PDB: 45953 件ウェブページステータス検索Chemie searchBIRD

---

1E0J	gp4d helicase from phage T7 ADPNP complex 分子名称: DNA HELICASE, MAGNESIUM ION, PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER 著者 Singleton, M.R, Sawaya, M.R, Ellenberger, T, Wigley, D.B. 登録日 2000-03-30 公開日 2000-06-09 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3 Å) 主引用文献 Crystal Structure of T7 Gene 4 Ring Helicase Indicates a Mechanism for Sequential Hydrolysis of Nucleotides Cell(Cambridge,Mass.), 101, 2000
1VTL	CO-CRYSTAL STRUCTURE OF TBP RECOGNIZING THE MINOR GROOVE OF A TATA ELEMENT 分子名称: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3'), TATA BINDING PROTEIN (TBP) 著者 Kim, J.L, Nikolov, D.B, Burley, S.K. 登録日 1993-12-17 公開日 2011-07-13 最終更新日 2023-12-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å) 主引用文献 Co-Crystal Structure of TBP Recognizing the Minor Groove of a TATA Element Nature, 365, 1993
6AR5	Structure of a Thermostable Group II Intron Reverse Transcriptase with Template-Primer and Its Functional and Evolutionary Implications (Duplex Only) 分子名称: DNA, RNA 著者 Stamos, J.L, Lentzsch, A.M, Lambowitz, A.M. 登録日 2017-08-21 公開日 2017-11-29 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.413 Å) 主引用文献 Structure of a Thermostable Group II Intron Reverse Transcriptase with Template-Primer and Its Functional and Evolutionary Implications. Mol. Cell, 68, 2017
7EI6	GNRA tetraloop receptor motif composed of RNA and DNA 分子名称: DNA/RNA (35-MER), IRIDIUM (III) ION 著者 Kondo, J, Hayasaka, A. 登録日 2021-03-30 公開日 2022-03-30 最終更新日 2023-11-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å) 主引用文献 RNA GNRA tetraloop and tetraloop receptor motifs To Be Published
2MB4	Solution structure of a stacked dimeric G-quadruplex formed by a segment of the human CEB1 minisatellite 分子名称: DNA_(5'-D(*AP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*G)-3') 著者 Adrian, M, Ang, D.J, Lech, C, Heddi, B, Nicolas, A, Phan, A.T. 登録日 2013-07-25 公開日 2014-05-28 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structure and Conformational Dynamics of a Stacked Dimeric G-Quadruplex Formed by the Human CEB1 Minisatellite. J.Am.Chem.Soc., 136, 2014
317D	STRUCTURE OF D(CCTAGGG): COMPARISON WITH NINE ISOMORPHOUS OCTAMER SEQUENCES REVEALS FOUR DISTINCT PATTERNS OF SEQUENCE-DEPENDENT INTERMOLECULAR INTERACTIONS 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*G)-3') 著者 Tippin, D.B, Sundaralingam, M. 登録日 1997-03-17 公開日 1997-05-22 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 Structure of d(CCCTAGGG): comparison with nine isomorphous octamer sequences reveals four distinct patterns of sequence-dependent intermolecular interactions. Acta Crystallogr.,Sect.D, 52, 1996
8J9G	CrtSPARTA hetero-dimer bound with guide-target, state 1 分子名称: DNA (25-MER), MAGNESIUM ION, Piwi domain-containing protein, ... 著者 Li, Z.X, Guo, L.J, Huang, P.P, Xiao, Y.B, Chen, M.R. 登録日 2023-05-03 公開日 2024-03-06 最終更新日 2024-04-10 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.5 Å) 主引用文献 Auto-inhibition and activation of a short Argonaute-associated TIR-APAZ defense system. Nat.Chem.Biol., 20, 2024
8J8H	SPARTA monomer bound with guide-target, state 2 分子名称: DNA (25-MER), MAGNESIUM ION, Piwi domain-containing protein, ... 著者 Li, Z.X, Guo, L.J, Huang, P.P, Xiao, Y.B, Chen, M.R. 登録日 2023-05-01 公開日 2024-03-06 最終更新日 2024-04-10 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.4 Å) 主引用文献 Auto-inhibition and activation of a short Argonaute-associated TIR-APAZ defense system. Nat.Chem.Biol., 20, 2024
