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7YGN	Cryo-EM structure of the Mili in complex with piRNA 分子名称: MAGNESIUM ION, Piwi-like protein 2, piRNA 著者 Li, Z.Q, Liu, H.B, Wu, J.P, Shen, E.Z. 登録日 2022-07-11 公開日 2024-01-24 最終更新日 2024-05-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3 Å) 主引用文献 Mammalian PIWI-piRNA-target complexes reveal features for broad and efficient target silencing. Nat.Struct.Mol.Biol., 2024
2F8S	Crystal structure of Aa-Ago with externally-bound siRNA 分子名称: 5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3', Argonaute protein 著者 Yuan, Y.R, Chen, H.Y, Patel, D.J. 登録日 2005-12-03 公開日 2006-10-31 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3 Å) 主引用文献 A Potential Protein-RNA Recognition Event along the RISC-Loading Pathway from the Structure of A. aeolicus Argonaute with Externally Bound siRNA. Structure, 14, 2006
3HJF	Crystal structure of T. thermophilus Argonaute E546 mutant protein complexed with DNA guide strand and 15-nt RNA target strand 分子名称: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3', 5'-R(*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3', Argonaute, ... 著者 Wang, Y, Li, H, Sheng, G, Patel, D.J. 登録日 2009-05-21 公開日 2009-10-06 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.056 Å) 主引用文献 Nucleation, propagation and cleavage of target RNAs in Ago silencing complexes. Nature, 461, 2009
5XP8	Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 4A5 on the guide strand 分子名称: DNA (5'-D(*AP*GP*T)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*C*AP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'), DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Sheng, G, Gogakos, T, Wang, J, Zhao, H, Serganov, A, Juranek, S, Tuschl, T, Patel, J.D, Wang, Y. 登録日 2017-06-01 公開日 2018-04-18 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.1 Å) 主引用文献 Structure/cleavage-based insights into helical perturbations at bulge sites within T. thermophilus Argonaute silencing complexes. Nucleic Acids Res., 45, 2017
3HXM	Structure of an argonaute complexed with guide DNA and target RNA duplex containing two mismatches. 分子名称: Argonaute, DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'), MAGNESIUM ION, ... 著者 Wang, Y, Li, H, Sheng, G, Patel, D.J. 登録日 2009-06-21 公開日 2009-10-06 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.1 Å) 主引用文献 Nucleation, propagation and cleavage of target RNAs in Ago silencing complexes. Nature, 461, 2009
2F8T	Crystal structure of Aa-Ago with externally-bound siRNA 分子名称: 26-MER, Argonaute protein 著者 Yuan, Y.R, Chen, H.Y, Patel, D.J. 登録日 2005-12-03 公開日 2006-10-31 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.1 Å) 主引用文献 A Potential Protein-RNA Recognition Event along the RISC-Loading Pathway from the Structure of A. aeolicus Argonaute with Externally Bound siRNA. Structure, 14, 2006
4W5Q	The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-8 分子名称: MAGNESIUM ION, PHENOL, Protein argonaute-2, ... 著者 Schirle, N.T, MacRae, I.J. 登録日 2014-08-18 公開日 2014-11-12 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.101 Å) 主引用文献 Gene regulation. Structural basis for microRNA targeting. Science, 346, 2014
5WEA	Human Argonaute2 Helix-7 Mutant 分子名称: PHENOL, Protein argonaute-2, RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*U)-3') 著者 Schirle, N.T, Klum, S.M, MacRae, I.J. 登録日 2017-07-08 公開日 2017-11-22 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.12 Å) 主引用文献 Helix-7 in Argonaute2 shapes the microRNA seed region for rapid target recognition. EMBO J., 37, 2018
