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3H4L	Crystal Structure of N terminal domain of a DNA repair protein 分子名称: DNA mismatch repair protein PMS1, MAGNESIUM ION, PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER 著者 Arana, M.E, Holmes, S.F, Fortune, J.M, Moon, A.F, Pedersen, L.C, Kunkel, T.A. 登録日 2009-04-20 公開日 2010-03-02 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Functional residues on the surface of the N-terminal domain of yeast Pms1. Dna Repair, 9, 2010
2LIB	DNA sequence context conceals alpha anomeric lesion 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*(A3A)P*GP*GP*AP*CP*G)-3') 著者 Johnson, C.N, Spring, A.M, Cunningham, R.P, Germann, M.W. 登録日 2011-08-27 公開日 2012-08-08 最終更新日 2024-05-01 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 DNA sequence context conceals alpha-anomeric lesions. J.Mol.Biol., 416, 2012
7YWH	Six DNA Helix Bundle nanopore - State 1 分子名称: DNA (50-MER) 著者 Javed, A, Ahmad, K, Lanphere, C, Coveney, P, Howorka, S, Orlova, E.V. 登録日 2022-02-14 公開日 2023-05-24 最終更新日 2024-07-17 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (8 Å) 主引用文献 Structure and dynamics of an archetypal DNA nanoarchitecture revealed via cryo-EM and molecular dynamics simulations. Nat Commun, 14, 2023
7YWL	Six DNA Helix Bundle nanopore - State 3 分子名称: DNA (50-MER) 著者 Javed, A, Ahmad, K, Lanphere, C, Coveney, P, Howorka, S, Orlova, E.V. 登録日 2022-02-14 公開日 2023-05-24 最終更新日 2024-07-17 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (8 Å) 主引用文献 Structure and dynamics of an archetypal DNA nanoarchitecture revealed via cryo-EM and molecular dynamics simulations. Nat Commun, 14, 2023
7YWI	Six DNA duplex bundle nanopore - State 2 分子名称: DNA (50-MER) 著者 Javed, A, Ahmad, K, Lanphere, C, Coveney, P, Howorka, S, Orlova, E.V. 登録日 2022-02-14 公開日 2023-05-24 最終更新日 2024-07-17 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (8 Å) 主引用文献 Structure and dynamics of an archetypal DNA nanoarchitecture revealed via cryo-EM and molecular dynamics simulations. Nat Commun, 14, 2023
7YWO	Six DNA Helix Bundle nanopore - State 5 分子名称: DNA (50-MER) 著者 Javed, A, Ahmad, K, Lanphere, C, Coveney, P, Howorka, S, Orlova, E.V. 登録日 2022-02-14 公開日 2023-05-24 最終更新日 2024-07-17 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (8 Å) 主引用文献 Structure and dynamics of an archetypal DNA nanoarchitecture revealed via cryo-EM and molecular dynamics simulations. Nat Commun, 14, 2023
7YWN	Six DNA Helix Bundle nanopore - State 4 分子名称: DNA (50-MER) 著者 Javed, A, Ahmad, K, Lanphere, C, Orlova, E.V, Coveney, P, Howorka, S. 登録日 2022-02-14 公開日 2023-05-24 最終更新日 2024-07-17 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (8 Å) 主引用文献 Structure and dynamics of an archetypal DNA nanoarchitecture revealed via cryo-EM and molecular dynamics simulations. Nat Commun, 14, 2023
1DKY	THE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF DNAK IN COMPLEX WITH A SUBSTRATE PEPTIDE, DETERMINED FROM TYPE 2 NATIVE CRYSTALS 分子名称: DNAK, PEPTIDE SUBSTRATE 著者 Zhu, X, Zhao, X, Burkholder, W.F, Gragerov, A, Ogata, C.M, Gottesman, M.E, Hendrickson, W.A. 登録日 1996-06-03 公開日 1996-12-07 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.8 Å) 主引用文献 Structural analysis of substrate binding by the molecular chaperone DnaK. Science, 272, 1996
9DNA	CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF AN A-DNA FRAGMENT AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION. D(GCCCGGGC) 分子名称: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*C)-3') 著者 Heinemann, U. 登録日 1987-07-10 公開日 1988-01-16 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å) 主引用文献 Crystal structure analysis of an A-DNA fragment at 1.8 A resolution: d(GCCCGGGC). Nucleic Acids Res., 15, 1987