8J9P	SPARTA dimer bound with guide-target 分子名称: DNA (25-MER), MAGNESIUM ION, Piwi domain-containing protein, ... 著者 Li, Z.X, Guo, L.J, Huang, P.P, Xiao, Y.B, Chen, M.R. 登録日 2023-05-04 公開日 2024-03-06 最終更新日 2024-04-10 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.4 Å) 主引用文献 Auto-inhibition and activation of a short Argonaute-associated TIR-APAZ defense system. Nat.Chem.Biol., 20, 2024
8JAY	CrtSPARTA Octamer bound with guide-target 分子名称: DNA (25-MER), MAGNESIUM ION, Piwi domain-containing protein, ... 著者 Guo, L.J, Huang, P.P, Li, Z.X, Xiao, Y.B, Chen, M.R. 登録日 2023-05-07 公開日 2024-03-20 最終更新日 2024-04-10 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.2 Å) 主引用文献 Auto-inhibition and activation of a short Argonaute-associated TIR-APAZ defense system. Nat.Chem.Biol., 20, 2024
7KBF	H1.8 bound nucleosome isolated from metaphase chromosome in Xenopus egg extract (oligo fraction) 分子名称: DNA (184-MER), Histone H2A, Histone H2B 1.1, ... 著者 Arimura, Y, Funabiki, H. 登録日 2020-10-02 公開日 2021-09-15 最終更新日 2024-05-29 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.42 Å) 主引用文献 Structural features of nucleosomes in interphase and metaphase chromosomes. Mol.Cell, 81, 2021
7LV8	Structure of the Marseillevirus nucleosome 分子名称: DNA (123-MER), Histone doublet Beta-Alpha (Alpha), Histone doublet Beta-Alpha (Beta), ... 著者 Valencia-Sanchez, M.I, Abini-Agbomson, S, Armache, K.-J. 登録日 2021-02-24 公開日 2021-05-05 最終更新日 2021-05-26 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.4 Å) 主引用文献 The structure of a virus-encoded nucleosome. Nat.Struct.Mol.Biol., 28, 2021
7LV9	Marseillevirus heterotrimeric (hexameric) nucleosome 分子名称: DNA (96-MER), Histone doublet Beta-Alpha (Alpha), Histone doublet Beta-Alpha (Beta), ... 著者 Valencia-Sanchez, M.I, Abini-Agbomson, S, Armache, K.-J. 登録日 2021-02-24 公開日 2021-05-05 最終更新日 2021-05-26 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.5 Å) 主引用文献 The structure of a virus-encoded nucleosome. Nat.Struct.Mol.Biol., 28, 2021
3ANA	THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF D(GGGATCCC) IN THE CRYSTALLINE STATE 分子名称: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3') 著者 Heinemann, U, Lauble, H. 登録日 1988-07-06 公開日 1989-01-09 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Three-dimensional structure of d(GGGATCCC) in the crystalline state. Nucleic Acids Res., 16, 1988
5WE2	Structural Basis for Telomere Length Regulation by the Shelterin Bridge 分子名称: DNA-binding protein rap1, Protection of telomeres protein poz1, Protection of telomeres protein tpz1, ... 著者 Kim, J.-K, Liu, J, Hu, X, Sankaran, B, Qiao, F. 登録日 2017-07-06 公開日 2017-12-20 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Structural Basis for Shelterin Bridge Assembly. Mol. Cell, 68, 2017
4A11	Structure of the hsDDB1-hsCSA complex 分子名称: DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1, DNA EXCISION REPAIR PROTEIN ERCC-8 著者 Bohm, K, Scrima, A, Fischer, E.S, Gut, H, Thomae, N.H. 登録日 2011-09-13 公開日 2011-12-07 最終更新日 2023-12-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.31 Å) 主引用文献 The Molecular Basis of Crl4(Ddb2/Csa) Ubiquitin Ligase Architecture, Targeting, and Activation. Cell(Cambridge,Mass.), 147, 2011
5DEU	Crystal structure of TET2-5hmC complex 分子名称: 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID, CHLORIDE ION, DNA (5'-D(*AP*CP*CP*AP*CP*(5HC)P*GP*GP*TP*GP*GP*T)-3'), ... 著者 Hu, L, Cheng, J, Rao, Q, Li, Z, Li, J, Xu, Y. 登録日 2015-08-26 公開日 2015-11-04 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.801 Å) 主引用文献 Structural insight into substrate preference for TET-mediated oxidation. Nature, 527, 2015
