. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8D	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 60s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.09 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E85	Human DNA polymerase eta-DNA-rG-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mn2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.72 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8F	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 120s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.14 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8C	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 30s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023

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