1XBL	NMR STRUCTURE OF THE J-DOMAIN (RESIDUES 2-76) IN THE ESCHERICHIA COLI N-TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 2-108) OF THE MOLECULAR CHAPERONE DNAJ, 20 STRUCTURES 分子名称: DNAJ 著者 Pellecchia, M, Szyperski, T, Wall, D, Georgopoulos, C, Wuthrich, K. 登録日 1996-10-07 公開日 1997-01-11 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 NMR structure of the J-domain and the Gly/Phe-rich region of the Escherichia coli DnaJ chaperone. J.Mol.Biol., 260, 1996
1BQZ	J-DOMAIN (RESIDUES 1-77) OF THE ESCHERICHIA COLI N-TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 1-78) OF THE MOLECULAR CHAPERONE DNAJ, NMR, 20 STRUCTURES 分子名称: DNAJ 著者 Huang, K, Flanagan, J.M, Prestegard, J.H. 登録日 1998-08-20 公開日 1999-06-15 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 The influence of C-terminal extension on the structure of the "J-domain" in E. coli DnaJ. Protein Sci., 8, 1999
1BPR	NMR STRUCTURE OF THE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF DNAK, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 分子名称: DNAK 著者 Wang, H, Kurochkin, A.V, Pang, Y, Hu, W, Flynn, G.C, Zuiderweg, E.R.P. 登録日 1998-08-11 公開日 1999-03-02 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 NMR solution structure of the 21 kDa chaperone protein DnaK substrate binding domain: a preview of chaperone-protein interaction. Biochemistry, 37, 1998
1BQ0	J-DOMAIN (RESIDUES 1-77) OF THE ESCHERICHIA COLI N-TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 1-104) OF THE MOLECULAR CHAPERONE DNAJ, NMR, 20 STRUCTURES 分子名称: DNAJ 著者 Huang, K, Flanagan, J.M, Prestegard, J.H. 登録日 1998-08-20 公開日 1999-06-15 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 The influence of C-terminal extension on the structure of the "J-domain" in E. coli DnaJ. Protein Sci., 8, 1999
1DG4	NMR STRUCTURE OF THE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF DNAK IN THE APO FORM 分子名称: DNAK 著者 Pellecchia, M, Montgomery, D.L, Stevens, S.Y, Van der Kooi, C.W, Feng, H, Gierasch, L.M, Zuiderweg, E.R.P. 登録日 1999-11-23 公開日 1999-12-08 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structural insights into substrate binding by the molecular chaperone DnaK. Nat.Struct.Biol., 7, 2000
2BPR	NMR STRUCTURE OF THE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF DNAK, 25 STRUCTURES 分子名称: DNAK 著者 Wang, H, Kurochkin, A.V, Pang, Y, Hu, W, Flynn, G.C, Zuiderweg, E.R.P. 登録日 1998-08-11 公開日 1999-03-02 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 NMR solution structure of the 21 kDa chaperone protein DnaK substrate binding domain: a preview of chaperone-protein interaction. Biochemistry, 37, 1998
2V79	Crystal Structure of the N-terminal domain of DnaD from Bacillus Subtilis 分子名称: CHLORIDE ION, DNA REPLICATION PROTEIN DNAD, SODIUM ION 著者 Schneider, S, Zhang, W, Soultanas, P, Paoli, M. 登録日 2007-07-27 公開日 2008-01-15 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2 Å) 主引用文献 Structure of the N-Terminal Oligomerization Domain of Dnad Reveals a Unique Tetramerization Motif and Provides Insights Into Scaffold Formation. J.Mol.Biol., 376, 2008
6FFR	DNA-RNA Hybrid Quadruplex with Flipped Tetrad 分子名称: DNA/RNA (5'-R(*G)-D(P*GP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*C)-R(P*G)-D(P*GP*G)-3') 著者 Haase, L, Dickerhoff, J, Weisz, K. 登録日 2018-01-09 公開日 2018-09-26 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 DNA-RNA Hybrid Quadruplexes Reveal Interactions that Favor RNA Parallel Topologies. Chemistry, 24, 2018