4F1N	Crystal structure of Kluyveromyces polysporus Argonaute with a guide RNA 分子名称: KpAGO, RNA 5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3' 著者 Nakanishi, K, Weinberg, D.E, Bartel, D.P, Patel, D.J. 登録日 2012-05-07 公開日 2012-06-13 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.187 Å) 主引用文献 Structure of yeast Argonaute with guide RNA. Nature, 486, 2012
2NUB	Structure of Aquifex aeolicus Argonuate 分子名称: Argonaute 著者 Rashid, U.J, Paterok, D, Koglin, A, Gohlke, H, Piehler, J, Chen, J.C.-H. 登録日 2006-11-09 公開日 2007-02-06 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.2 Å) 主引用文献 Structure of Aquifex aeolicus argonaute highlights conformational flexibility of the PAZ domain as a potential regulator of RNA-induced silencing complex function. J.Biol.Chem., 282, 2007
7YG6	Cryo-EM structure of the EfPiwi(N959K) in complex with piRNA 分子名称: MAGNESIUM ION, Piwi, piRNA 著者 Li, Z.Q, Liu, H.B, Wu, J.P, Shen, E.Z. 登録日 2022-07-11 公開日 2024-01-24 最終更新日 2024-05-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.2 Å) 主引用文献 Mammalian PIWI-piRNA-target complexes reveal features for broad and efficient target silencing. Nat.Struct.Mol.Biol., 2024
7YFQ	Cryo-EM structure of the EfPiwi (N959K)-piRNA-target ternary complex 分子名称: MAGNESIUM ION, Piwi, RNA (5'-R(*UP*CP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*AP*A)-3'), ... 著者 Li, Z.Q, Liu, H.B, Wu, J.P, Shen, E.Z. 登録日 2022-07-08 公開日 2024-02-14 最終更新日 2024-05-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.2 Å) 主引用文献 Mammalian PIWI-piRNA-target complexes reveal features for broad and efficient target silencing. Nat.Struct.Mol.Biol., 2024
3HVR	Crystal structure of T. thermophilus Argonaute complexed with DNA guide strand and 19-nt RNA target strand with two Mg2+ at the cleavage site 分子名称: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*T)-3', 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3', Argonaute, ... 著者 Wang, Y, Li, H, Sheng, G, Patel, D.J. 登録日 2009-06-16 公開日 2009-10-06 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.211 Å) 主引用文献 Nucleation, propagation and cleavage of target RNAs in Ago silencing complexes. Nature, 461, 2009
7SVA	Cryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide RNA complex 分子名称: MAGNESIUM ION, Protein argonaute 10, RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3') 著者 Xiao, Y, MacRae, I.J. 登録日 2021-11-18 公開日 2022-11-23 最終更新日 2024-06-05 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.26 Å) 主引用文献 Structural basis for RNA slicing by a plant Argonaute. Nat.Struct.Mol.Biol., 30, 2023
5VM9	Human Argonaute3 bound to guide RNA 分子名称: Protein argonaute-3, RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3'), RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*U)-3') 著者 Park, M.S, Nakanishi, K. 登録日 2017-04-26 公開日 2017-10-18 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.28 Å) 主引用文献 Human Argonaute3 has slicer activity. Nucleic Acids Res., 45, 2017
3HM9	Crystal structure of T. thermophilus Argonaute complexed with DNA guide strand and 19-nt RNA target strand 分子名称: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3', 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3', Argonaute, ... 著者 Wang, Y, Li, H, Sheng, G, Patel, D.J. 登録日 2009-05-28 公開日 2009-10-06 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.3 Å) 主引用文献 Nucleation, propagation and cleavage of target RNAs in Ago silencing complexes. Nature, 461, 2009
5XQ2	Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 5A6 on the guide strand 分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'), DNA (5'-D(*AP*GP*T)-3'), DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Sheng, G, Gogakos, T, Wang, J, Zhao, H, Serganov, A, Juranek, S, Tuschl, T, Patel, D, Wang, Y. 登録日 2017-06-06 公開日 2017-10-04 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.33 Å) 主引用文献 Structure/cleavage-based insights into helical perturbations at bulge sites within T. thermophilus Argonaute silencing complexes Nucleic Acids Res., 45, 2017
