PDB: 47011 件ウェブページステータス検索Chemie searchBIRD

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7XKM	Crystal structure of DNA-Ag(I) rod comprising a one-dimensional array of 11 silver ions 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*(BRU)P*CP*(BRU)P*CP*GP*CP*G)-3'), SILVER ION 著者 Kondo, J, Ono, A, Atsugi, T. 登録日 2022-04-20 公開日 2022-07-06 最終更新日 2024-05-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.79 Å) 主引用文献 A Novel Ag I -DNA Rod Comprising a One-Dimensional Array of 11 Silver Ions within a Double Helical Structure. Angew.Chem.Int.Ed.Engl., 61, 2022
6AQX	Crystal Structure of Z-DNA with 6-fold Twinning_Z4B 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3') 著者 Luo, Z, Dauter, Z, Gilski, M. 登録日 2017-08-21 公開日 2017-08-30 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.55 Å) 主引用文献 Four highly pseudosymmetric and/or twinned structures of d(CGCGCG)2 extend the repertoire of crystal structures of Z-DNA. Acta Crystallogr D Struct Biol, 73, 2017
4E2I	The Complex Structure of the SV40 Helicase Large T Antigen and p68 Subunit of DNA Polymerase Alpha-Primase 分子名称: DNA polymerase alpha subunit B, Large T antigen, ZINC ION 著者 Zhou, B, Arnett, D.R, Yu, X, Brewster, A, Sowd, G.A, Xie, C.L, Vila, S, Gai, D, Fanning, E, Chen, X.S. 登録日 2012-03-08 公開日 2012-06-13 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (5 Å) 主引用文献 Structural basis for the interaction of a hexameric replicative helicase with the regulatory subunit of human DNA polymerase alpha-primase. J.Biol.Chem., 287, 2012
3RHI	DNA-binding protein HU from Bacillus anthracis 分子名称: DNA-binding protein HU 著者 Osipiuk, J, Makowska-Grzyska, M, Hasseman, J, Anderson, W.F, Joachimiak, A, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) 登録日 2011-04-11 公開日 2011-04-20 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.48 Å) 主引用文献 DNA-binding protein HU from Bacillus anthracis. To be Published
6AQV	Crystal Structure of Z-DNA with 6-fold Twinning_Z3B 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3') 著者 Luo, Z, Dauter, Z, Gilski, M. 登録日 2017-08-21 公開日 2017-08-30 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.3 Å) 主引用文献 Four highly pseudosymmetric and/or twinned structures of d(CGCGCG)2 extend the repertoire of crystal structures of Z-DNA. Acta Crystallogr D Struct Biol, 73, 2017
6AQT	Crystal Structure of Z-DNA with 6-fold Twinning_Z3A 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3') 著者 Luo, Z, Dauter, Z, Gilski, M. 登録日 2017-08-21 公開日 2017-08-30 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å) 主引用文献 Four highly pseudosymmetric and/or twinned structures of d(CGCGCG)2 extend the repertoire of crystal structures of Z-DNA. Acta Crystallogr D Struct Biol, 73, 2017
6AQW	Crystal Structure of Z-DNA with 6-fold Twinning_Z4A 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3') 著者 Luo, Z, Dauter, Z, Gilski, M. 登録日 2017-08-21 公開日 2017-08-30 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.3 Å) 主引用文献 Four highly pseudosymmetric and/or twinned structures of d(CGCGCG)2 extend the repertoire of crystal structures of Z-DNA. Acta Crystallogr D Struct Biol, 73, 2017
1B0S	BINDING OF AR-1-144, A TRI-IMIDAZOLE DNA MINOR GROOVE BINDER, TO CCGG SEQUENCE ANALYZED BY NMR SPECTROSCOPY 分子名称: (2-{[4-({4-[(4-FORMYLAMINO-1-METHYL-1H-IMIDAZOLE-2-CARBONYL)-AMINO]-1-METHYL-1H-IMIDAZOLE-2-CARBONYL}-AMINO)-1-METHYL-1 H-IMIDAZOLE-2-CARBONYL]-AMINO}-ETHYL)-DIMETHYL-AMMONIUM, DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*C)-3') 著者 Yang, X.-L, Kaenzig, C, Lee, M, Wang, A.H.-J. 登録日 1998-11-12 公開日 1999-08-31 最終更新日 2023-12-27 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Binding of AR-1-144, a tri-imidazole DNA minor groove binder, to CCGG sequence analyzed by NMR spectroscopy. Eur.J.Biochem., 263, 1999