4Q0R	The catalytic core of Rad2 (complex I) 分子名称: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*A)-3'), DNA repair protein RAD2 著者 Mietus, M, Nowak, E, Jaciuk, M, Kustosz, P, Nowotny, M. 登録日 2014-04-02 公開日 2014-08-27 最終更新日 2017-08-09 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.75 Å) 主引用文献 Crystal structure of the catalytic core of Rad2: insights into the mechanism of substrate binding. Nucleic Acids Res., 42, 2014
8HQY	Cryo-EM structure of SSX1 bound to the H2AK119Ub nucleosome at a resolution of 3.05 angstrom 分子名称: DNA (136-MER), DNA (137-MER), Histone H2A type 1-B/E, ... 著者 Zebin, T, Ai, H.S, Ziyu, X, GuoChao, C, Man, P, Liu, L. 登録日 2022-12-14 公開日 2023-09-27 最終更新日 2024-03-06 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.05 Å) 主引用文献 Synovial sarcoma X breakpoint 1 protein uses a cryptic groove to selectively recognize H2AK119Ub nucleosomes. Nat.Struct.Mol.Biol., 31, 2024
8T9H	Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 分子名称: DNA (146-MER), Histone H2A, Histone H2B 1.1, ... 著者 Abini-Agbomson, S, Armache, K.-J. 登録日 2023-06-24 公開日 2023-09-13 最終更新日 2024-05-22 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.37 Å) 主引用文献 Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1. Biorxiv, 2023
2MB2	parallel-stranded G-quadruplex in DNA poly-G stretches 分子名称: DNA_(5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*T)-3') 著者 Sengar, A, Heddi, B, Phan, A.T. 登録日 2013-07-24 公開日 2014-12-03 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Formation of g-quadruplexes in poly-g sequences: structure of a propeller-type parallel-stranded g-quadruplex formed by a g15 stretch. Biochemistry, 53, 2014
6V7B	Cryo-EM reconstruction of Pyrobaculum filamentous virus 2 (PFV2) 分子名称: A-DNA, Structural protein VP1, Structural protein VP2 著者 Wang, F, Baquero, D.P, Su, Z, Prangishvili, D, Krupovic, M, Egelman, E.H. 登録日 2019-12-08 公開日 2020-04-01 最終更新日 2020-05-20 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.4 Å) 主引用文献 Structure of a filamentous virus uncovers familial ties within the archaeal virosphere. Virus Evol, 6, 2020
5OXV	Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (C2 form) 分子名称: DNA STRAND 1 (601-based sequence model), DNA STRAND 2 (601-based sequence model), Histone H2A, ... 著者 Ekundayo, B, Schalch, T. 登録日 2017-09-07 公開日 2017-10-11 最終更新日 2024-01-17 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (6.721 Å) 主引用文献 Capturing Structural Heterogeneity in Chromatin Fibers. J. Mol. Biol., 429, 2017
2NTI	Crystal structure of PCNA123 heterotrimer. 分子名称: 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL, BROMIDE ION, DNA polymerase sliding clamp A, ... 著者 Hlinkova, V, Ling, H. 登録日 2006-11-07 公開日 2007-12-18 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Structures of monomeric, dimeric and trimeric PCNA: PCNA-ring assembly and opening. Acta Crystallogr.,Sect.D, 64, 2008
7OLA	Structure of Primase-Helicase in SaPI5 分子名称: DNA primase, MAGNESIUM ION, PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER 著者 Qiao, C.C, Mir-Sanchis, I. 登録日 2021-05-19 公開日 2022-07-13 最終更新日 2024-07-10 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.3 Å) 主引用文献 Staphylococcal self-loading helicases couple the staircase mechanism with inter domain high flexibility. Nucleic Acids Res., 50, 2022

<526527528529530531532533534535536537538539540541>