6MDZ	Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with two central mismatches (bu2) 分子名称: PHENOL, Protein argonaute-2, RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*UP*UP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3'), ... 著者 Sheu-Gruttadauria, J, MacRae, I.J. 登録日 2018-09-05 公開日 2019-08-07 最終更新日 2023-10-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.4 Å) 主引用文献 Structural Basis for Target-Directed MicroRNA Degradation. Mol.Cell, 75, 2019
7YFX	Cryo-EM structure of Hili in complex with piRNA 分子名称: MAGNESIUM ION, Piwi-like protein 2, piRNA 著者 Li, Z.Q, Liu, H.B, Wu, J.P, Shen, E.Z. 登録日 2022-07-09 公開日 2024-01-24 最終更新日 2024-05-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.4 Å) 主引用文献 Mammalian PIWI-piRNA-target complexes reveal features for broad and efficient target silencing. Nat.Struct.Mol.Biol., 2024
7YFY	Cryo-EM structure of the Mili-piRNA- target ternary complex 分子名称: MAGNESIUM ION, Piwi-like protein 2, RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*AP*A)-3'), ... 著者 Li, Z.Q, Liu, H.B, Wu, J.P, Shen, E.Z. 登録日 2022-07-09 公開日 2024-01-24 最終更新日 2024-05-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.4 Å) 主引用文献 Mammalian PIWI-piRNA-target complexes reveal features for broad and efficient target silencing. Nat.Struct.Mol.Biol., 2024
8QG0	Archaeoglobus fulgidus AfAgo complex with AfAgo-N protein (fAfAgo) bound with 17 nt RNA guide and 17 nt DNA target 分子名称: AfAgo-N protein, DNA target 17 nt, Piwi protein, ... 著者 Manakova, E.N, Zaremba, M, Pocevicuite, R, Golovinas, E, Zagorskaite, E, Silanskas, A. 登録日 2023-09-05 公開日 2024-01-24 最終更新日 2024-03-27 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.43 Å) 主引用文献 The missing part: the Archaeoglobus fulgidus Argonaute forms a functional heterodimer with an N-L1-L2 domain protein. Nucleic Acids Res., 52, 2024
7KX9	Cryo-EM structure of Ephydatia fluviatilis PiwiA-piRNA-target complex 分子名称: MAGNESIUM ION, Piwi-A, RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*CP*UP*UP*GP*AP*GP*UP*UP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*UP*GP*GP*CP*AP*(OMG))-3'), ... 著者 Anzelon, T.A, Chowdhury, S, Lander, G.C, MacRae, I.J. 登録日 2020-12-03 公開日 2021-07-14 最終更新日 2024-05-29 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.5 Å) 主引用文献 Structural basis for piRNA targeting. Nature, 597, 2021
6MFR	Human Argonaute2-miR-122 bound to a target RNA with three central mismatches (bu3) 分子名称: PHENOL, PHOSPHATE ION, Protein argonaute-2, ... 著者 Sheu-Gruttadauria, J, MacRae, I.J. 登録日 2018-09-12 公開日 2019-08-07 最終更新日 2023-10-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.6 Å) 主引用文献 Structural Basis for Target-Directed MicroRNA Degradation. Mol.Cell, 75, 2019
2YHB	Crystal Structure of the N. crassa QDE-2 AGO MID-PIWI Domains 分子名称: GLYCEROL, POST-TRANSCRIPTIONAL GENE SILENCING PROTEIN QDE-2, SULFATE ION 著者 Boland, A, Weichenrieder, O. 登録日 2011-04-27 公開日 2011-06-15 最終更新日 2023-12-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.65 Å) 主引用文献 Crystal Structure of the Mid-Piwi Lobe of a Eukaryotic Argonaute Protein Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 108, 2011
7SWQ	Cryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide-target RNA complex in a bent duplex conformation 分子名称: MAGNESIUM ION, Protein argonaute 10, RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3'), ... 著者 Xiao, Y, MacRae, I.J. 登録日 2021-11-21 公開日 2022-11-23 最終更新日 2024-06-05 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.79 Å) 主引用文献 Structural basis for RNA slicing by a plant Argonaute. Nat.Struct.Mol.Biol., 30, 2023

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