7WB0	PlmCasX-sgRNAv1-dsDNA ternary complex at nts loading state with flexible H2 domain 分子名称: NTS-DNA, RNA (115-MER), TS-DNA, ... 著者 Zhang, S, Liu, J.J.G. 登録日 2021-12-15 公開日 2022-03-16 最終更新日 2022-03-30 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.2 Å) 主引用文献 Chimeric CRISPR-CasX enzymes and guide RNAs for improved genome editing activity. Mol.Cell, 82, 2022
2E0G	DnaA N-terminal domain 分子名称: Chromosomal replication initiator protein dnaA 著者 Abe, Y, Katayama, T, Ueda, T, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) 登録日 2006-10-07 公開日 2007-05-01 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structure and Function of DnaA N-Terminal Domains: Specific Sites and Mechanisms in Inter-DnaA Interaction and in DnaB Helicase Loading on oriC To be Published
1Z8S	DnaB binding domain of DnaG (P16) from Bacillus stearothermophilus (residues 452-597) 分子名称: DNA primase 著者 Syson, K, Thirlway, J, Hounslow, A.M, Soultanas, P, Waltho, J.P. 登録日 2005-03-31 公開日 2005-10-04 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure of the helicase-interaction domain of the primase DnaG: a model for helicase activation Structure, 13, 2005
285D	X-RAY AND SOLUTION STUDIES OF DNA OLIGOMERS AND IMPLICATIONS FOR THE STRUCTURAL BASIS OF A-TRACT-DEPENDENT CURVATURE 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*IP*AP*TP*(5CM)P*TP*GP*CP*G)-3') 著者 Shatzky-Schwartz, M, Shakked, Z, Luisi, B.F. 登録日 1996-09-11 公開日 1997-05-08 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 X-ray and solution studies of DNA oligomers and implications for the structural basis of A-tract-dependent curvature. J.Mol.Biol., 267, 1997
7WAY	PlmCasX-sgRNAv1-dsDNA ternary complex at nts loading state 分子名称: DNA (27-MER), DNA (33-MER), RNA, ... 著者 Zhang, S, Liu, J.J.G. 登録日 2021-12-15 公開日 2022-03-16 最終更新日 2024-06-26 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.9 Å) 主引用文献 Chimeric CRISPR-CasX enzymes and guide RNAs for improved genome editing activity. Mol.Cell, 82, 2022
4RIP	BromoUracil substituted structure of intercalation-locked DNA tetraplex 分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*(BRU)P*CP*GP*GP*AP*(BRU)P*GP*AP*T)-3') 著者 Tripathi, S.K, Zhang, D, Paukstelis, P. 登録日 2014-10-07 公開日 2015-02-11 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 An intercalation-locked parallel-stranded DNA tetraplex. Nucleic Acids Res., 43, 2015
8OYR	DNA Major Groove Binding by lambda-[Ru(phen)2(phi)]2+ 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3'), STRONTIUM ION, ruthenium polypyridyl complex (lambda enantiomer) 著者 Prieto-Otoya, T.D, Cardin, C.J, McQuaid, K.T, Paterson, N.G. 登録日 2023-05-05 公開日 2024-03-13 最終更新日 2024-03-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.21 Å) 主引用文献 Probing a Major DNA Weakness: Resolving the Groove and Sequence Selectivity of the Diimine Complex Lambda-[Ru(phen) 2 phi] 2. Angew.Chem.Int.Ed.Engl., 63, 2024
7YGO	DNA duplex containing 5OHU-Hg(II)-T base pairs 分子名称: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*CP*TP*(6HU)P*GP*GP*TP*CP*C)-3'), MERCURY (II) ION 著者 Kondo, J, Torigoe, H, Arakawa, F. 登録日 2022-07-12 公開日 2023-05-24 最終更新日 2024-05-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.403 Å) 主引用文献 Specific binding of Hg 2+ to mismatched base pairs involving 5-hydroxyuracil in duplex DNA. J.Inorg.Biochem., 241, 2023
7WB1	PlmCasX-sgRNAv2-dsDNA ternary complex at nts loading state 分子名称: NTS-DNA, RNA (121-MER), TS-DNA, ... 著者 Zhang, S, Liu, J.J.G. 登録日 2021-12-15 公開日 2022-03-16 最終更新日 2024-06-26 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.7 Å) 主引用文献 Chimeric CRISPR-CasX enzymes and guide RNAs for improved genome editing activity. Mol.Cell, 82, 2022