7U02	Structure of the C. crescentus DriD C-domain bound to ssDNA 分子名称: DNA (5'-D(P*AP*CP*G)-3'), SULFATE ION, WYL domain-containing protein 著者 Schumacher, M.A. 登録日 2022-02-17 公開日 2022-06-01 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.48 Å) 主引用文献 ssDNA is an allosteric regulator of the C. crescentus SOS-independent DNA damage response transcription activator, DriD. Genes Dev., 36, 2022
7TZV	Structure of DriD C-domain bound to 9mer ssDNA 分子名称: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*CP*T)-3'), WYL domain-containing protein 著者 Schumacher, M.A, Laub, M. 登録日 2022-02-16 公開日 2022-06-01 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.65 Å) 主引用文献 ssDNA is an allosteric regulator of the C. crescentus SOS-independent DNA damage response transcription activator, DriD. Genes Dev., 36, 2022
3G8U	DNA binding domain:GilZ 16bp complex-5 分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*C)-3'), DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3'), Glucocorticoid receptor, ... 著者 Pufall, M.A, Yamamoto, K.R, Meijsing, S.H. 登録日 2009-02-12 公開日 2009-04-21 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 DNA binding site sequence directs glucocorticoid receptor structure and activity. Science, 324, 2009
6PH5	Binary product complex crystal structure of DNA polymerase Beta with an extra-helical template base 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*C)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3'), ... 著者 Batra, V.K, Wilson, S.H. 登録日 2019-06-25 公開日 2019-12-11 最終更新日 2023-10-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.602 Å) 主引用文献 DNA polymerase beta nucleotide-stabilized template misalignment fidelity depends on local sequence context. J.Biol.Chem., 295, 2020
4HC9	DNA binding by GATA transcription factor-complex 3 分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3'), DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3'), Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3, ... 著者 Chen, Y, Bates, D.L, Dey, R, Chen, L. 登録日 2012-09-28 公開日 2012-12-05 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å) 主引用文献 DNA Binding by GATA Transcription Factor Suggests Mechanisms of DNA Looping and Long-Range Gene Regulation. Cell Rep, 2, 2012
8CEF	Asymmetric Dimerization in a Transcription Factor Superfamily is Promoted by Allosteric Interactions with DNA 分子名称: DNA (26-MER), Nuclear receptor DNA binding domain, ZINC ION 著者 Patel, A.K.M, Shaik, T.B, McEwen, A.G, Moras, D, Klaholz, B.P, Billas, I.M.L. 登録日 2023-02-01 公開日 2023-08-09 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.486 Å) 主引用文献 Asymmetric dimerization in a transcription factor superfamily is promoted by allosteric interactions with DNA. Nucleic Acids Res., 51, 2023
7PU7	DNA polymerase from M. tuberculosis 分子名称: DNA polymerase III subunit alpha, Template, ZINC ION, ... 著者 Borsellini, A, Lamers, M.H. 登録日 2021-09-28 公開日 2022-02-23 最終更新日 2024-07-17 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.9 Å) 主引用文献 DNA-Dependent Binding of Nargenicin to DnaE1 Inhibits Replication in Mycobacterium tuberculosis. Acs Infect Dis., 8, 2022
7XV8	Crystal structure of the Human TR4 DNA-Binding Domain Homodimer Bound to DR1 Response Element 分子名称: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*TP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3'), Nuclear receptor subfamily 2 group C member 2, ... 著者 Liu, Y, Chen, Z. 登録日 2022-05-21 公開日 2022-12-28 最終更新日 2023-11-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.199 Å) 主引用文献 Structures of human TR4LBD-JAZF1 and TR4DBD-DNA complexes reveal the molecular basis of transcriptional regulation. Nucleic Acids Res., 51, 2023

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