4C2T	Crystal structure of full length Deinococcus radiodurans UvrD in complex with DNA 分子名称: DNA HELICASE II, DNA STRAND FOR28, DNA STRAND REV28, ... 著者 Stelter, M, Acajjaoui, S, McSweeney, S, Timmins, J. 登録日 2013-08-20 公開日 2013-10-30 最終更新日 2024-05-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.997 Å) 主引用文献 Structural and Mechanistic Insight Into DNA Unwinding by Deinococcus Radiodurans Uvrd. Plos One, 8, 2013
286D	X-RAY AND SOLUTION STUDIES OF DNA OLIGOMERS AND IMPLICATIONS FOR THE STRUCTURAL BASIS OF A-TRACT-DEPENDENT CURVATURE 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*IP*IP*IP*CP*CP*CP*GP*G)-3') 著者 Shatzky-Schwartz, M, Shakked, Z, Luisi, B.F. 登録日 1996-09-16 公開日 1997-05-08 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 X-ray and solution studies of DNA oligomers and implications for the structural basis of A-tract-dependent curvature. J.Mol.Biol., 267, 1997
6MC3	Crystal structure of a tetrameric DNA fold-back quadruplex 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*G)-3'), MAGNESIUM ION 著者 Chu, B, Paukstelis, P.J. 登録日 2018-08-30 公開日 2018-11-14 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.57 Å) 主引用文献 Crystal Structure of a Tetrameric DNA Fold-Back Quadruplex. J. Am. Chem. Soc., 140, 2018
6MC2	Crystal structure of a tetrameric DNA fold-back quadruplex 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*AP*GP*GP*CP*G)-3'), MAGNESIUM ION 著者 Chu, B, Paukstelis, P.J. 登録日 2018-08-30 公開日 2018-11-14 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å) 主引用文献 Crystal Structure of a Tetrameric DNA Fold-Back Quadruplex. J. Am. Chem. Soc., 140, 2018
4RIM	Native structure of intercalation-locked DNA tetraplex 分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*T)-3') 著者 Tripathi, S.K, Zhang, D, Paukstelis, P. 登録日 2014-10-06 公開日 2015-02-11 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 An intercalation-locked parallel-stranded DNA tetraplex. Nucleic Acids Res., 43, 2015
479D	CRYSTAL STRUCTURE A DNA:RNA HYBRID DUPLEX, A DYNAMIC MODEL FOR RNASE H RECOGNITION 分子名称: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3'), RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3') 著者 Xiong, Y, Sundaralingam, M. 登録日 1999-07-08 公開日 2000-05-15 最終更新日 2023-12-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 Crystal structure of a DNA.RNA hybrid duplex with a polypurine RNA r(gaagaagag) and a complementary polypyrimidine DNA d(CTCTTCTTC). Nucleic Acids Res., 28, 2000
4KPY	DNA binding protein and DNA complex structure 分子名称: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3'), DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'), DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'), ... 著者 Sheng, G, Zhao, H, Wang, J, Rao, Y, Wang, Y. 登録日 2013-05-14 公開日 2014-01-29 最終更新日 2024-05-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.406 Å) 主引用文献 Structure-based cleavage mechanism of Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated DNA target cleavage. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 111, 2014
3OQG	Restriction endonuclease HPY188I in complex with substrate DNA 分子名称: CHLORIDE ION, DNA 5'-D(*GP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*C)-3', DNA 5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*C)-3', ... 著者 Sokolowska, M, Czapinska, H, Bochtler, M. 登録日 2010-09-03 公開日 2010-10-20 最終更新日 2017-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.75 Å) 主引用文献 Hpy188I-DNA pre- and post-cleavage complexes--snapshots of the GIY-YIG nuclease mediated catalysis. Nucleic Acids Res., 39, 2011

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